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¿Cuál es la diferencia entre una sustitución fija y un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP)?

¿Cuál es la diferencia entre una sustitución fija y un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP)?


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Recientemente leí un informe que decía "Encontramos 430 sustituciones fijas […], Con 34 polimorfismos de un sólo nucleótido (SNP) fijados en pacientes individuales. "¿Cuál es la diferencia entre ambos términos?


Si observa una determinada población, encontrará mutaciones (por ejemplo, SNP) en alguna proporción con el alelo de tipo salvaje. Cuando una mutación alcanza la fijación, será el único alelo, alcanzando el 100% de penetrancia en esta población. Consulte aquí para obtener más información.

En el contexto dado, lo interpretaría de la forma en que se encontraron un total de 464 SNP, 430 de estos estaban en fijación (por lo que solo se puede descubrir al compararlos con otra población) y 34 SNP que no han alcanzado la fijación y, por lo tanto, no se puede encontrar en todos los miembros de la población.


La fijación es un proceso en el que uno de los alelos polimórficos se fija en el acervo genético de la población debido a la deriva genética o la selección natural y deja de ser polimórfico. Por lo tanto, sustitución fija y SNP son dos conceptos absolutamente diferentes. Por lo tanto, el término "polimorfismo de nucleótido único fijo" parece ser un oxímoron, ya que conlleva una contradicción. Para calcular el número real de sustituciones fijas, se necesita al menos un individuo de otra población distante o especies estrechamente relacionadas.


Biología / ADN

Introducción

Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) son variaciones de pares de bases (pb) en ubicaciones específicas del genoma. Por definición, una variación genética en un solo locus pb no se considera un SNP a menos que al menos dos alelos tengan frecuencias de más del 1% en una gran población de individuos no relacionados. El genoma humano haploide consta de aproximadamente 3 mil millones de pb. Se estima que el número de SNP es de 10 a 11 millones, lo que da un promedio de un SNP por 275 pb. La gran mayoría de los SNP tienen solo dos alelos porque la tasa de mutación en una posición de pb particular es extremadamente baja y es muy poco probable que ocurran dos mutaciones puntuales en la misma posición a lo largo del tiempo. Por esta razón, los SNP se han utilizado ampliamente para mapear la historia de las poblaciones mediante la identificación de la distribución de los alelos de SNP entre las poblaciones existentes y pasadas. Los marcadores SNP también son la mejor opción para la construcción de un conjunto denso de marcadores polimórficos que se pueden usar para estudiar la asociación entre los marcadores y un rasgo o enfermedad en particular.

Los SNP tienen muchos usos potenciales en las investigaciones genéticas forenses, incluida la estimación de la etnia, los rasgos humanos o las enfermedades. Estos problemas se tratan en otros artículos de este libro. Aquí, se discute el uso de SNP para la identificación humana.


Contenido

Los polimorfismos de un solo nucleótido pueden caer dentro de secuencias codificantes de genes, regiones no codificantes de genes o en regiones intergénicas (regiones entre genes). Los SNP dentro de una secuencia codificante no cambian necesariamente la secuencia de aminoácidos de la proteína que se produce, debido a la degeneración del código genético.

Los SNP en la región de codificación son de dos tipos: SNP sinónimos y no sinónimos. Los SNP sinónimos no afectan la secuencia de la proteína, mientras que los SNP no sinónimos cambian la secuencia de aminoácidos de la proteína.

  • Los SNP en regiones no codificantes pueden manifestar un mayor riesgo de cáncer, [11] y pueden afectar la estructura del ARNm y la susceptibilidad a la enfermedad. [12] Los SNP no codificantes también pueden alterar el nivel de expresión de un gen, como un eQTL (locus de rasgo cuantitativo de expresión).
  • SNP en regiones de codificación:
      por definición, no dan como resultado un cambio de aminoácido en la proteína, pero aún pueden afectar su función de otras formas. Un ejemplo sería una mutación aparentemente silenciosa en el gen 1 de resistencia a múltiples fármacos (MDR1), que codifica una bomba de membrana celular que expulsa fármacos de la célula, puede ralentizar la traducción y permitir que la cadena de péptidos se pliegue en una conformación inusual, provocando la bomba mutante para ser menos funcional (en la proteína MDR1, por ejemplo, el polimorfismo C1236T cambia un codón GGC a GGT en la posición del aminoácido 412 del polipéptido (ambos codifican glicina) y el polimorfismo C3435T cambia ATC a ATT en la posición 1145 (ambos codifican isoleucina)). [13]:
        - un solo cambio en la base da como resultado un cambio en el aminoácido de la proteína y su mal funcionamiento, lo que conduce a la enfermedad (p. Ej., SNP c1580G y gtT en el gen LMNA - posición 1580 (nt) en la secuencia de ADN (codón CGT), lo que hace que la guanina sea reemplazada por el timina, que produce el codón CTT en la secuencia de ADN, da como resultado a nivel de proteína el reemplazo de la arginina por leucina en la posición 527, [14] a nivel de fenotipo, esto se manifiesta en displasia mandibuloacral superpuesta y síndrome de progeria) - mutación puntual en una secuencia de ADN que da como resultado un codón de parada prematuro, o un codón sin sentido en el ARNm transcrito y en un producto proteico truncado, incompleto y generalmente no funcional (por ejemplo, fibrosis quística causada por la mutación G542X en el gen regulador de la conductancia transmembrana de la fibrosis quística). [15]
  • Los SNP que no se encuentran en regiones codificantes de proteínas aún pueden afectar el corte y empalme de genes, la unión del factor de transcripción, la degradación del ARN mensajero o la secuencia del ARN no codificante. La expresión génica afectada por este tipo de SNP se denomina eSNP (SNP de expresión) y puede estar aguas arriba o aguas abajo del gen.

    Se han encontrado más de 335 millones de SNP en humanos de múltiples poblaciones. Un genoma típico difiere del genoma humano de referencia en 4 a 5 millones de sitios, la mayoría de los cuales (más del 99,9%) consisten en SNP e indeles cortos. [dieciséis]

    Dentro de un genoma Editar

    La distribución genómica de los SNP no es homogénea. Los SNP se presentan en regiones no codificantes con mayor frecuencia que en regiones codificantes o, en general, donde la selección natural está actuando y "fijando" el alelo (eliminando otras variantes) del SNP que constituye el más favorable. adaptación genética. [17] Otros factores, como la recombinación genética y la tasa de mutación, también pueden determinar la densidad de SNP. [18]

    La densidad de SNP se puede predecir por la presencia de microsatélites: los microsatélites AT en particular son potentes predictores de la densidad de SNP, con tractos de repetición larga (AT) (n) que tienden a encontrarse en regiones de densidad de SNP significativamente reducida y bajo contenido de GC. [19]

    Dentro de una población Editar

    Existen variaciones entre las poblaciones humanas, por lo que un alelo SNP que es común en un grupo geográfico o étnico puede ser mucho más raro en otro. Sin embargo, este patrón de variación es relativamente raro en una muestra global de 67,3 millones de SNP, el Proyecto de Diversidad del Genoma Humano.

    no encontró variantes privadas de este tipo que se fijen en un continente o una región importante determinados. Las frecuencias más altas son alcanzadas por unas pocas decenas de variantes presentes en & gt70% (y algunos miles en & gt50%) en África, América y Oceanía. Por el contrario, las variantes de frecuencia más altas privadas de Europa, Asia oriental, Oriente Medio o Asia central y meridional alcanzan solo del 10 al 30%. [20]

    Dentro de una población, a los SNP se les puede asignar una frecuencia de alelos menor, la frecuencia de alelos más baja en un locus que se observa en una población en particular. [21] Esta es simplemente la menor de las dos frecuencias alélicas de los polimorfismos de un solo nucleótido.

    Con este conocimiento, los científicos han desarrollado nuevos métodos para analizar las estructuras de la población en especies menos estudiadas. [22] [23] [24] Al utilizar técnicas de agrupación, el costo del análisis se reduce significativamente. [ cita necesaria ] Estas técnicas se basan en secuenciar una población en una muestra combinada en lugar de secuenciar a cada individuo dentro de la población por sí mismo. Con las nuevas herramientas bioinformáticas existe la posibilidad de investigar la estructura de la población, el flujo de genes y la migración de genes observando las frecuencias alélicas dentro de toda la población. Con estos protocolos existe la posibilidad de combinar las ventajas de los SNP con marcadores de microsatélites. [25] [26] Sin embargo, hay información perdida en el proceso, como desequilibrio de ligamiento e información de cigosidad.

      puede determinar si una variante genética está asociada con una enfermedad o rasgo. [27]
    • Un SNP de etiqueta es un polimorfismo de un solo nucleótido representativo en una región del genoma con alto desequilibrio de ligamiento (la asociación no aleatoria de alelos en dos o más loci). Los SNP de etiqueta son útiles en estudios de asociación de SNP de genoma completo, en los que se genotipifican cientos de miles de SNP de todo el genoma. mapeo: se pueden agrupar conjuntos de alelos o secuencias de ADN para que un único SNP pueda identificar muchos SNP enlazados. (LD), un término utilizado en genética de poblaciones, indica una asociación no aleatoria de alelos en dos o más loci, no necesariamente en el mismo cromosoma. Se refiere al fenómeno de que el alelo de SNP o la secuencia de ADN que están muy juntos en el genoma tienden a heredarse juntos. La LD puede verse afectada por dos parámetros (entre otros factores, como la estratificación de la población): 1) La distancia entre los SNP [cuanto mayor es la distancia, menor es la LD]. 2) Tasa de recombinación [cuanto menor es la tasa de recombinación, mayor es la LD]. [28]

    Importancia Editar

    Las variaciones en las secuencias de ADN de los seres humanos pueden afectar la forma en que los seres humanos desarrollan enfermedades y responden a patógenos, sustancias químicas, medicamentos, vacunas y otros agentes. Los SNP también son fundamentales para la medicina personalizada. [29] Los ejemplos incluyen la investigación biomédica, la medicina forense, la farmacogenética y las causas de enfermedades, como se describe a continuación.

    Investigación clínica Editar

    La mayor importancia de los SNP en la investigación clínica es la comparación de regiones del genoma entre cohortes (como cohortes emparejadas con y sin una enfermedad) en estudios de asociación de todo el genoma. Los SNP se han utilizado en estudios de asociación de todo el genoma como marcadores de alta resolución en el mapeo de genes relacionados con enfermedades o rasgos normales. [30] Los SNP sin un impacto observable en el fenotipo (las llamadas mutaciones silenciosas) siguen siendo útiles como marcadores genéticos en estudios de asociación de todo el genoma, debido a su cantidad y la herencia estable a lo largo de generaciones. [31]

    Medicina forense editar

    Históricamente, los SNP se han utilizado para hacer coincidir una muestra de ADN forense con un sospechoso, pero se han vuelto obsoletos debido al avance de las técnicas de huellas dactilares de ADN basadas en STR. Sin embargo, el desarrollo de la tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS) puede permitir más oportunidades para el uso de SNP en pistas fenotípicas como el origen étnico, el color del cabello y el color de los ojos con una buena probabilidad de coincidencia. Esto también se puede aplicar para aumentar la precisión de las reconstrucciones faciales al proporcionar información que de otro modo podría ser desconocida, y esta información se puede utilizar para ayudar a identificar a los sospechosos incluso sin una coincidencia del perfil de ADN STR.

    Algunas desventajas de usar SNP versus STR es que los SNP producen menos información que los STR y, por lo tanto, se necesitan más SNP para el análisis antes de que se pueda crear un perfil de un sospechoso. Además, los SNP dependen en gran medida de la presencia de una base de datos para el análisis comparativo de muestras. Sin embargo, en casos con muestras degradadas o de pequeño volumen, las técnicas SNP son una excelente alternativa a los métodos STR. Los SNP (a diferencia de los STR) tienen una gran cantidad de marcadores potenciales, pueden automatizarse completamente y una posible reducción de la longitud requerida del fragmento a menos de 100 pb. [26]

    Farmacogenética Editar

    Algunos SNP están asociados con el metabolismo de diferentes fármacos. [32] [33] Los SNP pueden ser mutaciones, como deleciones, que pueden inhibir o promover la actividad enzimática, tal cambio en la actividad enzimática puede conducir a una disminución de las tasas de metabolismo de los fármacos [34] La asociación de una amplia gama de enfermedades humanas como el cáncer, Las enfermedades infecciosas (SIDA, lepra, hepatitis, etc.) autoinmunes, neuropsiquiátricas y muchas otras enfermedades con diferentes SNP pueden convertirse en dianas farmacogenómicas relevantes para la farmacoterapia. [35]

    Enfermedad Editar

    Un solo SNP puede causar una enfermedad mendeliana, aunque en el caso de enfermedades complejas, los SNP no suelen funcionar de forma individual, sino que trabajan en coordinación con otros SNP para manifestar una enfermedad como la osteoporosis. [33] Uno de los primeros éxitos en este campo fue encontrar una mutación de base única en la región no codificante del APOC3 (gen de la apolipoproteína C3) que se asoció con mayores riesgos de hipertrigliceridemia y aterosclerosis. [34]. Algunas enfermedades causadas por SNP incluyen artritis reumatoide, enfermedad de Crohn, cáncer de mama, alzheimer y algunos trastornos autoinmunes. Se han realizado estudios de asociación a gran escala para intentar descubrir SNP causantes de enfermedades adicionales dentro de una población, pero aún se desconoce un gran número de ellos.

      y rs6313 son SNP en el gen del receptor de serotonina 5-HT2A en el cromosoma humano 13. [36]
    • Un SNP en el F5 gen causa la trombofilia del Factor V Leiden. [37] es un ejemplo de un SNP trialélico en el gen CRP en el cromosoma humano 1. [38] codifica la capacidad de degustar PTC y contiene 6 SNP anotados. [39]
    • rs148649884 y rs138055828 en el FCN1 el gen que codifica la M-ficolina paralizó la capacidad de unión a ligando de la M-ficolina recombinante. [40]
    • Un SNP intrónico en el gen de reparación de errores de apareamiento del ADN PMS2 (rs1059060, Ser775Asn) se asocia con un aumento del daño del ADN del esperma y el riesgo de infertilidad masculina. [41]

    Como ocurre con los genes, existen bases de datos bioinformáticas para los SNP.

