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¿Cuál es el significado de puntos y guiones en clustalw?

¿Cuál es el significado de puntos y guiones en clustalw?


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Estoy convirtiendo salidas en formato de Estocolmo a clustalw usando

Bio :: AlignIO-> nuevo (-file => "$ ARGV [0]", -format => "stockholm"); y Bio :: AlignIO -> new (-format => 'clustalw');

Yo también estoy usando

my $ new = $ aln-> remove_columns (['all_gaps_columns'], '.');

y obtuve una salida como

head1 ----------------. GG -.- gggaguggugugguuacgaaugUGGCCUCUGC ----- A head2 GGGGGUGUAGCUCAGU.GGU.A… GAGCGGAUGCUUUGCA

¿Cuál es el significado de puntos y rayas? ¿Es esto natural en una salida en racimo? ¿Tengo un error?

No pude encontrar las secuencias que usé en el mensaje original, pero estas dos presentan un patrón similar. Estas son secuencias de ARN, incluidos los pseudogenes, por lo que hay muchas secuencias palindrómicas.

# ESTOCOLMO 1.0 # = GF AU Infernal 1.1.1 head1 -------- UGGAGAAU.G --.- ugggcguc.gaucccacUUCCUCUCGCAUGCUAA… GCGAGC-gcucuaccacuugagcuaauucccc-… -------------… # = GR head1 PP… 89999988.4… 6789 ****. ******** 999 **************… ******. 7999999866665555555554444… head2 - ------ UGGAGAAU. --- .- gcgggcaucgaucccgcUUCCUCUCGCAUGCUAA… GCGAGCG… -… ------------- cucuaccauu… # = GR head2 PP… 89999887… 46789 ******* ***** 9999 *************… ***** 86… 4555666666… CLUSTAL W (1.81) cabezal de alineación de secuencia múltiple1 -------- UGGAGAAU.G- -.- ugggcguc.gaucccacUUCCUCUCGCAUGCUAA… head2 -------- UGGAGAAU. --- .- gcgggcaucgaucccgcUUCCUCUCGCAUGCUAA…

Como lo menciona WYSIWYG en los comentarios, generalmente los guiones significan que hay espacios en la alineación como resultado de un evento indel. Los puntos se utilizan para mostrar mutaciones puntuales específicas donde las propiedades bioquímicas se conservan en su mayoría, pero el residuo ha cambiado.


De la pregunta original, no es relevante para la pregunta tal como está.

Tiene razón en que esta no es una alineación adecuada, sin embargo, no estoy seguro de que sea un error. Lo que tienes parece ser la alineación de una secuencia de nucleótidos que ha salido horriblemente mal.

Como primera suposición, sin más detalles, diría que no parece que haya instalado clustalw correctamente o que lo haya señalado con su bioperl. De la documentación, aquí hay problemas comunes:

  1. Asegúrese de que el ejecutable clustalw esté en su ruta para que clustalw devuelva un ejecutable clustalw en su sistema.

  2. Defina una variable de entorno CLUSTALDIR que es un directorio que contiene la aplicación 'clustalw': En bash:

    exportar CLUSTALDIR = / home / username / clustalw1.8

    En csh / tcsh:

    setenv CLUSTALDIR /home/username/clustalw1.8

  3. Incluya una definición de una variable de entorno CLUSTALDIR en cada script que utilizará este módulo contenedor Clustalw, por ejemplo:

    COMIENCE {$ ENV {CLUSTALDIR} = '/home/username/clustalw1.8/'} use Bio :: Tools :: Run :: Alignment :: Clustalw;

A menos que esté realizando una gran cantidad de alineación de secuencias, el servidor web clustalW2 es más rápido, más sensible y mucho más fácil de usar.


Según la edición que realizó en su operación, los puntos están presentes en su alineación inicial de Estocolmo y simplemente se copian en la nueva salida de clúster.

¿Cuál es la fuente de su alineación para empezar? Supongo que está seleccionando filas individuales de una alineación más grande, dada la extraña distribución de espacios. Esto podría darle una pista sobre el significado real de los puntos (los guiones son casi siempre espacios en blanco).

Además, solo para su información, si desea que una herramienta de línea de comandos haga la conversión por usted, tengo un módulo de python3 llamado SeqBuddy que funcionará bien. Sin embargo, necesitará BioPython como dependencia.

$: python3 SeqBuddy.py input.stockholm -sf clustal> output.clustal

Definición y ejemplo de la estructura de Lewis

Todd Helmenstine / sciencenotes.org / Dominio público

  • Química
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    • Ph.D., Ciencias Biomédicas, Universidad de Tennessee en Knoxville
    • Licenciatura en Física y Matemáticas, Hastings College

    Las estructuras de Lewis tienen muchos nombres, incluidas estructuras de puntos de electrones de Lewis, diagramas de puntos de Lewis y estructuras de puntos de electrones. Todos estos nombres se refieren al mismo tipo de diagrama, que pretende mostrar la ubicación de los enlaces y los pares de electrones.

    Conclusiones clave: estructura de Lewis

    • Una estructura de Lewis es un diagrama que muestra los enlaces covalentes y los pares de electrones solitarios en una molécula.
    • Las estructuras de Lewis se basan en la regla del octeto.
    • Si bien las estructuras de Lewis son útiles para describir los enlaces químicos, están limitadas porque no tienen en cuenta la aromaticidad ni describen con precisión el comportamiento magnético.

    ¿Por qué vemos los guiones como una línea?

    Proximidad y similitud. El hecho de que percibamos una serie de rayas o puntos como una línea continua es notable en sí mismo. Los psicólogos de la Gestalt identificaron algunos principios de organización perceptiva para explicar esto. Dijeron que cuando los elementos visuales se colocan juntos, al igual que las marcas individuales en una línea discontinua, los percibimos como un grupo. Lo mismo ocurre con los elementos que son similares en tamaño y forma.

