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¿Qué significa chrUn en el resultado de una ejecución de Bowtie en secuencias humanas?

¿Qué significa chrUn en el resultado de una ejecución de Bowtie en secuencias humanas?


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Después de haber realizado una alineación usando bowtie2 y GRCh38 como secuencia de referencia, obtuve coincidencias inusuales enchrUn. Aquí una pequeña parte del archivo SAM:

@SQ SN: chr22 LN: 50818468 @SQ SN: chrX LN: 156040895 @SQ SN: chrY LN: 57227415 @SQ SN: chrM LN: 16569 @SQ SN: chrUn_KI270424v1 LN: 2140

Todo los demáschrLos valores son claros para mí (M indica el ADN mitocondrial, mientras que 22, Y y X son solo el número / nombre de cromosomas habitual) pero no pude averiguar quéchrUnrepresenta y qué pasa con ese código después de la_?


Supongo chrUn_KI270424v1 se refiere a un andamio o secuencia que aún no se ha asignado a un cromosoma. La designación después de la Naciones Unidas (¿desconocido o no asignado?) puede referirse a una secuencia única en particular o un andamio. Podrá determinarlo examinando la secuencia de referencia y su documentación.

(Mi suposición se basa en el tipo de cosas que uno encuentra en las diversas versiones de Drosophila genomas de referencia, con los que estoy familiarizado. Así que no puedo ayudarte con los detalles del genoma humano).


Es para secuencias no asignadas. Consulte esta referencia de las preguntas frecuentes del navegador UCSC Genome: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download11


Ver el vídeo: Pruebas Lógicas IF THEN ELSE Usando CELLS (Julio 2022).


Comentarios:

  1. Ellwood

    Bravo, esta muy buena frase te vendrá muy bien.

  2. Keshura

    Disculpe por lo que estoy aquí para interferir ... recientemente. Pero están muy cerca del tema. Escribe al PM.



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