    • dbSNP es una base de datos SNP del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). Al 8 de junio de 2015 [actualización], dbSNP enumeró 149,735,377 SNP en humanos. [42] [43]
    • Kaviar[44] es un compendio de SNP de múltiples fuentes de datos, incluido dbSNP.
    • SNPedia es una base de datos estilo wiki que respalda la anotación, interpretación y análisis del genoma personal.
    • los OMIM La base de datos describe la asociación entre polimorfismos y enfermedades (por ejemplo, proporciona enfermedades en forma de texto).
    • dbSAP: base de datos de polimorfismos de un solo aminoácido para la detección de variaciones de proteínas [45]
    • La base de datos de mutaciones de genes humanos proporciona mutaciones genéticas que causan o están asociadas con enfermedades hereditarias humanas y SNP funcionales.
    • El Proyecto Internacional HapMap, donde los investigadores están identificando Tag SNP para poder determinar la colección de haplotipos presentes en cada sujeto. permite a los usuarios interrogar visualmente los datos reales de asociación a nivel de resumen en uno o más estudios de asociación de todo el genoma.

    El grupo de trabajo International SNP Map mapeó la secuencia que flanquea cada SNP por alineación con la secuencia genómica de clones de inserto grande en Genebank. Estas alineaciones se convirtieron en coordenadas cromosómicas que se muestran en la Tabla 1. [46] Esta lista ha aumentado enormemente desde que, por ejemplo, la base de datos de Kaviar ahora enumera 162 millones de variantes de un solo nucleótido (SNV).

    Cromosoma Longitud (pb) Todos los SNP TSC SNP
    SNP totales kb por SNP SNP totales kb por SNP
    1 214,066,000 129,931 1.65 75,166 2.85
    2 222,889,000 103,664 2.15 76,985 2.90
    3 186,938,000 93,140 2.01 63,669 2.94
    4 169,035,000 84,426 2.00 65,719 2.57
    5 170,954,000 117,882 1.45 63,545 2.69
    6 165,022,000 96,317 1.71 53,797 3.07
    7 149,414,000 71,752 2.08 42,327 3.53
    8 125,148,000 57,834 2.16 42,653 2.93
    9 107,440,000 62,013 1.73 43,020 2.50
    10 127,894,000 61,298 2.09 42,466 3.01
    11 129,193,000 84,663 1.53 47,621 2.71
    12 125,198,000 59,245 2.11 38,136 3.28
    13 93,711,000 53,093 1.77 35,745 2.62
    14 89,344,000 44,112 2.03 29,746 3.00
    15 73,467,000 37,814 1.94 26,524 2.77
    16 74,037,000 38,735 1.91 23,328 3.17
    17 73,367,000 34,621 2.12 19,396 3.78
    18 73,078,000 45,135 1.62 27,028 2.70
    19 56,044,000 25,676 2.18 11,185 5.01
    20 63,317,000 29,478 2.15 17,051 3.71
    21 33,824,000 20,916 1.62 9,103 3.72
    22 33,786,000 28,410 1.19 11,056 3.06
    X 131,245,000 34,842 3.77 20,400 6.43
    Y 21,753,000 4,193 5.19 1,784 12.19
    RefSeq 15,696,674 14,534 1.08
    Totales 2,710,164,000 1,419,190 1.91 887,450 3.05

    La nomenclatura de los SNP incluye varias variaciones para un SNP individual, aunque carece de un consenso común.

    El estándar rs ### es el que ha sido adoptado por dbSNP y usa el prefijo "rs", para "referencia SNP", seguido de un número único y arbitrario. [47] Los SNP se denominan con frecuencia por su número dbSNP rs, como en los ejemplos anteriores.

    La Sociedad de Variación del Genoma Humano (HGVS) utiliza un estándar que transmite más información sobre el SNP. Algunos ejemplos son:

    • c.76A & gtT: "c." para la región de codificación, seguido de un número para la posición del nucleótido, seguido de una abreviatura de una letra para el nucleótido (A, C, G, T o U), seguido de un signo mayor que ("& gt") para indicar sustitución, seguida de la abreviatura del nucleótido que reemplaza al anterior [48] [49] [50]
    • p.Ser123Arg: "p." para proteína, seguida de una abreviatura de tres letras para el aminoácido, seguida de un número para la posición del aminoácido, seguido de la abreviatura del aminoácido que reemplaza al primero. [51]

    Los SNP se pueden analizar fácilmente debido a que solo contienen dos alelos posibles y tres genotipos posibles que involucran a los dos alelos: homocigoto A, homocigoto B y heterocigoto AB, lo que lleva a muchas técnicas posibles de análisis. Algunos incluyen: secuenciación de ADN, electroforesis capilar, espectrometría de masas, polimorfismo de conformación monocatenario (SSCP), extensión de base única, análisis electroquímico, HPLC desnaturalizante y electroforesis en gel, polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción y análisis de hibridación.


    Polimorfismo de nucleótido simple

    El objetivo de la investigación genética es comprender el papel de la variación genética. En los seres humanos, el tipo más común de variación genética involucra bases de ADN únicas y se denomina polimorfismo de un solo nucleótido.

    El polimorfismo de ADN implica una de dos o más variantes en una secuencia de ADN particular y la variación en un solo par de bases de la secuencia de ADN da como resultado un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). Los SNP son el tipo más común de variación genética entre las personas, cada SNP representa una diferencia en un solo nucleótido. En promedio, ocurren una vez cada 300 nucleótidos, lo que significa que hay aproximadamente 10 millones de SNP en el genoma humano. Estas variaciones se encuentran comúnmente en el ADN entre genes.

    Los SNP explican gran parte de la diversidad fenotípica entre los individuos. En el genoma humano, la mitad de los SNP de la región codificante conocida provocan cambios en las secuencias de aminoácidos resultantes y la otra mitad no, estos se denominan SNP sinónimos. Los SNP sinónimos codifican cambios en la secuencia de ADN sin alterar la secuencia de la proteína resultante, estos SNP silenciosos se asumen como intrascendentes, sin embargo, estos SNP sinónimos representan un marcador genético de alteraciones moleculares funcionales con las que están en desequilibrio de ligamiento. Estos SNP alteran la función del gen y el fenotipo mediante diversos mecanismos, como la alteración del plegamiento de proteínas, la unión del ARNm o afectando el corte y empalme de la estabilidad del ARNm y la expresión del ARNm.

    Estos SNP pueden actuar como marcadores biológicos (también conocidos como marcadores genéticos), por lo que ayudan a localizar los genes asociados con la enfermedad. Los investigadores encontraron que los SNP pueden ayudar a predecir la respuesta de un individuo a ciertos medicamentos y la susceptibilidad a factores ambientales como las toxinas y el riesgo de desarrollar una enfermedad en particular. Los SNP con suficientes soluciones tecnológicas pueden permitir el mapeo de genes de enfermedades implicados en trastornos complejos. Uno de los ejemplos de mapeo de enfermedades asociadas con los SNP es la enfermedad de Alzheimer.

    La variación genética se define como la variación de genomas entre grupos de especies como resultado de mutaciones genéticas o deriva genética.

    En todos los organismos vivos, el material genético está formado por los mismos componentes básicos, llamados nucleótidos. Cada nucleótido contiene una de cuatro bases nitrogenadas: A (adenina), G (guanina), T (timina), C (citosina). Estos 4 bloques de construcción están unidos entre sí para formar largas cadenas, cuya secuencia luego codifica varias proteínas y productos génicos. La colección y organización de la secuencia de ADN es específica para cada especie y se denomina genoma.En promedio, dos humanos comparten el 99% de identidad genética, aunque la mayoría de las diferencias en la secuencia de ADN (genotipo) no resultan en cambios físicos notables (fenotipo), los pocos que explican la diversidad en la población humana son la altura, los ojos, la piel, & # 038 color de cabello, etc.

    La mutación es el proceso de creación de una nueva variación genética. La mutación en un gen puede surgir de procesos internos naturales como conversiones de genes, replicaciones celulares, recombinación meiótica y también de varios factores ambientales como el daño de los radicales libres causado por la ingestión de toxinas y radiaciones, etc.

    DE LA MUTACIÓN AL POLIMORFISMO:

    En los seres humanos, cada individuo tiene dos copias del genoma, cada una de las cuales proviene de cada padre. Entonces, en el genoma en una posición determinada, cada individuo tiene dos copias de una secuencia particular. La mutación provoca un cambio en una secuencia de ADN, lo que hace que el individuo tenga una copia de la secuencia original y una segunda secuencia nueva en el lugar de la mutación. Si la mutación ocurre en las células somáticas, entonces permanece solo en el individuo en el que ocurrió la mutación, y si la mutación ocurre en las células germinales (óvulos o espermatozoides), estos cambios genéticos pasan a la descendencia y, por lo tanto, son heredables. Este fenómeno, denominado deriva genética, puede actuar para aumentar o disminuir las frecuencias alélicas en la población. Si el alelo mutante alcanza una frecuencia del 1% o más en la población, se dice que el locus es "polimórfico".

    "Polimorfismo" es una palabra griega que significa "tener muchas formas". Por lo tanto, es fácil imaginar el polimorfismo genético que son dos cadenas de ADN que difieren en secuencia más que en forma. En el genoma humano, los tipos más comunes de polimorfismo se organizan en las 3 clases: -

    Elementos repetitivos: - En este tipo de polimorfismo se encuentran secuencias de ADN en múltiples copias a lo largo del genoma. Un ejemplo clásico es la repetición ALU (330 pares de bases de longitud), que se encuentra en más de 750.000 copias en el genoma. Otra forma de elementos repetitivos incluye el polimorfismo de repetición en tándem simple (STRP) o "microsatélites". En este tipo de polimorfismo, las unidades cortas de di, tri o tetranucleótidos se repiten consecutivamente en la posición polimórfica. Los microsatélites son altamente polimórficos, tienen hasta 30 alelos y, por lo tanto, muestran una alta diversidad alélica y alta heterocigosidad.

    Inserción y eliminación: - Este tipo de polimorfismo dialélico también se conoce como indeles. La presencia o ausencia de una o más bases de ADN en la posición polimórfica muestra la diferencia entre los alelos.

    Sustituciones: - Este tipo de polimorfismo también suele ser dialélico. Los alelos de este tipo de polimorfismo se distinguen por la sustitución de las bases de ADN, en lugar de la presencia o ausencia como en los indeles.

    POLIMORFISMO DE NUCLEÓTIDO SIMPLE

    Este es un tipo de polimorfismo en el que los alelos de estos implican solo bases individuales (tipo de polimorfismo OR que implica variación en un solo par de bases). Los alelos de SNP pueden formarse mediante la inserción o eliminación de una sola base o mediante la sustitución de una base por otra. En caso de sustitución, los alelos SNP se limitan a 4 Debido a que el ADN está formado por solo 4 bases de nucleótidos diferentes (A, T, G, C), por lo tanto, la sustitución de un solo nucleótido es como máximo tetraalélica. Sin embargo, los SNP tetraalélicos o trialélicos son muy frecuentes y la mayoría de los casos documentados verdaderos se encuentran en el genoma mitocondrial, por esta razón los SNP se consideran polimorfismo dialélico.

    Los alelos SNP se crean mediante sustituciones de transición (purina a purina / pirimidina a pirimidina) o transversión (purina a pirimidina / pirimidina a purina). En el genoma humano, el 70% de todos los SNP implican una transición de citosina (C) a timina (T). Esto se debe a la conversión de 5 metil citosina en timidina por mecanismo de desaminación.

    Los SNP están copiando errores:

    Una célula existente se divide en dos para formar células nuevas, primero copia su ADN para que cada célula nueva tenga un conjunto completo de instrucciones genéticas. A veces, las células cometen errores durante el proceso de afrontamiento, esto conduce a cambios en la secuencia de ADN en una ubicación particular, llamados SNP.

    Distribución cromosómica de SNP:

    Aunque ya hay unos 3 millones de SNP en las bases de datos, esto es solo una fracción de los 11 millones de SNP que se cree que están presentes en el genoma humano. Al comparar dos cromosomas elegidos al azar, varios estudios señalaron que un SNP ocurre en 1-2 kb de secuencia en un genoma.

    Sin embargo, los SNP no se distribuyen uniformemente a lo largo de ningún cromosoma. El cromosoma humano contiene grandes extensiones de secuencias no codificantes con parches de secuencias codificantes. Aproximadamente, la variación genética es 4 veces menor en la secuencia codificante que en las secuencias no codificantes. La alteración de determinadas secuencias, como los exones, los promotores y la secuencia potenciadora, podría afectar negativamente a las funciones biológicas normales, por lo que la presión de selección natural actuaría para preservar determinadas secuencias. Sin embargo, hay pocas excepciones en las que la secuencia de codificación muestra un alto grado de polimorfismo. Por ejemplo, existe una gran variabilidad de secuencia en y alrededor de los genes HLA, que codifican los componentes importantes del sistema inmunológico.