    Buena continuidad. La regla perceptiva de una buena continuidad también puede contribuir a nuestra percepción de puntos y guiones cercanos como una línea. Afirma que tenemos una tendencia innata a percibir que una línea continúa en su dirección establecida.

    Es Preattentive. Esta organización perceptiva ocurre antes de nuestra conciencia consciente en un momento de la visión temprana conocido como procesamiento pre-atento. El procesamiento pretentivo nos da una pista de lo que está sucediendo y lo que es importante antes de la conciencia consciente, lo que acelera la comprensión de un mensaje visual.


    Contenido

    Hay varias formas de fabricar puntos cuánticos. Los posibles métodos incluyen síntesis coloidal, autoensamblaje y compuerta eléctrica.

    Síntesis coloidal Editar

    Los nanocristales semiconductores coloidales se sintetizan a partir de soluciones, al igual que los procesos químicos tradicionales. La principal diferencia es que el producto no precipita como un sólido a granel ni permanece disuelto. [5] Al calentar la solución a alta temperatura, los precursores se descomponen formando monómeros que luego se nuclean y generan nanocristales. La temperatura es un factor crítico para determinar las condiciones óptimas para el crecimiento de nanocristales. Debe ser lo suficientemente alto para permitir la reordenación y el recocido de los átomos durante el proceso de síntesis, mientras que debe ser lo suficientemente bajo para promover el crecimiento de cristales. La concentración de monómeros es otro factor crítico que debe controlarse estrictamente durante el crecimiento de nanocristales. El proceso de crecimiento de los nanocristales puede ocurrir en dos regímenes diferentes, "enfoque" y "desenfoque". A altas concentraciones de monómeros, el tamaño crítico (el tamaño en el que los nanocristales no crecen ni se encogen) es relativamente pequeño, lo que da como resultado el crecimiento de casi todas las partículas. En este régimen, las partículas más pequeñas crecen más rápido que las grandes (ya que los cristales más grandes necesitan más átomos para crecer que los cristales pequeños), lo que da como resultado la distribución de tamaño. enfoque, produciendo una distribución improbable de partículas casi monodispersas. El enfoque por tamaño es óptimo cuando la concentración de monómero se mantiene de manera que el tamaño medio de nanocristales presente es siempre ligeramente mayor que el tamaño crítico. Con el tiempo, la concentración de monómero disminuye, el tamaño crítico se vuelve más grande que el tamaño promedio presente y la distribución desenfoca.

    Existen métodos coloidales para producir muchos semiconductores diferentes. Los puntos típicos están hechos de compuestos binarios como sulfuro de plomo, seleniuro de plomo, seleniuro de cadmio, sulfuro de cadmio, telururo de cadmio, arseniuro de indio y fosfuro de indio. Los puntos también pueden estar hechos de compuestos ternarios tales como sulfuro de seleniuro de cadmio. Además, se han realizado avances recientes que permiten la síntesis de puntos cuánticos de perovskita coloidal. [20] Estos puntos cuánticos pueden contener de 100 a 100.000 átomos dentro del volumen del punto cuántico, con un diámetro de ≈10 a 50 átomos. Esto corresponde a alrededor de 2 a 10 nanómetros, y con 10 nm de diámetro, casi 3 millones de puntos cuánticos podrían alinearse de un extremo a otro y encajar dentro del ancho de un pulgar humano.

    Se pueden sintetizar grandes lotes de puntos cuánticos mediante síntesis coloidal. Debido a esta escalabilidad y la conveniencia de las condiciones de sobremesa, los métodos sintéticos coloidales son prometedores para aplicaciones comerciales.

    Síntesis de plasma Editar

    La síntesis de plasma ha evolucionado hasta convertirse en uno de los enfoques en fase gaseosa más populares para la producción de puntos cuánticos, especialmente aquellos con enlaces covalentes. [21] [22] [23] Por ejemplo, los puntos cuánticos de silicio (Si) y germanio (Ge) se han sintetizado mediante el uso de plasma no térmico. El tamaño, la forma, la superficie y la composición de los puntos cuánticos se pueden controlar en plasma no térmico. [24] [25] El dopaje que parece bastante desafiante para los puntos cuánticos también se ha realizado en la síntesis de plasma. [26] [27] [28] Los puntos cuánticos sintetizados por plasma suelen estar en forma de polvo, por lo que se puede realizar una modificación de la superficie. Esto puede conducir a una excelente dispersión de puntos cuánticos en disolventes orgánicos [29] o en agua [30] (es decir, puntos cuánticos coloidales).