    Muchos SNP que se producen en los exones se encuentran en la posición de oscilación del marco de lectura y, por tanto, no alteran la secuencia de la proteína. Se cree que este tipo de cambios no tienen ningún efecto o tienen poco efecto sobre el producto génico y se denominan sustituciones sinónimas o silenciosas. Por otro lado, las variantes no sinónimas provocan la sustitución de un aminoácido por otro a nivel de proteína. La consecuencia de este tipo de sustitución sobre la función de la proteína varía desde ningún efecto hasta la interrupción total de la proteína. Los cambios en la base única más grave en las regiones del exón pueden producir cambios en el marco de lectura abierto o la creación de un codón de terminación, lo que puede causar una copia del producto génico no funcional. Estos tipos de variaciones no sinónimos alcanzan una frecuencia alta y se consideran polimorfismo. Dos regiones adicionales del cromosoma son Telómero (región final del cromosoma, que juega un papel importante en el envejecimiento) y Centrómero (región central del cromosoma, que juega un papel clave en la división celular) que se sabe que son altamente polimórficas.

    TÉCNICA DE DETECCIÓN DEL POLIMORFISMO DE NUCLEÓTIDOS ÚNICOS

    Los SNP son las posiciones en el genoma donde algunos individuos tienen un nucleótido y otros tienen un nucleótido diferente. Hay una gran cantidad de SNP en cada genoma, algunos de los cuales también dan lugar a RFLP, pero muchos de los cuales no lo hacen porque la secuencia en la que se encuentran no es reconocida por ninguna enzima de restricción. En el genoma humano hay al menos 1,42 millones de SNP, de los cuales solo 100000 dan como resultado un RFLP.

    Aunque cada SNP podría, potencialmente, tener cuatro alelos (porque hay 4 nucleótidos), la mayoría existen en solo dos formas, por lo que estos marcadores adolecen del mismo inconveniente que los RFLP con respecto al mapeo genético humano: existe una alta posibilidad de que un SNP no presenta ninguna variabilidad en la familia que se está estudiando. Las ventajas de los SNP son su abundante número y el hecho de que pueden tipificarse mediante métodos que no implican electroforesis en gel. Esto es importante porque la electroforesis en gel ha resultado difícil de automatizar, por lo que cualquier método de detección que la utilice será relativamente lento y laborioso.

    La detección de SNP es más rápida porque se basa en el análisis de hibridación de oligonucleótidos. Un oligonucleótido es una molécula de ADN monocatenaria corta, generalmente de menos de 50 nucleótidos de longitud, que se sintetiza en el tubo de ensayo. Estas sondas sintéticas también se conocen como oligonucleótidos específicos de alelo (ASO). ASO puede identificar alelos que se diferencian por un solo nucleótido. Los ASO detectan cambios de todos los tipos de un solo nucleótido, incluidos los que no afectan los sitios de corte de las enzimas de restricción. Si las condiciones son las adecuadas, entonces un oligonucleótido (ASO) se hibridará con otra molécula de ADN (con su secuencia complementaria & # 038 no con otras secuencias) solo si el oligonucleótido forma una estructura completamente emparejada de bases con la segunda molécula. Si hay un solo desajuste, una sola posición dentro del oligonucleótido que no forma un par de bases, entonces la hibridación no ocurre. Por tanto, la hibridación de oligonucleótidos puede discriminar entre los dos alelos de un SNP. Se han ideado varias estrategias de cribado que incluyen tecnología de chip de ADN y técnicas de hibridación en solución.

    Un SNP es un tipo de marcador genético (marcador de ADN) con una alteración de un solo par de bases en un sitio particular en algunos individuos, ese sitio es el locus SNP. Estos marcadores de ADN se detectan mediante análisis molecular de ADN y se pueden utilizar en análisis genéticos. Los loci de SNP abundan en el genoma humano, en promedio una vez cada 1000 pb. La presencia de abundancia de loci de SNP permitió a los investigadores desarrollar mapas detallados de la ubicación de los SNP en el cromosoma.

    Este es un trastorno cerebral degenerativo complejo que se caracteriza por un deterioro cognitivo progresivo y deterioro de la memoria. Este trastorno afecta anualmente a unos 2,5 millones de estadounidenses. Es la cuarta causa principal de muerte entre los estadounidenses de edad avanzada. En 1900 el neurólogo alemán ALIOS ALZHEIMER, encontró esta enfermedad acompañada de pérdida orgánica de la función intelectual (demencia) así como pérdida de memoria e incapacitación general. Las víctimas a menudo no pueden hablar, caminar o hacer la tienda de campaña para satisfacer sus necesidades más básicas.

    En 1987, investigadores de varias instituciones identificaron un gen específico que inducía la anomalía del tejido cerebral, que caracteriza la enfermedad. Y luego, simultáneamente, otro equipo de investigación anunció que estaba usando una sonda de ADN para localizar un marcador genético de la enfermedad en el cromosoma 21 humano. Pero estos hallazgos no sugieren que todos los casos de esta enfermedad estén genéticamente relacionados, indican que al menos una forma de esta enfermedad (es decir, enfermedad de Alzheimer familiar (FAD)) puede ser heredable.

    El gen responsable de la anomalía FAD aparece para fabricar una proteína llamada amiloide. El amiloide es un componente importante de los grupos de fibras nerviosas muertas y moribundas que obstruyen el cerebro de los pacientes con enfermedad de Alzheimer. En algunas personas, esta forma de demencia se adquiere antes de los 65 años (denominada de inicio temprano o FAD), pero la mayoría de las veces ocurre tarde en la vida.


    Población de ciervos rojos

    El Reinhardswald es parte de Weserbergland, una de las mayores áreas forestales coherentes de Alemania y se encuentra en el norte del estado federal de Hesse (51 ° 30 ′ N, 9 ° 34’O). El bosque cubre un área de 183 km 2 y, según la asociación de ciervos rojos de Reinhardswald, tiene un tamaño de censo de aproximadamente 1000 animales de los cuales aproximadamente 50 animales son blancos.

    El fenotipo

    Los ciervos blancos de Reinhardswald no son albinos. El color del pelaje es muy pálido, más fuerte en verano que en invierno. La dilución se puede distinguir cualitativamente a simple vista. Los ojos y las garras suelen estar pigmentados o ligeramente aclarados. Aparte del color del pelaje y de los ojos, los animales blancos no difieren del marrón de la población en altura, peso y hábito (Fig. 1). Sin embargo, no se dispone de información detallada sobre el fenotipo (histología, fisiología, bioquímica).

    El ciervo muestra un brillo ligeramente más fuerte que el ciervo. Los ojos están claramente pigmentados con ambos animales (a). Comparación entre una cierva marrón normal y una cierva con pelaje blanco (B)

    Coleccion de muestra

    Durante las temporadas de caza de 2013 a 2015, las muestras de tejido de marrón (norte = 194) y blanco (norte = 3) ciervo rojo y muestras de astas de ciervo rojo blanco (norte = 8) fueron recolectados. Para la secuenciación, se dispuso de muestras de dos hembras (una hembra adulta blanca con su cría marrón). Se tomaron muestras de astas existentes y muestras de tejido congelado proporcionadas por personas autorizadas para practicar la caza. No se sacrificó ningún animal específicamente para el estudio. No se tomaron muestras de animales vivos y no se buscaron ni recolectaron cuernos caídos para el estudio. Todas las muestras fueron acompañadas de información sobre edad, peso, color y coto de caza. Además, se registró la presencia / ausencia de animales blancos en la manada de ciervos de la que se tomó una muestra.

    Otras muestras de brown (norte = 21) y blanco (norte = 9) se recolectaron ciervos rojos exactamente de la misma manera en Siegen-Wittgenstein, otra área con animales marrones y blancos. Reinhardswald y Siegen-Wittgenstein están separados por 110 km, una autopista vallada, varias carreteras rurales y una zona libre de ciervos rojos. Ambas poblaciones no estaban relacionadas o vinculadas entre sí, como lo muestra una prueba de diferenciación de población implementada en Genepop (ver más abajo).

    Se tomaron muestras de astas como muestras de núcleo de perforación de la base y se almacenaron secas a temperatura ambiente. Las muestras de tejido se congelaron a -20 ° C hasta su uso.

    Extracción de ADN

    Se extrajo ADN genómico de muestras de tejido y núcleos de brocas de asta con el kit Instant Virus RNA (Analytik Jena, Alemania). Este kit se probó a fondo con los kits de extracción de ADN y se encontró que su facilidad de uso y su eficiencia en la extracción de ADN eran comparables o incluso superiores. Se trataron núcleos de taladro de asta (0,1 a 0,3 g) en un molino de bolas (MM200, Retsch, Alemania) a una frecuencia de 25 Hz durante 2 min. Las muestras de tejido se suspendieron en 450 µl de tampón de lisis y posteriormente se trataron de la misma forma que los núcleos de las brocas de asta. Todos los pasos siguientes se realizaron de acuerdo con las instrucciones del fabricante. El ADN extraído se eluyó con 60 µl de agua libre de ARNasa.

    La concentración de ADN se midió fotométricamente con el espectrofotómetro Nanodrop 2000 (Thermofisher, EE. UU.) Y el sistema Qubit 2 (kit de ensayo Qubit dsDNA br y kit de ensayo Qubit dsDNA hs, Thermofisher, EE. UU.).

    Control de calidad del ADN y secuenciación de próxima generación

    El ADN de la cierva y del ternero se proporcionó para la secuenciación genómica. La cantidad de ADN se cuantificó mediante qPCR con el kit de cuantificación de bibliotecas Kapa (Kapabiosystems, EE. UU.) Y se diluyó a 20-30 ng / μl para la preparación de bibliotecas (kit de preparación de muestras sin PCR de ADN TruSeq, Illumina, EE. UU.). Los tamaños de los fragmentos de las bibliotecas se visualizaron con un BioAnalyzer 2100 (Agilent Genomics, EE. UU.).

    Las bibliotecas de calidad controlada se secuenciaron utilizando el instrumento HiSeq 2500 (Illumina, EE. UU.). Se secuenciaron bibliotecas de extremos emparejados (lecturas de 2 × 126 pb) con una cobertura media de diez veces.

    Antes de seguir procesando, se verificó la calidad de los datos sin procesar para detectar secuencias duplicadas y sobrerrepresentadas con FastQC (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/).

    Luego, las secuencias sin procesar se convirtieron de un archivo de llamada base (bcl) a archivos fastq y las sondas mixtas se demultiplexaron a través del programa bcl2fastq Conversion Software de Illumina (http://emea.support.illumina.com/downloads/bcl2fastq_conversion_software_184.html?langsel= /Delaware/). Porque un Cervus elaphus El genoma de referencia no estaba disponible al comienzo del estudio, las lecturas resultantes se alinearon al principio con la secuencia de referencia del genoma bovino (UMD 3.1 [43]) y en un segundo paso a la Cervus elaphus secuencia de referencia CerEla1.0, ambos utilizando el BWA-MEM algoritmo (https://arxiv.org/abs/1303.3997). Después del procesamiento de los datos, los archivos individuales se fusionaron y convirtieron desde el SAM al BAM formato con SAMtools [44]. Las lecturas duplicadas se marcaron con el PICARDtools mando MarkDuplicates (https://github.com/broadinstitute/picard/).

    Llamada de variantes, anotación e identificación de variantes candidatas

    Para identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), así como polimorfismos de inserción y deleción cortos (INDEL) en las lecturas anotadas de las dos muestras secuenciadas de ciervo colorado, utilizamos el mpileup algoritmo implementado en SAMtools [44]. Con el filtrar algoritmo de PICARDtools (https://github.com/broadinstitute/picard/) denominadas variantes se filtraron excluyendo todos los SNP dentro de los 3 pares de bases de un INDEL y con CUAL puntuación, y excluyendo INDELs dentro de 2 pares de bases de otro INDEL.

    Para la anotación funcional de cada llamado SNP adaptamos el VariantEffectPredictor (VEP) de Ensemble [45].

    Además, extrajimos un subconjunto de SNP basados ​​en una lista de genes de color detectados en ratones, humanos y peces cebra (Federación Internacional de Sociedades de Células Pigmentarias http://www.ifpcs.org/albinism/). Resultante VEP Los archivos anotados que contienen solo regiones genómicas que codifican el color del pelaje se verificaron sobre la base de un modelo de herencia genética recesiva para determinar los impactos no sinónimos de las mutaciones.

    Validación de SNP candidatos

    Los SNP se seleccionaron en un procedimiento jerárquico como candidatos a SNP para su posterior procesamiento. En primer lugar, tenían que estar dentro del rango de genes de color especificado por la Federación Internacional de Sociedades de Células Pigmentarias. El segundo requisito previo era que el SNP no fuera sinónimo. El SNP tenía que ser homocigoto para las crías y heterocigoto para el ternero. Los 21 candidatos-SNP que respondieron (15 genes diferentes) fueron validados por secuenciación de Sanger (analizador genómico ABI 3500). Para ello, se amplificaron y secuenciaron por PCR regiones que incluían los SNP candidatos. Se diseñaron cebadores de PCR (https://primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgi) a partir de los datos de NGS en combinación con los datos del Bos tauro genoma de referencia (UMD 3.1). Posteriormente se verificaron los SNPs con CerEla1.0, el Cervus elaphus genoma de referencia.