    Fabricación Editar

    • Los puntos cuánticos autoensamblados suelen tener un tamaño de entre 5 y 50 nm. Los puntos cuánticos definidos por electrodos de puerta modelados litográficamente, o por grabado en gases de electrones bidimensionales en heteroestructuras semiconductoras, pueden tener dimensiones laterales entre 20 y 100 nm.
    • Algunos puntos cuánticos son pequeñas regiones de un material enterradas en otro con una banda prohibida más grande. Estas pueden ser las llamadas estructuras núcleo-capa, por ejemplo, con CdSe en el núcleo y ZnS en la capa, o de formas especiales de sílice llamadas ormosil. Las capas de sub-monocapa también pueden ser formas efectivas de pasivar los puntos cuánticos, como los núcleos de PbS con las capas de CdS de sub-monocapa. [31]
    • Los puntos cuánticos a veces ocurren espontáneamente en las estructuras de los pozos cuánticos debido a las fluctuaciones de la monocapa en el espesor del pozo.
    • Los puntos cuánticos autoensamblados se nuclean espontáneamente bajo ciertas condiciones durante la epitaxia de haz molecular (MBE) y la epitaxia en fase de vapor metalorgánico (MOVPE), cuando un material crece en un sustrato con el que no se corresponde con la red. La deformación resultante conduce a la formación de islas en la parte superior de una capa humectante bidimensional. Este modo de crecimiento se conoce como crecimiento de Stranski-Krastanov. [32] Las islas se pueden enterrar posteriormente para formar el punto cuántico. Un tipo ampliamente utilizado de puntos cuánticos cultivados con este método son los puntos cuánticos de arseniuro de galio indio (InGaAs) en arseniuro de galio (GaAs). [33] Estos puntos cuánticos tienen potencial para aplicaciones en criptografía cuántica (es decir, fuentes de fotones únicos) y computación cuántica. Las principales limitaciones de este método son el costo de fabricación y la falta de control sobre el posicionamiento de los puntos individuales.
    • Los puntos cuánticos individuales se pueden crear a partir de gases bidimensionales de electrones o huecos presentes en pozos cuánticos dopados de forma remota o heteroestructuras de semiconductores llamados puntos cuánticos laterales. La superficie de la muestra se recubre con una fina capa de resist. A continuación, se define un patrón lateral en la capa protectora mediante litografía por haz de electrones. Este patrón se puede transferir luego al electrón o al gas del hueco mediante grabado o depositando electrodos metálicos (proceso de despegue) que permiten la aplicación de voltajes externos entre el gas de electrones y los electrodos. Dichos puntos cuánticos son de interés principalmente para experimentos y aplicaciones que implican el transporte de electrones o huecos, es decir, una corriente eléctrica.
    • El espectro de energía de un punto cuántico se puede diseñar controlando el tamaño geométrico, la forma y la fuerza del potencial de confinamiento. Además, a diferencia de los átomos, es relativamente fácil conectar puntos cuánticos mediante barreras de túnel a cables conductores, lo que permite la aplicación de las técnicas de espectroscopia de túnel para su investigación.

    Las características de absorción de puntos cuánticos corresponden a las transiciones entre las partículas tridimensionales discretas en un estado de caja del electrón y el agujero, ambos confinados a la misma caja de tamaño nanométrico. Estas transiciones discretas recuerdan a los espectros atómicos y han dado lugar a que los puntos cuánticos también se denominen átomos artificiales. [34]

    • El confinamiento en puntos cuánticos también puede surgir de potenciales electrostáticos (generados por electrodos externos, dopaje, deformación o impurezas). se puede emplear tecnología para fabricar puntos cuánticos de silicio. Los transistores CMOS ultra pequeños (L = 20 nm, W = 20 nm) se comportan como puntos cuánticos de un solo electrón cuando se operan a temperatura criogénica en un rango de -269 ° C (4 K) a aproximadamente -258 ° C (15 K). El transistor muestra bloqueo de Coulomb debido a la carga progresiva de electrones (huecos) uno por uno. El número de electrones (huecos) confinados en el canal es impulsado por el voltaje de la puerta, a partir de una ocupación de cero electrones (huecos), y se puede establecer en 1 o en muchos. [35]

    Ensamblaje viral Editar

    Los virus bacteriófagos M13 diseñados genéticamente permiten la preparación de estructuras de biocompuestos de puntos cuánticos. [36] Anteriormente se había demostrado que los virus modificados genéticamente pueden reconocer superficies semiconductoras específicas mediante el método de selección mediante presentación combinatoria de fagos. [37] Además, se sabe que las estructuras cristalinas líquidas de los virus de tipo salvaje (Fd, M13 y TMV) son ajustables controlando las concentraciones de la solución, la fuerza iónica de la solución y el campo magnético externo aplicado a las soluciones. En consecuencia, las propiedades de reconocimiento específicas del virus se pueden utilizar para organizar nanocristales inorgánicos, formando matrices ordenadas en la escala de longitud definida por la formación de cristales líquidos. Usando esta información, Lee et al. (2000) pudieron crear películas autoensambladas, altamente orientadas y autoportantes a partir de un fago y una solución precursora de ZnS. Este sistema les permitió variar tanto la longitud del bacteriófago como el tipo de material inorgánico mediante la modificación y selección genética.

    Montaje electroquímico Editar

    Las matrices altamente ordenadas de puntos cuánticos también pueden autoensamblarse mediante técnicas electroquímicas. Se crea una plantilla provocando una reacción iónica en una interfaz electrolito-metal que da como resultado el ensamblaje espontáneo de nanoestructuras, incluidos los puntos cuánticos, sobre el metal que luego se usa como máscara para grabar en mesa estas nanoestructuras en un sustrato elegido.

    Fabricación a granel Editar

    La fabricación de puntos cuánticos se basa en un proceso llamado inyección dual de alta temperatura que ha sido escalado por varias empresas para aplicaciones comerciales que requieren grandes cantidades (cientos de kilogramos a toneladas) de puntos cuánticos. Este método de producción reproducible se puede aplicar a una amplia gama de tamaños y composiciones de puntos cuánticos.

    La unión en ciertos puntos cuánticos sin cadmio, como los puntos cuánticos basados ​​en III-V, es más covalente que en los materiales II-VI, por lo tanto, es más difícil separar la nucleación y el crecimiento de nanopartículas a través de una síntesis de inyección dual a alta temperatura. Un método alternativo de síntesis de puntos cuánticos, el siembra molecular proceso, proporciona una ruta reproducible para la producción de puntos cuánticos de alta calidad en grandes volúmenes. El proceso utiliza moléculas idénticas de un compuesto de agrupación molecular como sitios de nucleación para el crecimiento de nanopartículas, evitando así la necesidad de un paso de inyección a alta temperatura. El crecimiento de las partículas se mantiene mediante la adición periódica de precursores a temperaturas moderadas hasta que se alcanza el tamaño de partículas deseado. [38] El proceso de siembra molecular no se limita a la producción de puntos cuánticos sin cadmio, por ejemplo, el proceso se puede utilizar para sintetizar lotes de kilogramos de puntos cuánticos II-VI de alta calidad en solo unas pocas horas.

    Otro enfoque para la producción en masa de puntos cuánticos coloidales se puede ver en la transferencia de la conocida metodología de inyección en caliente para la síntesis a un sistema técnico de flujo continuo. Las variaciones de un lote a otro que surgen de las necesidades durante la metodología mencionada se pueden superar utilizando componentes técnicos para la mezcla y el crecimiento, así como el transporte y los ajustes de temperatura. Para la producción de nanopartículas semiconductoras basadas en CdSe, este método ha sido investigado y ajustado a cantidades de producción de kg por mes. Dado que el uso de componentes técnicos permite un intercambio fácil en lo que respecta al rendimiento y tamaño máximos, se puede mejorar aún más a decenas o incluso cientos de kilogramos. [39]

    En 2011, un consorcio de empresas estadounidenses y holandesas informó de un hito en la fabricación de puntos cuánticos de gran volumen al aplicar el método tradicional de inyección dual a alta temperatura a un sistema de flujo. [40]

    El 23 de enero de 2013, Dow celebró un acuerdo de licencia exclusiva con Nanoco, con sede en el Reino Unido, para el uso de su método de siembra molecular a baja temperatura para la fabricación a granel de puntos cuánticos sin cadmio para pantallas electrónicas, y el 24 de septiembre de 2014 Dow comenzó a trabajar en la planta de producción en Corea del Sur capaz de producir suficientes puntos cuánticos para "millones de televisores sin cadmio y otros dispositivos, como tabletas". La producción en masa debe comenzar a mediados de 2015. [41] El 24 de marzo de 2015, Dow anunció un acuerdo de asociación con LG Electronics para desarrollar el uso de puntos cuánticos sin cadmio en pantallas. [42]

    Puntos cuánticos sin metales pesados ​​Editar

    En muchas regiones del mundo existe ahora una restricción o prohibición del uso de metales pesados ​​en muchos artículos para el hogar, lo que significa que la mayoría de los puntos cuánticos basados ​​en cadmio no se pueden utilizar para aplicaciones de bienes de consumo.

    Para la viabilidad comercial, se ha desarrollado una gama de puntos cuánticos restringidos y libres de metales pesados ​​que muestran emisiones brillantes en la región visible e infrarroja cercana del espectro y tienen propiedades ópticas similares a las de los puntos cuánticos CdSe. Entre estos materiales se encuentran InP / ZnS, CuInS / ZnS, Si, Ge y C.

    Los péptidos se están investigando como material potencial de puntos cuánticos. [43]

    Algunos puntos cuánticos plantean riesgos para la salud humana y el medio ambiente en determinadas condiciones. [44] [45] [46] En particular, los estudios sobre la toxicidad del punto cuántico se han centrado en partículas que contienen cadmio y aún no se han demostrado en modelos animales después de una dosificación fisiológicamente relevante. [46] Los estudios in vitro, basados ​​en cultivos celulares, sobre la toxicidad de los puntos cuánticos (QD) sugieren que su toxicidad puede derivar de múltiples factores, incluidas sus características fisicoquímicas (tamaño, forma, composición, grupos funcionales superficiales y cargas superficiales) y su entorno. . La evaluación de su toxicidad potencial es compleja, ya que estos factores incluyen propiedades como el tamaño QD, la carga, la concentración, la composición química, los ligandos de protección y también su estabilidad oxidativa, mecánica y fotolítica. [44]

    Muchos estudios se han centrado en el mecanismo de citotoxicidad QD utilizando cultivos celulares modelo. Se ha demostrado que después de la exposición a la radiación ultravioleta o la oxidación por el aire, los CdSe QD liberan iones de cadmio libres que causan la muerte celular. [47] También se ha informado que las QD de los grupos II-VI inducen la formación de especies reactivas de oxígeno después de la exposición a la luz, que a su vez pueden dañar componentes celulares como proteínas, lípidos y ADN. [48] ​​Algunos estudios también han demostrado que la adición de una capa de ZnS inhibe el proceso de especies reactivas de oxígeno en CdSe QD. Otro aspecto de la toxicidad QD es que existen, in vivo, vías intracelulares dependientes del tamaño que concentran estas partículas en orgánulos celulares que son inaccesibles para los iones metálicos, lo que puede dar como resultado patrones únicos de citotoxicidad en comparación con sus iones metálicos constituyentes. [49] Los informes de localización QD en el núcleo celular [50] presentan modos adicionales de toxicidad porque pueden inducir la mutación del ADN, que a su vez se propagará a través de la generación futura de células, causando enfermedades.

    Aunque se ha informado de concentraciones de QD en ciertos orgánulos en estudios in vivo utilizando modelos animales, no se han encontrado alteraciones en el comportamiento animal, peso, marcadores hematológicos o daño orgánico a través de análisis histológicos o bioquímicos. [51] Estos hallazgos han llevado a los científicos a creer que la dosis intracelular es el factor determinante más importante de la toxicidad QD. Por lo tanto, los factores que determinan la endocitosis QD que determinan la concentración intracelular efectiva, como el tamaño, la forma y la química de la superficie QD, determinan su toxicidad. La excreción de QD a través de la orina en modelos animales también se ha demostrado mediante la inyección de QD de CdSe rematados con ZnS radiomarcados en los que la capa del ligando estaba marcada con 99m Tc. [52] Aunque muchos otros estudios han concluido la retención de QD en los niveles celulares, [46] [53] la exocitosis de QD todavía está poco estudiada en la literatura.