    Pirosecuenciación

    Los genotipos de animales se detectaron mediante pirosecuenciación en un sistema de identificación Pyromark Q96 (Qiagen, Alemania) y las secuencias se analizaron con el software Pyro-Mark ID 1.0 (Qiagen, Alemania).

    La PCR se realizó en un volumen total de 40 μl que consta de 20 μl de Multiplex Mastermix (Qiagen, Alemania), 4 μl de mezcla de cebadores (HW-TYRF 5′-TTTCCAGGATTGCGCAGTA-3 ', HW-TYRR 5'-TGCAGCAGATTGGAGGAGTAC-3' ) con una concentración final de 0,4 μM, 12 μl de agua y 4 μl de ADN molde. Las condiciones del ciclo fueron las siguientes: activación inicial de la ADN polimerasa durante 15 min a 95 ° C, seguida de 35 ciclos de desnaturalización a 94 ° C durante 30 segundos, hibridación a 52 ° C durante 90 segundos y extensión a 72 ° C durante 30 segundos. segundos, seguido de la extensión final a 72 ° C durante 10 min. La calidad y cantidad de los productos de la PCR se comprobó mediante electroforesis en geles de agarosa al 1,5% teñidos con Midori Green Advance (Biozym, Alemania). Los productos de PCR inmovilizados en perlas de estreptavidina-sefarosa se liberaron en 40 µl de cebador de secuenciación 5 µM (HW-TYRS 5’-ATGGTCCCTCAGACG-3 ′) y se sometieron a pirosecuenciación.


    Diferencia entre mutación y polimorfismo

    La principal diferencia entre mutación y polimorfismo es que la mutación es un cambio en una secuencia de ADN del genoma de un organismo en particular, mientras que el polimorfismo es una mutación que ocurre en más del 1% de una población en particular.. Las mutaciones pueden ser tanto hereditarias como adquiridas. le différence principale entre mutation et polymorphisme est que la mutation est un changement dans une séquence d'ADN du génome d'un organisme particulier alors que le polymorphisme est une mutation qui survient chez plus de 1% d'une Population donnée Quelle est la différence entre la mutation et le polymorphisme? • Les mutations surviennent principalement chez un ou deux individus, ce qui corresponden le plus souvent à moins de 1% de la Population.Les mutations peuvent être ou ne pas être nocives pour l'individu. • Le polymorphisme se retrouve plus souvent dans une Population en commun. Por consiguiente, il se produit au moins dans 1% des individus de la Population. Le polymorphisme peut également être nocif pour les individus ou.

    Diferencia entre la definición de mutación y polimorfismo

    • Las principales diferencias entre la mutación y el polimorfismo: la mutación es rara y deletérea, mientras que el polimorfismo es común y tolerado
    • Desde un punto de vista estrictamente gramatical y etimológico, una mutación es un evento (de mutar) y un polimorfismo es una condición o cualidad (de ser polimórfico), pero estos términos, por extensión, rápidamente pasaron a significar el evento o condición resultante en sí. En principio, una variante de ADN puntual se puede etiquetar como una mutación o SNP
    • Como yo lo veo (y de una manera muy simple para explicarlo), el polimorfismo es un conjunto de opciones para un gen, puede esperar una versión A o B de ese gen. La mutación es un cambio en ese gen, puede serlo.
    • Una mutación se define como cualquier cambio en una secuencia de ADN fuera de lo normal. Esto implica que hay un alelo normal que prevalece en la población y que la mutación lo cambia a raro y ..
    • El término polimorfismo y mutación se suele utilizar en un entorno clínico. mutación a menudo significa que esta es la variante que causa (muy probablemente) nuestro fenotipo clínico. El polimorfismo a menudo significa: esta variante tiene una frecuencia superior al 1% en la población, por lo que no creemos que cause el fenotipo clínico.
    • El polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) y la mutación son dos de esas variaciones que dan como resultado diferencias en la secuencia de nucleótidos en los organismos. La diferencia clave entre SNP y mutación es que SNP representa una diferencia de un solo nucleótido en el ADN, mientras que la mutación representa cualquier cambio en el ADN, incluidas las diferencias de uno a muchos nucleótidos.

    . Este video te ayudará a comprender y recordar siempre. Diferencia entre mutación y polimorfismo Diferencia principal - mutación vs polimorfismo Mutación y polimorfismo son deux termes utilisés pour décrire les variantes de l'ADN. Des variantes de l'ADN peuvent survenir en raison d'erreurs dans la réplication de l'ADN ou de facteurs externes tels que les UV et les produits chimiques Por lo que he visto hasta ahora, la gente dice que la mutación tiene un efecto adverso asociado con él, mientras que el polimorfismo no tiene. De manera similar, cómo podemos comparar los tres términos que he mencionado anteriormente. Como sustantivos, la diferencia entre polimorfismo y mutación es que el polimorfismo es la capacidad de asumir diferentes formas o formas, mientras que la mutación es una mutación. Actualmente estoy en un proyecto de biomarcadores. Si los datos relevantes para el polimorfismo vienen en artículos de pubmed, entonces los seleccionaré para el marcador que se menciona en el ensayo clínico como mutación del marcador.

    Diferencia entre mutación y polimorfismo / Science La

    ¿Cuál es la diferencia entre SNP y mutación? Comparación de diferencias clave. Términos clave. Evolución, Frecuencia, Mutación, Polimorfismo, SNP. Qué es un SNP. El SNP (polimorfismo de un solo nucleótido) es un tipo de variante de ADN definida por lo detectable con una frecuencia superior al 1% dentro de una población. Por tanto, es la genética más común.

    Diferencia entre mutación y polimorfismo 202

    1. Una mutación se define como cualquier cambio en una secuencia de ADN fuera de lo normal. Esto implica que existe un alelo normal que prevalece en la población y que la mutación lo cambia a una variante rara y anormal. Por el contrario, un polimorfismo es una variación de la secuencia de ADN que es común en la población. En este caso, ningún alelo individual se considera la secuencia estándar.
    2. FAR 459: FARMACOGENÓMICO
    3. Diferencias entre el polimorfismo genético y la mutación Una regla empírica que se utiliza a veces es clasificar las variantes genéticas que ocurren por debajo del 1% de frecuencia de alelos como mutaciones en lugar de polimorfismos. Sin embargo, dado que los polimorfismos pueden ocurrir con una frecuencia de alelos baja, esta no es una forma confiable de diferenciar las nuevas mutaciones de los polimorfismos.
    4. El polimorfismo significa reutilización con diferentes tipos. Entonces, con mi ejemplo de conjunto, podría crear conjuntos de números de Seguro Social, conjuntos de nombres completos o conjuntos de murciélagos de frutas, todos usando el mismo código. Obviamente, puede definir una clase que sea tanto abstracta como polimórfica. El polimorfismo es aún más confuso porque hay dos formas de implementar el polimorfismo. En el polimorfismo paramétrico, puede reutilizar el.

    En este artículo, discutimos brevemente el diferencia Entre Herencia y polimorfismo. El primario diferencia Entre herencia y polimorfismo es que la 'herencia' permite que el código ya existente se reutilice nuevamente en el programa y polimorfismo proporciona un mecanismo para decidir dinámicamente qué forma de función se invocará. Diferencia principal: herencia frente a polimorfismo. La herencia y el polimorfismo son dos términos que se utilizan en genética para describir rasgos. La principal diferencia entre herencia y polimorfismo es que la herencia describe cómo los rasgos de un organismo en particular se transmiten de generación en generación, mientras que el polimorfismo describe las diferentes formas de un organismo en particular que ocurren dentro de una población Los polimorfismos y mutaciones surgen a través de procesos bioquímicos similares, pero el uso de la El polimorfismo de palabras evita implicar que cualquier alelo en particular sea más normal o anormal. Por ejemplo, un cambio en la secuencia de ADN de una persona que conduce a una enfermedad como el cáncer se llama correctamente una mutación, pero una diferencia en la secuencia de ADN que explica si una persona tiene el pelo rojo o no. El polimorfismo en general se refiere a la variación genética de rasgos dentro de una población (o especie), debido a mutaciones. Un 'polimorfismo de un solo nucleótido' es un único cambio en la secuencia de ADN de un organismo en algún momento. Entonces: A - & gt C. o. T - & gt G. O alguna otra combinación de estos. Es simplemente un cambio de un solo nucleótido. Más específicamente, un SNP está presente en al menos el 1% de un determinado.

    Resumen: isomorfismo frente a polimorfismo El isomorfismo y el polimorfismo expresan dos ideas opuestas. La diferencia entre isomorfismo y polimorfismo es que el isomorfismo se refiere a la presencia de dos o más compuestos con morfologías idénticas, mientras que el polimorfismo se refiere a la presencia de diferentes morfologías de la misma sustancia Diferentes mutaciones en el gen FGFR3 también dan lugar a una diversa gama de fenotipos. incluidos siete trastornos con nombres diferentes que afectan el desarrollo del esqueleto o de la piel, una situación que no es infrecuente en la genética humana. Tipos de variación genética Variantes de un solo nucleótido Con mucho, el tipo más común de cambio mutacional es la sustitución de un solo nucleótido (nt), en la que a. Diferencias entre polimorfismo genético y mutación. Una regla empírica que se usa a veces es clasificar las variantes genéticas que ocurren por debajo del 1% de frecuencia de alelos como mutaciones en lugar de polimorfismos. Sin embargo, dado que los polimorfismos pueden ocurrir con una frecuencia de alelos baja, esta no es una forma confiable de diferenciar nuevas mutaciones de polimorfismos. Identificación. Los polimorfismos se pueden identificar en. Para la bioquímica, un polimorfismo es una de las múltiples formas alternativas dentro de una secuencia de proteína o ácido nucleico. Para la genética, un polimorfismo se refiere a variantes genéticas dentro de la población que permiten la evolución por selección natural. Una mutación es un cambio en la secuencia de ácido nucleico, como en la secuencia de un gen o sus elementos reguladores. En un proyecto de secuenciación, los polimorfismos de nucleótido único (SNP) y las mutaciones del ADN se definen como variantes de ADN detectables en & gt1% o & lt1% de la población, respectivamente.. El uso alternativo de los dos términos mutación o polimorfismo para el mismo evento (una diferencia en comparación con una referencia) puede dar lugar a problemas de clasificación. Estos problemas pueden afectar la precisión de la interpretación y la relación funcional entre un estado de enfermedad y una secuencia genómica. Proponemos resolver.

    Una mutación se define como cualquier cambio en una secuencia de ADN fuera de lo normal. Esto implica que hay un alelo normal que prevalece en la población y que la mutación lo cambia a una variante rara y anormal. Por el contrario, un polimorfismo es una variación de la secuencia de ADN que es común en la población. Polimorfismo significa que el gen tiene varias formas posibles, todas válidas y todas funcionando bien. Por otro lado, una mutación es algo que ocurre por alguna razón, que no es necesariamente. La proporción de polimorfismo en el grupo de control hipotético se estableció en 0.001% (lo más cerca posible del 0%), ya que el 0% de los controles se esperaría que llevara una mutación causante de enfermedad. El alfa, o nivel de significancia, se estableció en 5%. La potencia, o el porcentaje de estudios que se espera que produzcan un efecto significativo, se estableció en 80% y 95%. La potencia se establece comúnmente en el 80%, sin embargo, en ese nivel, a. Diferencia entre polimorfismo y mutación: 1287201 sujoydebnath7105 está esperando su ayuda. Agrega tu respuesta y gana puntos

    ¿Cuál es la diferencia entre polimorfismo y mutación?

    • ¿Cuál es la diferencia entre polimorfismo y mutación de una especie?
    • El polimorfismo en general se refiere a la variación genética de rasgos dentro de una población (o especie), debido a mutaciones. Un 'polimorfismo de un solo nucleótido' es un único cambio en la secuencia de ADN de un organismo en algún momento. Entonces: A - & gt C. o. T - & gt G. O alguna otra combinación de estos. Es simplemente un cambio de un solo nucleótido. Más específicamente, un SNP está presente en al menos el 1% de una población determinada.
    • Si se ha demostrado que una diferencia en la secuencia de ADN entre los individuos está asociada con una enfermedad, generalmente se la denominará mutación genética. Los cambios en la secuencia de ADN que se ha confirmado que son causados ​​por agentes externos también se denominan generalmente mutaciones en lugar de polimorfismos. [Fuente: PHRMA Genomics Lexicon

    Diferencias clave entre mutaciones y variaciones. Los siguientes puntos son importantes para diferenciar la mutación y la variación: La mutación es el cambio natural y permanente que provoca cambios en el ADN o la secuencia genética en cualquier organismo vivo. Estos cambios pueden ser pequeños o grandes, lo que puede afectar a todos los genes o cromosomas. Por otro lado, la variación o variación genética sí lo es. .La variación doit être située à un endroit spécifique du génome et apparaître sur une Ratio supérieure à 1% de la Population pour.

    la mutación y el polimorfismo, y también la mutación puntual frente al SNP, se pueden usar de forma independiente para describir el mismo evento, es decir, una diferencia en la secuencia en comparación con una referencia. Desde un punto de vista estrictamente gramatical y etimológico, una mutación es un evento (de mutación) y un polimorfismo es una condición. La principal diferencia es que el polimorfismo es un resultado específico de la herencia. El polimorfismo es donde el método que se invocará se determina en tiempo de ejecución según el tipo de objeto. Esta es una situación que se produce cuando una clase hereda de otra y anula un método en particular. Sin embargo, en un árbol de herencia normal, no es necesario anular ningún método y, por lo tanto, no todos. Un polimorfismo es una variante que ya existe en una población (con una frecuencia arbitrariamente alta, durante un período de tiempo arbitrariamente largo, con una estabilidad arbitraria). Como tal, un polimorfismo generalmente se hereda intacto del padre, es decir, el p ..