    Si bien los esfuerzos de investigación significativos han ampliado la comprensión de la toxicidad de las QD, existen grandes discrepancias en la literatura y aún quedan preguntas por responder. La diversidad de esta clase de material en comparación con las sustancias químicas normales hace que la evaluación de su toxicidad sea muy difícil. Dado que su toxicidad también puede ser dinámica dependiendo de factores ambientales como el nivel de pH, la exposición a la luz y el tipo de célula, los métodos tradicionales para evaluar la toxicidad de sustancias químicas como LD50 no son aplicables para QD. Por lo tanto, los investigadores se están enfocando en introducir enfoques novedosos y adaptar los métodos existentes para incluir esta clase única de materiales. [46] Además, la comunidad científica todavía está explorando estrategias novedosas para diseñar QD más seguros. Una novedad reciente en el campo es el descubrimiento de puntos cuánticos de carbono, una nueva generación de nanopartículas ópticamente activas potencialmente capaces de reemplazar las QD de semiconductores, pero con la ventaja de una toxicidad mucho menor.

    En los semiconductores, la absorción de luz generalmente conduce a que un electrón se excite desde la valencia hasta la banda de conducción, dejando atrás una agujero. El electrón y el agujero pueden unirse entre sí para formar un excitón. Cuando este excitón se recombina (es decir, el electrón vuelve a su estado fundamental), la energía del excitón se puede emitir en forma de luz. A esto se le llama fluorescencia. En un modelo simplificado, la energía del fotón emitido puede entenderse como la suma de la energía de la banda prohibida entre el nivel ocupado más alto y el nivel de energía desocupado más bajo, las energías de confinamiento del agujero y el electrón excitado, y la energía ligada de el excitón (el par electrón-hueco):

    Como la energía de confinamiento depende del tamaño del punto cuántico, tanto el inicio de la absorción como la emisión de fluorescencia se pueden ajustar cambiando el tamaño del punto cuántico durante su síntesis. Cuanto más grande es el punto, más rojo (menor energía) es el inicio de la absorción y el espectro de fluorescencia. Por el contrario, los puntos más pequeños absorben y emiten luz más azul (de mayor energía). Artículos recientes en Nanotecnología y en otras revistas han comenzado a sugerir que la forma del punto cuántico también puede ser un factor en la coloración, pero todavía no se dispone de suficiente información. Además, se demostró [54] que la vida útil de la fluorescencia está determinada por el tamaño del punto cuántico. Los puntos más grandes tienen niveles de energía más cercanos en los que el par electrón-hueco puede quedar atrapado. Por lo tanto, los pares de agujeros de electrones en puntos más grandes viven más tiempo, lo que hace que los puntos más grandes muestren una vida útil más larga.

    Para mejorar el rendimiento cuántico de fluorescencia, se pueden hacer puntos cuánticos con conchas de un material semiconductor de banda prohibida más grande a su alrededor. Se sugiere que la mejora se debe al acceso reducido de electrones y huecos a las rutas de recombinación de superficies no radiativas en algunos casos, pero también a la reducción de la recombinación de Auger en otros.

    Los puntos cuánticos son particularmente prometedores para aplicaciones ópticas debido a su alto coeficiente de extinción. [55] Operan como un transistor de un solo electrón y muestran el efecto de bloqueo de Coulomb. Los puntos cuánticos también se han sugerido como implementaciones de qubits para el procesamiento de información cuántica, [56] y como elementos activos para termoeléctricos. [57] [58] [59]

    Ajustar el tamaño de los puntos cuánticos es atractivo para muchas aplicaciones potenciales. Por ejemplo, los puntos cuánticos más grandes tienen un mayor desplazamiento del espectro hacia el rojo en comparación con los puntos más pequeños y exhiben propiedades cuánticas menos pronunciadas. Por el contrario, las partículas más pequeñas permiten aprovechar los efectos cuánticos más sutiles.

    Al ser de dimensión cero, los puntos cuánticos tienen una densidad de estados más nítida que las estructuras de dimensiones superiores. Como resultado, tienen propiedades ópticas y de transporte superiores. Tienen usos potenciales en láseres de diodo, amplificadores y sensores biológicos. Los puntos cuánticos pueden excitarse dentro de un campo electromagnético mejorado localmente producido por nanopartículas de oro, que luego pueden observarse a partir de la resonancia del plasmón de superficie en el espectro de excitación fotoluminiscente de los nanocristales de (CdSe) ZnS. Los puntos cuánticos de alta calidad son adecuados para aplicaciones de codificación óptica y multiplexación debido a sus amplios perfiles de excitación y espectros de emisión estrechos / simétricos. Las nuevas generaciones de puntos cuánticos tienen un potencial de gran alcance para el estudio de procesos intracelulares a nivel de una sola molécula, imágenes celulares de alta resolución, observación in vivo a largo plazo del tráfico celular, identificación de tumores y diagnóstico.

    Los nanocristales de CdSe son fotosensibilizadores triples eficientes. [61] La excitación láser de pequeñas nanopartículas de CdSe permite la extracción de la energía del estado excitado de los Quantum Dots en una solución a granel, abriendo así la puerta a una amplia gama de aplicaciones potenciales como terapia fotodinámica, dispositivos fotovoltaicos, electrónica molecular y catálisis.