    Definición de mutación y polimorfismo en la era de

    • La diferencia clave entre polimorfismo y alotropía es que el polimorfismo ocurre en compuestos químicos mientras que la alotropía ocurre en elementos químicos. El polimorfismo es la presencia de varias formas diferentes del mismo material sólido. Significa que los compuestos de este tipo pueden tener más de una estructura cristalina. La alotropía, por otro lado, es un concepto químico similar, pero.
    • También lo utilizan los biólogos moleculares para determinar mutaciones puntuales en el genotipo. En la nomenclatura taxonómica de la zoología, el término morpha más un nombre latino para el morph se pueden agregar a un nombre binomial o trinomial. Por otro lado, el concepto de morfos en la taxonomía botánica se caracteriza por los términos variedad, subvariedad y forma. El polimorfismo puede ser mucho.
    • Un polimorfismo es un término que se usa para describir diferentes formas de un gen que son comunes dentro de la población, pero que generalmente no causan enfermedades. Es como tener diferentes grafías para la misma palabra, pero significan lo mismo (piense en escribir la palabra como color en lugar de color, que suele ser el caso fuera de los EE. UU.). Como los científicos han profundizado en las complejidades del.
    • La diferencia entre un SNP y una mutación La nueva definición de polimorfismo genético fue propuesta por Cavalli-Sforza & Bodmer en 1971. Se define como la ocurrencia en la misma población de dos o más alelos en un locus, cada uno con una frecuencia apreciable y ampliamente aceptado en un umbral arbitrario del 1%
    • En biología, el polimorfismo es la aparición de dos o más morfos o formas claramente diferentes, también denominados fenotipos alternativos, en la población de una especie. Para ser clasificados como tales, los morfos deben ocupar el mismo hábitat al mismo tiempo y pertenecer a una población panmíctica (una con apareamiento aleatorio). En pocas palabras, el polimorfismo es cuando hay dos o más posibilidades de un rasgo en a.

    ¿Cuál es la diferencia esencial entre mutación y

    Explique cómo diferentes personas con síndrome de Proteus tienen deformidades en diferentes partes del cuerpo. Problema 7. Explique por qué los glóbulos blancos de Henne Holstege tenían cientos de mutaciones, pero sus neuronas cerebrales no tenían ninguna. Sam L. Universidad de California - Los Ángeles. Vaya a la pregunta. Problema 1 Problema 2 Problema 3 Problema 4 Problema 5 Problema 6 Problema 7 Problema 8 Problema 9 Problema 10 Problema 11. Un gen es una unidad de material genético (ADN o ARN) que conduce a un determinado rasgo. Una mutación en ese gen que conduce a una versión alternativa significa que ahora hay 2 alelos (versiones específicas) de ese gen: el alelo estándar y el mutante a .. Una mutación, por otro lado, es cualquier cambio en una secuencia de ADN. lejos de lo normal (lo que implica que hay un alelo normal que atraviesa la población y que la mutación cambia este alelo normal a una variante rara y anormal). En los polimorfismos, hay dos o más alternativas igualmente aceptables De hecho, 21 mutaciones puntuales diferentes en este gen ha sido informado. Entre estos, el polimorfismo de repetición CCCCCTCTA presente entre los nucleótidos 8271 y 8279 del mtDNA ha sido bien investigado en estudios de poblaciones filogénicas. MERRF es un trastorno mitocondrial multisistémico definido por mioclonías, epilepsia generalizada, ataxia y fibras rojas irregulares (FRR) en biopsias musculares. En genética, un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP / sn ɪ p / plural / sn ɪ ps /) es una sustitución de un solo nucleótido en una posición específica del genoma, que está presente en una fracción suficientemente grande de la población (por ejemplo, 1 % o más). Por ejemplo, en una posición de base específica en el genoma humano, el nucleótido C puede aparecer en la mayoría de los individuos, pero en una minoría de individuos.

    SNP es una especie de mutación. Las mutaciones son cualquier cambio realizado en la secuencia del ADN. Las mutaciones no siempre tienen un fuerte efecto negativo, y tales mutaciones (o cambios) en la secuencia del ADN pueden permanecer en la población. SNP es este tipo de mutación. La relación significativamente positiva Entre la frecuencia de los sitios de segregación silenciosos dentro de S. vulgaris, y la proporción de silenciosos fijos diferencias Entre S. vulgaris y su grupo externo S. paradoxa proporcionan evidencia adicional y sustancial de que la variación en el sitio silencioso polimorfismo entre genes es una función de variación en mutación Tasa El polimorfismo genético es la existencia de estados alternativos del ADN, que determinan la variación de los niveles más altos de integración del organismo. Existen diferentes tipos de modificaciones genómicas (mutaciones). Las más estudiadas son las sustituciones de nucleótidos en regiones codificadoras y reguladoras. 1. Definición Figura 1. Alelismo y homología. Representación de dos pares de genes ligados a su último. . 1 y ver las refs. en ref. Muchos estudios han intentado abordar este problema considerando los niveles de polimorfismo dentro de las especies o de divergencia entre especies (3, 4). Se puede obtener una mayor resolución al dividir el proceso de sustitución de mutaciones en dos fases separadas, polimorfismo.

    La mutación es un término relacionado con la vicisitud. Como sustantivos, la diferencia entre mutación y vicisitud es que mutación es mutación, mientras que vicisitud es cambio regular o sucesión de una cosa a otra, o una parte de un ciclo a la siguiente alternancia sucesión mutua intercambio La correlación entre el polimorfismo del gen ZBEK1 y el grupo de caso o control fue probada por el La razón principal de la diferencia entre nuestras conclusiones y el metanálisis puede ser el tamaño de la muestra y el diseño del estudio.. Su estudio fue un metanálisis realizado en la población de los EE. UU. (3368 casos y 2880 controles) y Polonia (1995 casos y 2296 controles) con un tamaño de muestra grande.

    El polimorfismo de conformación monocatenario (SSCP), o polimorfismo monocatenario de cadena, se define como una diferencia conformacional de secuencias de nucleótidos monocatenarios de longitud idéntica inducidas por diferencias en las secuencias en determinadas condiciones experimentales. Esta propiedad permite distinguir las secuencias mediante electroforesis en gel, que separa los fragmentos según. Sin embargo, el enfoque del equilibrio de mutación-selección-deriva para el sesgo de codón es bastante lento, en el orden del recíproco de la tasa de mutación, por lo que la discrepancia en el N e relativo entre P. tremula y P. trichocarpa se basa en cambios en el sesgo de codón y las diferencias en los niveles permanentes de polimorfismo de nucleótidos probablemente se pueden explicar por el hecho de que aún no se ha alcanzado el sesgo de codones. Creado por Ross Firestone. Vea la siguiente lección: https://www.khanacademy.org/test-prep/mcat/biomolecules/genetic-mutations/v/the-causes-of-genetic-mutations. La diferencia entre un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) y una mutación puntual es que: una mutación puntual es cuando un par de bases se cambia a un par de bases diferente, mientras que un SNP es cuando el par de bases difiere entre los individuos de una población. Las NVC son mutaciones cromosómicas que siempre se deben a duplicaciones. ¿verdadero o falso? falso. ¿Qué explica por qué las enzimas de restricción no son útiles para.

    Video: ¿polimorfismo genético Vs mutación genética? - ResearchGat

    ¿Cuál es la diferencia entre polimorfismo y mutación?

    Propósito: El mecanismo de sensibilidad y resistencia a los inhibidores del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) no se comprende completamente, particularmente en cánceres distintos del cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC). Para comprender la respuesta variable a esta clase de fármacos, utilizamos las líneas celulares de cáncer NCI60. Nuestro objetivo fue determinar si existen interacciones entre la expresión de EGFR, mutaciones. Polimorfismo: interacción entre selección natural y mutación Definición: Polimorfismo - situación en una población / especie donde existen ≥ 2 alelos para un gen, y al menos 2 alelos tienen una frecuencia & gt 1%.o (Definición en el libro de texto: loci [es decir, genes] con más de un alelo.) El polimorfismo se debe a que la selección natural actúa sobre la variación genética causada por la mutación 18) ¿Cuál es la diferencia entre un polimorfismo y una mutación? 19) Cuando se cruzan mutantes escarlata (ojos rojos brillantes) con mutantes cinabrio (ojos rojos brillantes), la generación F1 resultante tiene un color de ojos de tipo salvaje (rojo oscuro). ¿Qué significa esto? Se examinó la mutación KRAS LCS6 en muestras de sangre tomadas de todos los pacientes de ambos grupos. No se determinó ninguna diferencia estadísticamente significativa entre los pacientes con CE y el grupo de control en las características demográficas. El peso y los valores del índice de masa corporal (IMC) fueron más altos en el grupo EC (p & lt .001). Mientras que la incidencia de este polimorfismo es del 5,8%.

    Aunque los portadores del alelo Pro entre los pacientes fumadores mostraron una tasa de mutación más alta que los homocigotos Arg / Arg, la diferencia entre los genotipos tuvo una significación marginal (0,1 & ltP & lt0,05) y fue estadísticamente insignificante, si el estudio se limitaba a pacientes más jóvenes. Por tanto, los datos actuales no pueden confirmar una posible asociación del polimorfismo p53 con su tasa de mutación con respecto a. Pregunta: Diferencia entre mutaciones somáticas e hipermutación somática. 0. Hace 4,8 años por. mangfu100 • 740. República de Corea. mangfu100 • 740 escribió: Hola a todos. Tengo una pregunta sobre algunas terminologías. Sé lo que son las mutaciones somáticas. Sin embargo, ¿qué son las hipermutaciones? ¿Existe alguna diferencia clara entre ellos? secuenciación • 2.0k vistas AÑADIR COMENTARIO • enlace • No. Al comprender la diferencia entre la mutación del gen C667T y la mutación del gen A1298C, puede obtener una gran ventaja. Cuando se trata de tratar los trastornos genéticos. La diferencia entre las mutaciones de los genes C677T y A1298C. Cuando se nos diagnostica una o más de estas mutaciones genéticas, lo mejor es mirar cada una de manera diferente. Esto se debe a que cada gen representa un gen diferente. • El polimorfismo se puede mantener mediante un equilibrio entre la variación creada por nuevas mutaciones y la selección natural (ver carga mutacional). • La variación genética puede deberse a una selección dependiente de la frecuencia. • Existe polimorfismo de nicho múltiple cuando diferentes genotipos deben tener diferentes adaptaciones en diferentes nichos. • La ventaja heterocigótica puede mantener alelos que de otro modo serían.

    Diferencia entre SNP y mutación Compare el

    Un polimorfismo en el gen que codifica la metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR), causado por la mutación puntual C677T, conduce a una mayor termolabilidad de la enzima, con una actividad enzimática reducida. Estudiamos la frecuencia de esta mutación en diferentes grupos de población adulta suiza. PACIENTES Y MÉTODOS: El ADN de 361 sujetos se cribó para la variante termolábil MTHFR con PCR. ¿Cuál es la diferencia entre una mutación puntual y un polimorfismo de nucleótido único (SNP)? Un SNP no cambia el tamaño de la secuencia genética. B. Más de un nucleótido cambia en una mutación puntual. C. SNP está presente en al menos el 1% de la población. Obviamente, existen diferencias étnicas entre los polimorfismos del gen UGT1A1. Debido a la diferencia de antecedentes genéticos y medio ambiente, el tratamiento con pacientes con cáncer colorrectal de Guangxi Zhuang no debe seguir completamente a los pacientes han euroamericanos o chinos. El objetivo del estudio fue explorar la correlación del polimorfismo del gen UGT1A1 del cáncer colorrectal metastásico de Guangxi Zhuang (mCRC). Por lo tanto, sustitución fija y SNP son dos conceptos absolutamente diferentes. Por lo tanto, el término polimorfismo de nucleótido único fijo parece ser un oxímoron, ya que conlleva una contradicción. calcular el número real de sustituciones fijas se necesita al menos un individuo de otra población distante o una especie estrechamente relacionada

    ¿Cuál es la diferencia entre el polimorfismo de nucleótidos (θ) y la diversidad de nucleótidos (π)? Hacer una pregunta Se formuló hace 3 años, 1 mes. Activo hace 2 años, 11 meses. Visto 786 veces 3 # 92begingroup $ En mi libro de genética de poblaciones (ver la referencia en la parte inferior), los definen como: Polimorfismo de nucleótidos (θ): proporción de sitios de nucleótidos que se espera que sean polimórficos en cualquier muestra de tamaño 5. El gráfico probit de la relación cotinina-nicotina no era lineal, lo que posiblemente indicaba la existencia de una nueva mutación en el gen CYP2A6 genotipado como CYP2A6 * 1B / CYP2A6 * 4. Conclusiones: Se demostró la relación entre las diferencias interindividuales en el metabolismo de la nicotina y el polimorfismo genético CYP2A6 en humanos. ¿En qué se diferencian una mutación y un polimorfismo? ¡Convierta sus notas en dinero y ayude a otros estudiantes! ¿Cuál es la apuesta de diferencia? 02:30. Cuál es la apuesta de diferencia 00:19. Describe algunas formas en las que 01:53. ¿Cuál es la apuesta de diferencia? 01:47. ¿Cómo conducen los análogos de base t 03:21. Explique por qué todos los puntos muta 01:50. Cómo son la genética y la evolución 02:21. ¿Cuál es la apuesta por la diferencia? Una mutación es un cambio genético que se ha producido en un organismo individual. (por ejemplo, una A se cambia a una G en una célula de un organismo). Un polimorfismo es la existencia de múltiples variedades genéticas.

    ¿Diferencia entre SNP y mutación? Borrar las diferencias

    Diferencia de 1 par de bases, una mutación por desplazamiento del marco de deleción 26 Polimorfismo genético Factor Rh: desempeña un papel en la enfermedad hemolítica en recién nacidos y transfusiones fenotipos Rh y Rh- gen en el cromosoma 1 Rh tiene polipéptido en RBC Rh- no tiene la enfermedad hemolítica de polipéptido en recién nacidos Rh - la madre forma anticuerpos contra el factor Rh durante el embarazo 2 Por definición, un polimorfismo (SNP en el sentido de HapMap, por ejemplo) debe segregarse en la población con una frecuencia determinada, una mutación no lo hace. Desafortunadamente, muchas mutaciones son bastante recurrentes en la población humana (por ejemplo, en el gen RET) y se confunden fácilmente con los SNP. Mutación y Polimorfismo. ESTUDIO. JUEGO. ¿Qué cantidad de ADN humano no se codifica? & gt90%. ¿Cuánto ADN humano es idéntico? Entre individuos? 99,9%. 3 categorías de mutaciones . Genoma mutaciones (crear aneuploidía), cromosoma mutaciones (alterar la estructura), mutaciones genéticas (alterar los genes) Tipos de cromosomas mutaciones. Translocación, duplicados, eliminaciones, inserciones. Gene mutaciones puede variar desde a. ¿Cuál es la diferencia entre polimorfismo de nucleótido único (SNP), mutación y variación estructural (SV)? Hacer una pregunta Se formuló hace 5 años y 8 meses. Activo hace 4 años, 8 meses. Visto 6k veces 5. 1 # 92begingroup $ Esta es una pregunta que afecta a muchas personas y hoy me la preguntaba mientras escribía una subvención. De hecho, he visto a muchas personas usar los términos indistintamente, pero todos lo son. ¿Cuál es la diferencia entre polimorfismo y una mutación?

    SNP (polimorfismo de un solo nucleótido) es solo eso: una mutación puntual que cambia un solo nucleótido. Hay ciertas áreas del genoma (generalmente no codificantes) que tienen repeticiones aleatorias. Algunas de las áreas del genoma donde ocurren se utilizan como co .. Quiero saber la diferencia entre un polimorfismo de nucleótido único y un polimorfismo. No son exactamente lo mismo, pero no puedo entender la diferencia. SNP es un cambio de un solo nucleótido que ocurre en una población con una frecuencia & gt = 1% (según la definición convencional). Ahora bien, ¿un polimorfismo no es también un cambio que puede ocurrir en una población? polimorfismo genético snp • 1.1k vistas. La mutación del ADN da lugar a la variación de SNP dentro de las poblaciones, sin embargo, las diferencias de SNP observadas entre dos individuos probablemente surgieron al menos varias (y probablemente muchas) generaciones antes en sus ancestros, en lugar de como resultado de una mutación en los gametos parentales. Los casos más raros son las variantes genéticas observadas en parientes cercanos, que a menudo se pueden rastrear a un evento mutacional particular. Capítulo 9 Variación genética en individuos y poblaciones: mutación y polimorfismo. Thompson y Thompson. ESTUDIO. JUEGO. Términos de este conjunto (.) 3 tipos de mutaciones y frecuencias. 1) Mutaciones del genoma: afectan la cantidad de cromosomas. 2-4 x 10 ^ -2 / división celular. Una mala segregación por cada 25-50 divisiones celulares meióticas. 2) Mutaciones cromosómicas: alteran la estructura de los cromosomas individuales. 6 x.

    (1) El polimorfismo es la ocurrencia de dos o más variantes distintas de una planta en el mismo ecosistema juntas en cantidades tales que la más rara de ellas no puede ser preservada por mutaciones repetidas. (2) Si hay incluso un pequeño porcentaje de una población con un tipo genéticamente regulado, es posible que se haya preferido por opción Abstracto. Abstracto 995Poster Board I-17 Varios informes han sugerido que las mutaciones en el gen del tumor de Wilms 1 (WT1) representan un factor pronóstico adverso en Clinical Laboratory Hematology (3.ª edición) Edición de edición. Problema 3CP del Capítulo 2: ¿Cuál es la diferencia entre un polimorfismo y una mutación? Obtener solución

    No hubo diferencias significativas en las características de presentación o la supervivencia entre los casos mutados y no mutados de TP53. Los datos del polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) del exón 4 de TP53 para el codón 72 estaban disponibles en 104 pacientes e incluían el 56% con Arg72Arg homocigoto, el 33% con Pro72Arg heterocigoto y el 11% con Pro72Pro homocigoto. No hubo diferencias significativas entre los tres genotipos del codón 72. Diversidad genética humana: mutación y polimorfismo. ESTUDIO. JUEGO. ¿Cuán genéticamente similares son dos individuos no relacionados?

    99,5%. Polimorfismo. Dos o más alelos relativamente comunes en un locus Excede el 1% de los alelos para ser considerado un polimorfismo. La mayoría están ubicados entre genes o en intrones, pero algunos están dentro de genes o regiones reguladoras y pueden afectar el producto funcional. La mayoría son benignos.

    Diferencia entre mutación y polimorfismo - Diferencia

    MUTACIÓN HUMANA 29 (5), 567 ^ 583,2008 ACTUALIZACIÓN DE MUTACIÓN Enfermedad de Gaucher: Espectro de mutación y polimorfismo en el gen de la glucocerebrosidasa (GBA) Kathleen S. Hruska, 1 Mary E. LaMarca, 1 C. Ronald Scott, 2 y Ellen Sidransky1 1 Sección en Neurogenética Molecular, Rama de Genética Médica, Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano, Institutos Nacionales de Salud. Pensé que la diferencia entre SNP y SNV era una de frecuencia de población (SNP es un SNV observado con frecuencia) no de diferencias entre especies y entre especies. AGREGAR RESPUESTA • enlace escrito hace 9.6 años por Russh • 1.2k. 14. Hace 9,6 años por. Boboppie • 550. Cambridge, Reino Unido. Boboppie • 550 escribió: Podría aclarar SNP y SNV leyendo este blog - ¿SNP vs. SNP? Cita: SNP (único. Sin embargo, una relación positiva entre las mutaciones de inserción / deleción, como las que ocurren comúnmente en los microsatélites, y los puntos calientes de recombinación sugeriría que otros procesos también son importantes. Aquí, investigamos la relación entre el polimorfismo de microsatélites y la recombinación en el genoma humano mediante el uso de datos sobre la ubicación de los puntos calientes de recombinación, el alelo de microsatélites. Objetivo. Explorar la expresión del polimorfismo y la mutación de rs682429 y rs3781590 en el genotipo de la proteína 5 relacionada con el receptor de lipoproteínas de baja densidad (LRP5) y analizar la relación de la densidad mineral ósea (DMO) y los marcadores del metabolismo óseo en mujeres posmenopáusicas con diabetes mellitus tipo 2 (DM2) en Xinjiang, China, para proporcionar una base para la prevención y el tratamiento de la. La pestaña 'Rango de modulación' muestra ASM con un Característica genérica del efecto alostérico de la sustitución de aminoácidos en una posición de secuencia: la diferencia entre las respuestas alostéricas a mutación del residuo más pequeño (similar a Ala / Gly) al residuo más voluminoso en la posición correspondiente. Todas las MAPE se complementan con las matrices de las distancias entre residuos en la cadena proteína / proteína.

    1. ¿Cuál es la diferencia entre los siguientes términos? Ecotipo y polimorfismo Cline y aislamientos ecológicos Homeotermia y endotermia 2. Describa un ejemplo específico de una adaptación que ayude. Ambos pueden ser fácilmente diferentes entre humanos, pero en los STR el problema es principalmente la duración de la repetición, mientras que el SNP es la base real en ese lugar.. # 92endgroup $ - Amory 22 de noviembre de 2013 a las 1:55. 1 # 92begingroup $ Es polimorfismo de un solo nucleótido, no polimerasa # 92endgroup $ - Mad Scientist 22 de noviembre de 2013 a las 6:18 # 92begingroup $ @Amory, así que básicamente los STR son algún tipo de inserciones / eliminaciones de. Método estadístico para probar la hipótesis de mutación neutra por polimorfismo del ADN Fumio Tajima Departamento de biología, Universidad de Kyushu, Fukuoka 812, Japón Manuscrito recibido el 13 de febrero de 1989 Aceptado para su publicación el 14 de julio de 1989 RESUMEN La relación entre las dos estimaciones de variación genética en el ADN nivel, es decir, el número de sitios segregantes y el número medio de.

    ¿Cuál es la diferencia entre duplicación de genes, gen

    Diferencia principal: mutación frente a polimorfismo. Mutazione e polimorfismo sono debido termini usati per descrivere le varianti del DNA. Le varianti del DNA possono verificarsi a cause di errori nella replicazione del DNA o di fattori esterni come i raggi UV e le sostanze chimiche. Una mutazione si riferisce a una variante del DNA in un particolare individuo, mentre il polimorfismo si riferisce alle. Se requirieron más mutaciones de las esperadas bajo el SMM para explicar la diferencia de longitud entre los alelos en el 16,0% de las comparaciones, y se necesitaron menos mutaciones en el 28,7% de las comparaciones por pares, lo que indica que el SMM no describe muy bien la evolución en el locus Pzeb4. Si se hubieran tenido en cuenta las mutaciones puntuales entre los alelos, se habría tenido una desviación aún mayor del SMM. Antecedentes: existe una asociación entre el polimorfismo C677T del gen de la metilenotetrahidrofolato reductasa (MTHFR) y la toxicidad relacionada con el metotrexato. Objetivo: Examinar las relaciones entre el polimorfismo A1298C del gen MTHFR descrito recientemente, la homocisteína plasmática, la toxicidad del metotrexato y la actividad de la enfermedad en pacientes con artritis reumatoide. 28 y polimorfismo Gly71Arg con hiperbilirrubinemia neonatal de recién nacidos. Los resultados mostraron que: (1) La frecuencia de la mutación del alelo UGT1A1 * 28 en el grupo de casos y el grupo de control fue del 9,3% y el 10% respectivamente, siendo la diferencia no significativa entre los dos. La mutación MTHFR C677T se analizó mediante métodos de polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) basados ​​en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Encontramos diferencias significativas entre los grupos con respecto a las distribuciones de genotipos de ACE y MTHFR (p & lt 0,001, p & lt 0,001 respectivamente)

    en ambos tipos de locus [15-17]. Las correlaciones entre algunas estadísticas de polimorfismo de uso común, cada una basada en 10000 muestras simuladas de 50 cromosomas, son el Cuadro 1. Covariación entre la diversidad de SNP y STR La covarianza esperada entre la diferencia al cuadrado en el tamaño del alelo (V asumiendo el modelo de mutación escalonada de un solo paso) y también demostramos que el polimorfismo c135G / A modifica el fenotipo por una interacción dentro del gen entre la variante c135A y una mutación. Asociación entre el genotipo c135G / A y mutaciones de la línea germinal del protooncogén RET y el fenotipo de la enfermedad de Hirschsprung Lancet. 2002 abril 6359 (9313): 1200-5. doi: 10.1016 / S0140-6736 (02) 08218-1. Autores Guido Fitze 1, Jakob Cramer, Andreas Ziegler, Mandy. tasa de mutación de 1.5 X lo- 'por sitio por año y 10 generaciones por año, obtenemos diferencias de aminoácidos entre especies que podrían deberse a la fijación de alelos levemente deletéreos, y la importancia de la tabla de contingencia de McDonald-Kreitman podría ser un artefacto de saturación en sitios silenciosos. Utilizando los valores estimados de la tasa de mutación silenciosa y el tiempo de divergencia, los números.

    asociación entre polimorfismos de genes diana y RSA. En total, se incluyeron 30 estudios que examinaron la relación entre el polimorfismo genético del metabolismo del folato y el riesgo de RSA, entre los cuales 20 estudios estaban relacionados con MTHFR C677T, 11 con MTHFR A1298C y 6 con MTRR A66G. Los estudios sugirieron que el polimorfismo MTHFR C677T estaba estrechamente relacionado con el riesgo de RSA en todos los modelos (P & lt .05. El polimorfismo citado anteriormente se observa tanto en caucásicos como en asiáticos, pero se observa casi exclusivamente otra mutación del par de bases que crea un sitio de parada prematura en el exón 4 sólo en asiáticos (de Morais et al. 1994a). Aunque se han identificado al menos 27 alelos diferentes, estas dos variantes pueden explicar ∼90% de los fenotipos de metabolizadores lentos en todas las razas examinadas hasta la fecha La contribución del polimorfismo hOGG1 Ser326Cys al cáncer de pulmón Se ha informado que el riesgo aumenta con los hábitos de tabaquismo.7, 8 Un estudio anterior indicó que no había asociación entre el polimorfismo hOOG1 Ser326Cys y la mutación de transversión p53 G: C a T: A relacionada con el tabaquismo.10 En la población del presente estudio, 34 de los 57 pacientes varones (59,6%) eran fumadores, pero no las mujeres. Polimorfismo del gen PAI-1 en el desarrollo de PTE solo y en combinación con otras mutaciones genéticas. Método: Sixty lac k de cualquier diferencia entre el grupo sano y los pacientes con TVP (8,9). El objetivo del estudio es investigar el papel del polimorfismo del gen PAI-1 solo y junto con las mutaciones de los genes FVL, MTHFR y PTM en el desarrollo del tromboembolismo pulmonar. MATERIALES

    Polimorfismo vs mutación: ¿cuál es la diferencia? WikiDif

    M. Neishabury, A. Azarkeivan, H. Najmabadi Frecuencia del polimorfismo XmnlGgamma positivo y la herencia conjunta de mutaciones de alfa talasemia común no muestran diferencias estadísticamente significativas entre los casos de talasemia mayor e intermedia con mutación IVSII-1 homocigótica 5.1 Polimorfismo débil y mutación 5.2 Recursión polimórfica 5.3 Mayor -Rango de funciones polimórficas Este capítulo cubre cuestiones más avanzadas relacionadas con las limitaciones de las funciones y tipos polimórficos. Hay algunas situaciones en OCaml en las que el tipo inferido por el verificador de tipos puede ser menos genérico de lo esperado. Esta no genéricaidad puede deberse a interacciones entre efectos secundarios. ความ แตก ต่าง ระหว่าง การ กลาย พันธุ์ และ หลาย รูป แบบ - 2021.