    Mantenimiento de registros subcutáneos Editar

    En diciembre de 2019, Robert S. Langer y su equipo desarrollaron y patentaron una técnica mediante la cual se podían usar parches transdérmicos para etiquetar personas con tinta invisible a fin de almacenar información médica y de otro tipo por vía subcutánea. Esto se presentó como una bendición para las "naciones en desarrollo" donde la falta de infraestructura significa la ausencia de registros médicos. [62] [63] La tecnología, que está asignada al Instituto de Tecnología de Massachusetts, [63] utiliza un "tinte de punto cuántico que se administra, en este caso junto con una vacuna, mediante un parche de microagujas". La investigación "fue financiada por la Fundación Bill y Melinda Gates y el Instituto Koch para la Investigación Integrativa del Cáncer". [62]

    Biología Editar

    En el análisis biológico moderno, se utilizan varios tipos de tintes orgánicos. Sin embargo, a medida que avanza la tecnología, se busca una mayor flexibilidad en estos tintes. [64] Con este fin, los puntos cuánticos han cumplido rápidamente el papel, y se ha encontrado que son superiores a los tintes orgánicos tradicionales en varios aspectos, uno de los más inmediatamente obvios es el brillo (debido al alto coeficiente de extinción combinado con un rendimiento cuántico comparable a tintes fluorescentes [13]) así como su estabilidad (permitiendo mucho menos fotoblanqueo). [65] Se ha estimado que los puntos cuánticos son 20 veces más brillantes y 100 veces más estables que los reporteros fluorescentes tradicionales. [64] Para el seguimiento de una sola partícula, el parpadeo irregular de los puntos cuánticos es un inconveniente menor. Sin embargo, ha habido grupos que han desarrollado puntos cuánticos que esencialmente no parpadean y han demostrado su utilidad en experimentos de seguimiento de moléculas individuales. [66] [67]

    El uso de puntos cuánticos para imágenes celulares de alta sensibilidad ha experimentado grandes avances. [68] La fotoestabilidad mejorada de los puntos cuánticos, por ejemplo, permite la adquisición de muchas imágenes consecutivas de plano focal que pueden reconstruirse en una imagen tridimensional de alta resolución. [69] Otra aplicación que aprovecha la extraordinaria fotoestabilidad de las sondas de puntos cuánticos es el seguimiento en tiempo real de moléculas y células durante períodos de tiempo prolongados. [70] Se pueden usar anticuerpos, estreptavidina, [71] péptidos, [72] ADN, [73] aptámeros de ácido nucleico, [74] o ligandos de moléculas pequeñas [75] para dirigir puntos cuánticos a proteínas específicas en las células. Los investigadores pudieron observar puntos cuánticos en los ganglios linfáticos de ratones durante más de 4 meses. [76]

    Los puntos cuánticos pueden tener propiedades antibacterianas similares a las nanopartículas y pueden matar bacterias de una manera dependiente de la dosis. [77] Un mecanismo por el cual los puntos cuánticos pueden matar bacterias es al afectar las funciones del sistema antioxidante en las células y regular negativamente los genes antioxidantes. Además, los puntos cuánticos pueden dañar directamente la pared celular. Se ha demostrado que los puntos cuánticos son eficaces contra bacterias tanto grampositivas como gramnegativas. [78]

    También se han empleado puntos cuánticos semiconductores para la formación de imágenes in vitro de células premarcadas. Se espera que la capacidad de obtener imágenes de la migración de una sola célula en tiempo real sea importante para varias áreas de investigación, como la embriogénesis, la metástasis del cáncer, la terapéutica de células madre y la inmunología de linfocitos.

    Una aplicación de los puntos cuánticos en biología es como fluoróforos donantes en la transferencia de energía de resonancia de Förster, donde el gran coeficiente de extinción y la pureza espectral de estos fluoróforos los hacen superiores a los fluoróforos moleculares [79]. excitación del donante QD y una excitación mínima de un aceptor de colorante en estudios basados ​​en FRET. [80] Recientemente se ha demostrado la aplicabilidad del modelo FRET, que supone que el punto cuántico puede aproximarse como un dipolo puntual. [81]

    El uso de puntos cuánticos para la focalización de tumores en condiciones in vivo emplea dos esquemas de focalización: focalización activa y focalización pasiva. En el caso de la focalización activa, los puntos cuánticos se funcionalizan con sitios de unión específicos del tumor para unirse selectivamente a las células tumorales. El direccionamiento pasivo utiliza la permeación y retención mejoradas de las células tumorales para la administración de sondas de puntos cuánticos. Las células tumorales de crecimiento rápido suelen tener membranas más permeables que las células sanas, lo que permite la filtración de pequeñas nanopartículas en el cuerpo celular. Además, las células tumorales carecen de un sistema de drenaje linfático eficaz, lo que conduce a la posterior acumulación de nanopartículas.

    Las sondas de puntos cuánticos exhiben toxicidad in vivo. Por ejemplo, los nanocristales de CdSe son altamente tóxicos para las células cultivadas bajo iluminación ultravioleta, porque las partículas se disuelven, en un proceso conocido como fotólisis, para liberar iones de cadmio tóxicos en el medio de cultivo. Sin embargo, en ausencia de irradiación UV, se ha descubierto que los puntos cuánticos con un recubrimiento de polímero estable son esencialmente no tóxicos. [76] [45] La encapsulación de hidrogel de puntos cuánticos permite que los puntos cuánticos se introduzcan en una solución acuosa estable, lo que reduce la posibilidad de fugas de cadmio. Por otra parte, solo se sabe poco sobre el proceso de excreción de puntos cuánticos de los organismos vivos. [82]

    En otra aplicación potencial, los puntos cuánticos se están investigando como fluoróforo inorgánico para la detección intraoperatoria de tumores mediante espectroscopia de fluorescencia.