    ¿Cuál es la diferencia entre mutación y polimorfismo?

    Se trazaron diferentes períodos de exposición al tratamiento con IP (en meses) para cada subtipo y para cada clase de mutación. (A) Comparación entre el subtipo B aislado de adultos y niños infectados (B) Comparación entre los subtipos B y F1 aislado de adultos infectados. Las flechas dobles negras denotan importancia en la diferencia de proporciones entre. Asociación entre el polimorfismo MTHFR 1298A & gtC con RSA y FIV Fallo Sheikhha MH 1PhD. Las frecuencias de mutación del gen MTHFR entre los grupos de pacientes y el grupo de control se analizaron mediante la prueba de Chi-cuadrado. p de & lt0.05 se consideraron estadísticamente significativos. Resultados En total 72 pacientes con falla de FIV y 60 pacientes con aborto espontáneo recurrente, todos ingresados ​​en Yazd. Asociación del polimorfismo L162V con enfermedad cardiovascular y concentraciones de lípidos, lipoproteínas y apolipoproteínas. Las asociaciones entre las concentraciones de lípidos y apolipoproteínas y el genotipo PPARA se muestran en la Tabla 2. En los hombres, el alelo V162 menos común se asoció con concentraciones séricas significativamente más altas de colesterol total, LDL.Asociación entre el polimorfismo CYP1A2 y la susceptibilidad a la porfiria cutánea tarda Esto sugiere que la herencia de este genotipo es un factor de susceptibilidad en el desarrollo de PCT. No hay diferencia entre el grupo de control y los grupos combinados de pacientes con PCT. Con ciertas excepciones, donde se han reportado resultados de detección de mutaciones para fragmentos de aproximadamente 550 pb, este rango es relativamente seguro y ha llegado a un consenso entre diferentes laboratorios (Hayashi, 1991 Hayashi y Yandell, 1993). Por lo general, uno debe comenzar a seleccionar fragmentos de ADN que se encontrarán dentro del rango de 100 a 350 pb, aunque esto a menudo depende de.

    ¿Cuál es la diferencia entre SNP y mutación? - Pediaa

    Numerosos estudios han investigado la asociación del polimorfismo MIR499A rs3746444 con la susceptibilidad al cáncer de mama, pero los resultados han sido inconsistentes. En este trabajo, realizamos un meta. Cuando se separaron por género, no se observaron diferencias en la tHcy entre los grupos de genotipos 677TT homocigotos, 677CT heterocigotos y 677CC de tipo salvaje en mujeres. La tHcy en ayunas en mujeres no estaba relacionada con la mutación 677C → T. Sin embargo, la tHcy aumentó significativamente en hombres con el genotipo 677TT homocigótico. También analizamos la posible implicación de un segundo nuevo polimorfismo MTHFR (1298A → C. La tasa de mutación aumenta específicamente con el número de repeticiones, alcanzando un máximo de seis a ocho repeticiones y luego disminuyendo nuevamente. El aumento de la heterocigosidad en una población también aumentará las tasas de mutación de microsatélites, especialmente cuando hay una gran diferencia de longitud entre los alelos


    Agradecimientos

    Los autores desean agradecer a Hubert Levéziel por su ayuda, a las diferentes sociedades de cría de ganado que proporcionaron muestras de semen y sangre para los animales analizados en este estudio y a Yves Amigues y colegas de LABOGENA por su ayuda en la preparación del ADN. El trabajo de RNA-Seq fue financiado por el Departamento de Genética Animal del INRA (proyecto BovRNA-Seq). El muestreo del Limousin Longissimus thoraci biopsias fue parte del proyecto Qualvigène, financiado por Agence Nationale de la Recherche (contratos ANR-05-GANI-005 y ANR-05-GANI-017-01) y APIS GENE (contrato 01-2005-QualviGenA-02). Los autores desean agradecer a los revisores anónimos por sus valiosos comentarios y sugerencias, que fueron útiles para mejorar nuestro manuscrito.


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    DISCUSIÓN

    Aprovechando conjuntos de datos disponibles públicamente que abarcan diferentes tiempos evolutivos (divergencia humano-orangután y diversidad humana) y métodos estadísticos sofisticados, nuestro estudio de todo el genoma ilumina la relación entre los loci de ADN no B y la variación en las frecuencias de sustitución de nucleótidos. Usando IWTomics, delineamos distintos patrones de variación a pequeña escala en y alrededor de diferentes tipos de loci de ADN no B. Utilizando análisis de regresión múltiple, determinamos la contribución del ADN no B para explicar la variación regional en las frecuencias de sustitución de nucleótidos en la escala de 1 Mb. Nuestros resultados argumentan de manera convincente a favor de un papel fundamental del ADN no B en la configuración de la dinámica de mutación del genoma, que tiene importantes implicaciones biológicas.

    Por un lado, nuestro estudio de todo el genoma respalda una & # x02018 hipótesis unificadora & # x02019, según la cual el ADN no B desempeña un papel en la vinculación de la arquitectura genómica y el entorno del ADN local con las mutaciones que subyacen a la enfermedad hereditaria humana (120). Por lo tanto, los estudios futuros deberían considerar el potencial de un locus para formar ADN no B al evaluar variantes genéticas candidatas para enfermedades genéticas humanas. Por otro lado, debido a su alta mutabilidad, el ADN no B probablemente representa una fuente inagotable de variación genética novedosa en poblaciones naturales. De acuerdo con esto, un estudio reciente en peces espinosos encontró que el ADN-Z se forma en un potenciador de la Pitx1 El gen aumenta la probabilidad de deleciones que conducen a la pérdida de las aletas traseras pélvicas y se utilizan repetidamente para la adaptación a un entorno de agua dulce (3). Basándonos en nuestros hallazgos, esperamos que en un futuro próximo se descubran muchos ejemplos análogos del uso y la reutilización de ADN no B en la adaptación.

    Variación a pequeña escala en la frecuencia de sustitución de nucleótidos

    Hemos demostrado que los loci de ADN no B a menudo tienen frecuencias de sustitución de nucleótidos significativamente diferentes de las que caracterizan al ADN B (generalmente más altas). Esto corrobora un informe anterior de aumento de la densidad de SNP en el ADN no B en el Proyecto 1000 Genomas (24), a pesar de que este estudio podría haber estado sesgado por una tasa de error de secuenciación de Illumina potencialmente aumentada en el ADN no B que se espera que eleve los valores falsos positivos para genomas secuenciados a baja profundidad (85). El presente estudio no adolece de esta limitación, ya que utiliza genomas profundamente secuenciados. Las frecuencias de sustitución de nucleótidos alteradas en loci de ADN no B que detectamos aquí están de acuerdo con otro estudio de nuestro grupo, en el que encontramos que los errores de secuenciación de PacBio se ven afectados por ADN no B (85). Por lo tanto, los loci de ADN no B probablemente afecten tanto a los errores en el secuenciador PacBio como a las mutaciones en las células de la línea germinal. Otros estudios recientes encontraron que los loci de ADN no B son puntos calientes de mutación en los genomas del cáncer (23,64), lo que sugiere que dichos loci también impulsan la mutagénesis en las células somáticas.

    Loci G4

    Al agregar variantes en decenas de miles de loci G4, observamos un aumento tanto en la diversidad como en la divergencia, en consonancia con informes anteriores de una frecuencia elevada de 1000 Genome Project SNP en los loci G4 (24) y del enriquecimiento del motivo G4 en mutaciones de cáncer (23). Los posibles mecanismos que subyacen a la mutagénesis elevada en los loci G4 incluyen errores de la ADN polimerasa durante la replicación o reparación y / o mutaciones inducidas por daños. Es importante destacar que estos mecanismos no son mutuamente excluyentes. Debido a su secuencia rica en G, los motivos G4 están sujetos a daño oxidativo del ADN (revisado en (121)), que, si no se repara, puede provocar mutaciones. Las ADN polimerasas replicativas eucariotas se inhiben en algunas estructuras G4 (revisado en (122)). Posiblemente, los G4 comprometen la alta fidelidad de las ADN polimerasas replicativas, lo que conduce a errores durante la síntesis de ADN. Esta hipótesis se basa en los resultados de todo el genoma publicados anteriormente que muestran un vínculo directo entre los errores de polimerización durante la secuenciación de PacBio y las mutaciones de la línea germinal en los loci G4 (85). De hecho, encontramos que los niveles de divergencia y diversidad se correlacionan negativamente con la velocidad de polimerización y la precisión en el secuenciador en dichos loci (85). Alternativamente, las polimerasas propensas a errores se pueden conectar en una bifurcación ralentizada o estancada para asegurar la replicación completa de G4. Este mecanismo está respaldado por evidencia que sugiere que las polimerasas especializadas eta, kappa y Rev1 son importantes para la estabilidad de G4 (122).

    Demostramos que los loci G4 estables tienen frecuencias de sustitución de nucleótidos más altas en comparación con los loci G4 inestables (Figura & # x200B (Figura2C 2C y & # x000a0 D). Debido a que la estabilidad refleja la probabilidad y la fuerza de la formación de estructuras, este resultado sugiere que las estructuras G4 estables son un obstáculo más grave y / o más común para la progresión de la polimerización que conduce a un aumento de errores, que con frecuencia resultan en mutaciones. En apoyo de esta afirmación, encontramos anteriormente relaciones positivas entre la ralentización de la polimerización y las tasas de error, y entre la ralentización de la polimerización y la estabilidad de G4, como medido por dicroísmo circular (85). Los mecanismos potenciales incluyen el reinicio de la horquilla de replicación en los motivos G4 por PrimPol, una polimerasa propensa a errores (123), o la degradación y rotura de la horquilla seguida de la unión de extremos de ADN propensa a errores mediada por la polimerasa (124). El efecto de la estabilidad sobre la precisión de la polimerización también se encontró para otros tipos de ADN no B & # x02014Z-ADN y ADN triplex (125).

    Los loci G4 estables e inestables diferían más en las comparaciones de divergencia que en las comparaciones de diversidad, lo que sugiere que la estabilidad de las estructuras G4 evoluciona con el tiempo. Si bien la clasificación de los loci G4 individuales en estables frente a inestables probablemente sigue siendo válida para las poblaciones humanas, existe la probabilidad de que extrapolar la estabilidad predicha de algunos loci G4 humanos a loci de orangután sea incorrecta, debido a mutaciones acumuladas en este último. Así, por ejemplo, algunos loci G4 anotados como estables en el genoma humano podrían ser inestables en el genoma del orangután. Como consecuencia, pueden ser un obstáculo más débil para la polimerización o acumular menos daño oxidativo, lo que lleva a menos mutaciones y da como resultado frecuencias de sustitución de nucleótidos fijos más bajas.

    Dentro de los loci G4, encontramos que las frecuencias de sustitución de nucleótidos eran más elevadas en los bucles, que pueden variar sin impedir las estructuras G4, que en los tallos de guanina, que son críticos para la formación de G4. Esto sugiere que los tallos y bucles difieren en mutabilidad y / o presión selectiva. Las guaninas ubicadas tanto en las tétradas del tallo como en las secuencias de bucles están sujetas a daño oxidativo cuando se pliegan en estructuras cuádruples, y la guanina 5 & # x02032 dentro de una tétrada puede ser un punto crítico de daño (126). Si los tallos G4 tuvieran una baja mutabilidad, esperaríamos que las guaninas alberguen pocos errores de polimerización. Sin embargo, este no fue el caso de la polimerasa utilizada en la secuenciación de PacBio, que exhibió muchos errores de polimerasa en las guaninas (85). Por lo tanto, quedan por dilucidar los mecanismos precisos que conducen a las diferencias observadas en las sustituciones de vástago frente a bucle.