    La entrega de puntos cuánticos intactos al citoplasma celular ha sido un desafío con las técnicas existentes. Los métodos basados ​​en vectores han dado como resultado la agregación y el secuestro endosómico de puntos cuánticos, mientras que la electroporación puede dañar las partículas semiconductoras y los puntos agregados en el citosol. Via cell squeezing, quantum dots can be efficiently delivered without inducing aggregation, trapping material in endosomes, or significant loss of cell viability. Moreover, it has shown that individual quantum dots delivered by this approach are detectable in the cell cytosol, thus illustrating the potential of this technique for single molecule tracking studies. [83]

    Photovoltaic devices Edit

    The tunable absorption spectrum and high extinction coefficients of quantum dots make them attractive for light harvesting technologies such as photovoltaics. Quantum dots may be able to increase the efficiency and reduce the cost of today's typical silicon photovoltaic cells. According to an experimental report from 2004, [84] quantum dots of lead selenide can produce more than one exciton from one high energy photon via the process of carrier multiplication or multiple exciton generation (MEG). This compares favorably to today's photovoltaic cells which can only manage one exciton per high-energy photon, with high kinetic energy carriers losing their energy as heat. Quantum dot photovoltaics would theoretically be cheaper to manufacture, as they can be made using simple chemical reactions.

    Quantum dot only solar cells Edit

    Aromatic self-assembled monolayers (SAMs) (e.g. 4-nitrobenzoic acid) can be used to improve the band alignment at electrodes for better efficiencies. This technique has provided a record power conversion efficiency (PCE) of 10.7%. [85] The SAM is positioned between ZnO-PbS colloidal quantum dot (CQD) film junction to modify band alignment via the dipole moment of the constituent SAM molecule, and the band tuning may be modified via the density, dipole and the orientation of the SAM molecule. [85]

    Quantum dot in hybrid solar cells Edit

    Colloidal quantum dots are also used in inorganic/organic hybrid solar cells. These solar cells are attractive because of the potential for low-cost fabrication and relatively high efficiency. [86] Incorporation of metal oxides, such as ZnO, TiO2, and Nb2O5 nanomaterials into organic photovoltaics have been commercialized using full roll-to-roll processing. [86] A 13.2% power conversion efficiency is claimed in Si nanowire/PEDOT:PSS hybrid solar cells. [87]

    Quantum dot with nanowire in solar cells Edit

    Another potential use involves capped single-crystal ZnO nanowires with CdSe quantum dots, immersed in mercaptopropionic acid as hole transport medium in order to obtain a QD-sensitized solar cell. The morphology of the nanowires allowed the electrons to have a direct pathway to the photoanode. This form of solar cell exhibits 50–60% internal quantum efficiencies. [88]

    Nanowires with quantum dot coatings on silicon nanowires (SiNW) and carbon quantum dots. The use of SiNWs instead of planar silicon enhances the antiflection properties of Si. [89] The SiNW exhibits a light-trapping effect due to light trapping in the SiNW. This use of SiNWs in conjunction with carbon quantum dots resulted in a solar cell that reached 9.10% PCE. [89]

    Graphene quantum dots have also been blended with organic electronic materials to improve efficiency and lower cost in photovoltaic devices and organic light emitting diodes (OLEDs) in compared to graphene sheets. These graphene quantum dots were functionalized with organic ligands that experience photoluminescence from UV-Vis absorption. [90]

    Light emitting diodes Edit

    Several methods are proposed for using quantum dots to improve existing light-emitting diode (LED) design, including quantum dot light-emitting diode (QD-LED or QLED) displays, and quantum dot white-light-emitting diode (QD-WLED) displays. Because quantum dots naturally produce monochromatic light, they can be more efficient than light sources which must be color filtered. QD-LEDs can be fabricated on a silicon substrate, which allows them to be integrated onto standard silicon-based integrated circuits or microelectromechanical systems. [91]

    Quantum dot displays Edit

    Quantum dots are valued for displays because they emit light in very specific gaussian distributions. This can result in a display with visibly more accurate colors.

    A conventional color liquid crystal display (LCD) is usually backlit by fluorescent lamps (CCFLs) or conventional white LEDs that are color filtered to produce red, green, and blue pixels. Quantum dot displays use blue-emitting LEDs rather than white LEDs as the light sources. The converting part of the emitted light is converted into pure green and red light by the corresponding color quantum dots placed in front of the blue LED or using a quantum dot infused diffuser sheet in the backlight optical stack. Blank pixels are also used to allow the blue LED light to still generate blue hues. This type of white light as the backlight of an LCD panel allows for the best color gamut at lower cost than an RGB LED combination using three LEDs. [92]

    Another method by which quantum dot displays can be achieved is the electroluminescent (EL) or electro-emissive method. This involves embedding quantum dots in each individual pixel. These are then activated and controlled via an electric current application. [93] Since this is often light emitting itself, the achievable colors may be limited in this method. [94] Electro-emissive QD-LED TVs exist in laboratories only.