    Para evaluar la selección potencial en los tallos, probamos si los espectros de frecuencia del sitio diferían entre los tallos y los bucles en los SNP del SGDP (97). Aunque las dos distribuciones eran similares visualmente, observamos una proporción significativamente mayor de SNP con menor frecuencia de alelos menores en los tallos que en los bucles (PAG-valor & # x0003c 2.2e & # x0201316, Kolmogorov & # x02013 Prueba de Smirnov Figura suplementaria S12). Suponiendo que los últimos evolucionen de forma neutral, esto sugiere una selección purificadora que actúa sobre los primeros. Tal observación es consistente con un estudio en S. cerevisiae, que propone que los tallos se conservan para salvaguardar la formación de la estructura G4 (127), y contradice otro estudio, que propone que la subrepresentación de SNP en los tractos de guanina G4 tiene causas neutrales (128). En particular, encontramos evidencia de que la selección actúa sobre los tallos G4 a pesar de que nuestros análisis se centraron en los loci G4 encontrados en el subgenoma NCNR, que debería tener una alta probabilidad de evolucionar de manera neutral. También encontramos que los centros de los tallos G4 están más conservados que sus bordes (Figura & # x200B (Figura 2), 2), en consonancia con informes anteriores de que la guanina en el centro de los tallos es el nucleótido más importante para la formación de un G4 estructura (128 & # x02013130). En resumen, nuestros resultados sugieren que a pesar de que impulsan la mutagénesis y la inestabilidad del genoma interfiriendo con la replicación del ADN (131,132), e incluso cuando están ubicados en el subgenoma NCNR, algunos loci G4 estables podrían ser beneficiosos para otros procesos esenciales y, por lo tanto, conservados en el genoma.

    Repeticiones en fase A

    En contraste con los loci G4, las repeticiones en fase A tenían frecuencias de sustitución de nucleótidos generales deprimidas. Esto es consistente con tasas ligeramente más bajas de errores de polimerización observados para repeticiones en fase A durante la secuenciación de PacBio (85). Curiosamente, estos loci mostraron un patrón periódico que era en cierto modo similar al de los loci G4. En nuestro análisis, las frecuencias de sustitución de nucleótidos estaban deprimidas en los tractos A pero similares a los controles en los espaciadores. Las frecuencias de sustitución de nucleótidos más bajas en los tractos A pueden explicarse en parte por la baja mutabilidad de las adeninas (1,4,5) informada anteriormente. También se informó que las tasas de error de polimerización de PacBio en las adeninas eran bajas (85).

    Repeticiones directas, invertidas y en espejo

    Anteriormente informamos errores elevados de secuenciación de PacBio en repeticiones espejo, directas y (en menor medida) invertidas (85). También se informaron frecuencias elevadas de SNP (Proyecto 1000 Genomas, (24)) y mutaciones somáticas del cáncer (23) para estos loci. Curiosamente, observamos tanto aumentos como disminuciones en las frecuencias de sustitución de nucleótidos en repeticiones espejo, invertidas y directas. Para los tres tipos de repetición, las frecuencias fueron más altas en los espaciadores que en los brazos de repetición. Esto recuerda a las observaciones de mutaciones del cáncer (23) y es consistente con estudios experimentales previos que demuestran que los espaciadores son más mutables en estructuras de horquilla (84,133). También encontramos que los patrones de sustitución de nucleótidos dentro de los brazos de repetición diferían entre los tipos de repetición. (84.133). Los loci de ADN no B compuestos por repeticiones pueden suponer un obstáculo para las polimerasas replicativas del ADN, y las frecuencias de sustitución de nucleótidos observadas podrían reflejar el procesamiento de las ADN polimerasas especializadas de baja fidelidad (65,66,134 & # x02013136), la conversión de genes y el aumento del daño del ADN. La conversión de genes es común en estructuras cruciformes y de hebra deslizada (137), y podría explicar la disminución de las frecuencias de sustitución de nucleótidos en los brazos repetidos de repeticiones directas e invertidas, en particular para sustituciones de nucleótidos fijos, donde podrían haber tenido lugar múltiples rondas de conversión de genes. Se propuso el daño oxidativo del ADN como un mecanismo importante de aumento de la mutagénesis en repeticiones espejo (125,138).

    En los loci de Z-DNA, la diversidad y divergencia elevadas que detectamos son consistentes con informes anteriores de aumento de la línea germinal y mutaciones somáticas (23,24), pero contradicen nuestro estudio anterior, en el que dichos loci mostraron niveles reducidos de errores de polimerización de PacBio (85) . Una posible resolución de esta contradicción podría residir en la importancia de la reparación del ADN comprometida (125,138) y de los factores ambientales (139,140) para la mutagénesis del ADN-Z. Descubrimos que los bordes de los loci de ADN-Z estaban particularmente enriquecidos en sustituciones de nucleótidos (Figuras & # x200B (Figuras3D 3D y & # x000a0 4D), potencialmente porque coinciden con las uniones B & # x02013Z (125,138).

    Frecuencias de sustitución de nucleótidos en regiones que flanquean loci de ADN no B

    Nuestros resultados sugieren que el efecto de la mayoría de los tipos de loci de ADN no B sobre la diversidad y la divergencia no se limita a sus secuencias, sino que se extiende a sus regiones flanqueantes, aunque en una magnitud más pequeña y un rango limitado. Encontramos una elevación en las frecuencias de sustitución que se extiende hasta & # x0223c500 pb en las regiones flanqueantes de los loci G4, que está más allá del rango de frecuencias de indel elevadas previamente reportadas para humanos (23) y C. elegans (80) (150 y 200 pb, respectivamente). También encontramos que las frecuencias de sustitución se elevan hasta & # x0223c300 pb de las repeticiones directas, lo que está más allá de los 50 pb previamente informados para los microsatélites, un tipo similar de loci (141). Si bien se ha informado que las repeticiones de espejo formadoras de ADN-Z y ADN-H aumentan las frecuencias de mutación en sus regiones vecinas (125), encontramos que este efecto se limita a un máximo de & # x0223c100 pb y 4 pb, respectivamente. Se han propuesto varios mecanismos moleculares para explicar la influencia de los loci de ADN no B en las sustituciones de nucleótidos en sus regiones flanqueantes. Las roturas de doble hebra asociadas con estructuras de ADN no B y la reparación de ADN resultante pueden ser mutagénicas (124,138). Alternativamente, el plegamiento en estructuras de ADN no B puede exponer las secuencias aguas abajo a daño oxidativo a través de la migración de huecos de largo alcance, creando puntos calientes para la mutagénesis en las secuencias circundantes (125).

    También encontramos una marcada elevación en las frecuencias de sustitución de nucleótidos en los primeros nucleótidos flanqueantes de algunos tipos de loci de ADN no B. La diversidad y la divergencia fueron particularmente elevadas en los primeros nucleótidos flanqueantes de los loci G4 estables, y mostraron un espectro de sustitución sesgado que favorecía las sustituciones de T & # x02192G y A & # x02192G. Esta especificidad es intrigante y los mecanismos responsables no están claros en este momento. El daño oxidativo a los conjuntos de precursores de dGTP y la incorporación posterior de 8-oxo-dGTP frente a la plantilla A causa sustituciones de T & # x02192G (69). Posiblemente, el plegamiento alternativo de G4 distorsiona las bases de la plantilla flanqueantes inmediatas y promueve esta incorporación errónea por las ADN polimerasas durante la replicación. Alternativamente, el espectro sesgado puede reflejar la especificidad del error de polimerasas especializadas que están comprometidas en motivos G4 (122). Entre las ADN polimerasas nucleares identificadas hasta ahora para esta función, solo el ADN Pol eta produce sustituciones de T & # x02192G y A & # x02192G a frecuencias mensurables (142). En particular, estas sustituciones dan como resultado el alargamiento de los loci G4, lo que debería aumentar aún más su estabilidad, una observación que está en línea con la funcionalidad potencial de algunos loci G4 en la porción NCNR del genoma humano. El primer nucleótido flanqueante de los loci de ADN-Z también mostró un espectro de sustitución sesgado, pero este no fue el caso de otros loci de ADN no B considerados en nuestro estudio. Estos resultados se hacen eco de los hallazgos de Bacolla et & # x000a0al. (143), quienes encontraron que la frecuencia y el espectro de SNP en los primeros nucleótidos flanqueantes de microsatélites de mononucleótidos se ven afectados por la identidad y la longitud de las repeticiones de microsatélites.

    Variación a gran escala en la frecuencia de sustitución de nucleótidos

    Nuestros modelos de regresión múltiple indican que los loci de ADN no B en todo el genoma humano son contribuyentes prominentes a la variación regional en la divergencia y diversidad medida en la escala de 1 Mb. Cada tipo de loci de ADN no B contribuyó significativamente, con contribuciones particularmente fuertes de repeticiones directas y loci G4 a la variación en la diversidad, y de repeticiones directas y loci de ADN Z a la variación en la divergencia (Tabla & # x200B (Tabla1). 1) . Aunque analizamos el genoma de NCNR, muchos de los loci de ADN no B estudiados tienen una naturaleza repetitiva y podrían elevar las tasas de mutación hasta 10 kilobases del tracto repetitivo a través de mutagénesis inducida por repetición (144). Cuando se tomaron en conjunto, los loci de ADN no B explicaron el & # x0223c20% de la variación en la divergencia y el & # x0223c16% de la variación en la diversidad & # x02014más grande que cualquier predictor informado anteriormente, que confirmamos que tiene contribuciones sustanciales & # x02014e.g . distancia a los telómeros, distancia a los centrómeros (89,145), tasa de recombinación (89,145,146), tiempo de replicación (9,17), modificación de histonas H3K9me3 (12) y sitios hipersensibles a la ADNasa (11,112,147).

    Aunque las comparaciones se ven obstaculizadas por las diferencias en las metodologías, las fuentes de datos y los conjuntos generales de predictores considerados, la inclusión del ADN no B parece aumentar la proporción de variación regional explicada en nuestros modelos en comparación con la de los esfuerzos de modelado anteriores. Explicamos el 58.0% de la variación en la divergencia humano-orangután, en comparación con el 52.6% y 52% obtenido en modelos anteriores para la divergencia humano-chimpancé (145) y humano-macaco (89), respectivamente. Explicamos el 55,6% de la variación en la frecuencia de SNP de SGDP (97), en comparación con el 35% obtenido en modelos anteriores de frecuencia de SNP de dbSNP (12).

    Limitaciones del estudio y direcciones futuras

    En un momento dado, se espera que solo un subconjunto de loci de ADN no B anotado se pliegue en estructuras de ADN no B en vivo (148). La conformación preferencial de un motivo depende de la secuencia precisa y la estabilidad del ADN B frente al no B (35) y de las condiciones dentro de la célula. El superenrollamiento, la actividad transcripcional y las condiciones en el núcleo (por ejemplo, concentraciones iónicas) pueden afectar las transiciones entre las conformaciones de ADN B y no B en un locus.Debido a esta naturaleza transitoria, los efectos de las estructuras de ADN no B en los loci individuales son difíciles de estudiar y deben agregarse en tendencias de todo el genoma. Por lo tanto, los resultados de nuestro estudio no se pueden extrapolar a loci individuales. En la actualidad, sigue siendo un desafío identificar loci individuales que forman estructuras de ADN no B en un momento dado en vivo. Sin embargo, nuevos métodos como la secuenciación de permanganato (148), la secuenciación de ADN monocatenario asistida por cetoxal (149) y G4-ChIP-seq (36,150) aumentarán nuestra capacidad para estudiar los efectos de los loci individuales no B en la sustitución de nucleótidos. frecuencias en un futuro próximo.

    Si bien la inclusión de loci de ADN no B como predictores en nuestros modelos de variación a gran escala en las frecuencias de sustitución proporcionó una mejora sustancial, no evaluamos los términos de interacción. La inclusión de interacciones entre predictores complicará el análisis, pero puede reforzar nuestras predicciones y aumentar aún más la cantidad de variación explicada. Por ejemplo, la distribución de ADN no B no es uniforme a lo largo del genoma y puede correlacionarse con otras características genómicas utilizadas en los modelos (por ejemplo, & # x000a0 tasa de combinación, tenga en cuenta que la multicolinealidad en nuestros modelos se controló agrupando y eliminando algunos predictores correlacionados en El principio). La coexistencia de loci de ADN no B y otras características crea una oportunidad para efectos conjuntos sobre las frecuencias de sustitución de nucleótidos, que deberían evaluarse en estudios futuros.

    A pesar de nuestros mejores esfuerzos para restringir nuestro estudio a las regiones del genoma que evolucionan de manera neutral al limitarlo al subgenoma NCNR, capturamos huellas de selección purificadora en los loci G4. Debido a que estamos agregando múltiples loci, puede ser un desafío distinguir los cambios locales en la mutabilidad de la presión selectiva. Sin embargo, la posibilidad de que la selección natural actúe sobre algunos loci previamente considerados neutrales es una perspectiva emocionante, las funciones potenciales de tales loci deberían caracterizarse en trabajos futuros. De hecho, la selección natural en algunos loci de ADN no B se ha informado anteriormente (24,151) & # x02014, pero el tema sigue sin ser explorado hasta la fecha.

    Finalmente, nuestro estudio ofrece solo atisbos de los mecanismos moleculares subyacentes a nuestros hallazgos. Nuestros resultados son consistentes con que los errores de la ADN polimerasa son un mecanismo importante detrás del aumento de la mutagénesis en los loci de ADN no B y, por lo tanto, será fundamental profundizar la investigación a través de más estudios de todo el genoma. Además, el trabajo futuro que evalúe el papel de la reparación del ADN y el efecto de la monocatenidad en la mutagénesis inducida por daño oxidativo en todo el genoma será importante para una comprensión completa de la mutabilidad de los loci de ADN no B y sus secuencias flanqueantes.


    Ver el vídeo: Polimorfismos de un nucleótido ó SNPs (Mayo 2022).