    The ability of QDs to precisely convert and tune a spectrum makes them attractive for LCD displays. Previous LCD displays can waste energy converting red-green poor, blue-yellow rich white light into a more balanced lighting. By using QDs, only the necessary colors for ideal images are contained in the screen. The result is a screen that is brighter, clearer, and more energy-efficient. The first commercial application of quantum dots was the Sony XBR X900A series of flat panel televisions released in 2013. [95]

    In June 2006, QD Vision announced technical success in making a proof-of-concept quantum dot display and show a bright emission in the visible and near infrared region of the spectrum. A QD-LED integrated at a scanning microscopy tip was used to demonstrate fluorescence near-field scanning optical microscopy (NSOM) imaging. [96]

    Photodetector devices Edit

    Quantum dot photodetectors (QDPs) can be fabricated either via solution-processing, [97] or from conventional single-crystalline semiconductors. [98] Conventional single-crystalline semiconductor QDPs are precluded from integration with flexible organic electronics due to the incompatibility of their growth conditions with the process windows required by organic semiconductors. On the other hand, solution-processed QDPs can be readily integrated with an almost infinite variety of substrates, and also postprocessed atop other integrated circuits. Such colloidal QDPs have potential applications in visible- and infrared-light cameras, [99] machine vision, industrial inspection, spectroscopy, and fluorescent biomedical imaging.

    Photocatalysts Edit

    Quantum dots also function as photocatalysts for the light driven chemical conversion of water into hydrogen as a pathway to solar fuel. In photocatalysis, electron hole pairs formed in the dot under band gap excitation drive redox reactions in the surrounding liquid. Generally, the photocatalytic activity of the dots is related to the particle size and its degree of quantum confinement. [100] This is because the band gap determines the chemical energy that is stored in the dot in the excited state. An obstacle for the use of quantum dots in photocatalysis is the presence of surfactants on the surface of the dots. These surfactants (or ligands) interfere with the chemical reactivity of the dots by slowing down mass transfer and electron transfer processes. Also, quantum dots made of metal chalcogenides are chemically unstable under oxidizing conditions and undergo photo corrosion reactions.

    Quantum dots are theoretically described as a point like, or a zero dimensional (0D) entity. Most of their properties depend on the dimensions, shape and materials of which QDs are made. Generally QDs present different thermodynamic properties from the bulk materials of which they are made. One of these effects is the Melting-point depression. Optical properties of spherical metallic QDs are well described by the Mie scattering theory.

    In a semiconductor crystallite whose size is smaller than twice the size of its exciton Bohr radius, the excitons are squeezed, leading to quantum confinement. The energy levels can then be predicted using the particle in a box model in which the energies of states depend on the length of the box. Comparing the quantum dot's size to the Bohr radius of the electron and hole wave functions, 3 regimes can be defined. A 'strong confinement regime' is defined as the quantum dots radius being smaller than both electron and hole Bohr radius, 'weak confinement' is given when the quantum dot is larger than both. For semiconductors in which electron and hole radii are markedly different, an 'intermediate confinement regime' exists, where the quantum dot's radius is larger than the Bohr radius of one charge carrier (typically the hole), but not the other charge carrier. [101]

    Therefore, the sum of these energies can be represented as:

    dónde μ is the reduced mass, a is the radius of the quantum dot, metromi is the free electron mass, metroh is the hole mass, and εr is the size-dependent dielectric constant.

    Although the above equations were derived using simplifying assumptions, they imply that the electronic transitions of the quantum dots will depend on their size. These quantum confinement effects are apparent only below the critical size. Larger particles do not exhibit this effect. This effect of quantum confinement on the quantum dots has been repeatedly verified experimentally [103] and is a key feature of many emerging electronic structures. [104]

    The Coulomb interaction between confined carriers can also be studied by numerical means when results unconstrained by asymptotic approximations are pursued. [105]

    Besides confinement in all three dimensions (i.e., a quantum dot), other quantum confined semiconductors include:

      , which confine electrons or holes in two spatial dimensions and allow free propagation in the third. , which confine electrons or holes in one dimension and allow free propagation in two dimensions.

    Models Edit

    A variety of theoretical frameworks exist to model optical, electronic, and structural properties of quantum dots. These may be broadly divided into quantum mechanical, semiclassical, and classical.

    Quantum mechanics Edit

    Quantum mechanical models and simulations of quantum dots often involve the interaction of electrons with a pseudopotential or random matrix. [106]

    Semiclassical Edit

    Semiclassical models of quantum dots frequently incorporate a chemical potential. For example, the thermodynamic chemical potential of an norte-particle system is given by

    whose energy terms may be obtained as solutions of the Schrödinger equation. The definition of capacitance,

    with the potential difference

    may be applied to a quantum dot with the addition or removal of individual electrons,

    es el quantum capacitance of a quantum dot, where we denoted by I(N) the ionization potential and by A(N) the electron affinity of the norte-particle system. [107]

    Classical mechanics Edit

    Classical models of electrostatic properties of electrons in quantum dots are similar in nature to the Thomson problem of optimally distributing electrons on a unit sphere.

    The classical electrostatic treatment of electrons confined to spherical quantum dots is similar to their treatment in the Thomson, [108] or plum pudding model, of the atom. [109]

    The classical treatment of both two-dimensional and three-dimensional quantum dots exhibit electron shell-filling behavior. A "periodic table of classical artificial atoms" has been described for two-dimensional quantum dots. [110] As well, several connections have been reported between the three-dimensional Thomson problem and electron shell-filling patterns found in naturally-occurring atoms found throughout the periodic table. [111] This latter work originated in classical electrostatic modeling of electrons in a spherical quantum dot represented by an ideal dielectric sphere. [112]

    El término quantum dot was coined in 1986. [113] They were first synthesized in a glass matrix by Alexey Ekimov in 1981 [114] [115] [116] [117] and in colloidal suspension [118] by Louis Brus in 1983. [119] [120] They were first theorized by Alexander Efros in 1982. [121]


    Punctuation: Not Separated at Birth: The Dash and the Hyphen (and Let's Add the Ellipsis for Fun)

    Punctuation

    The dash and the hyphen are like Arnold Schwarzenegger and Danny DeVito: confused so often they are taken for each other. But like these two fine actors, the dash and the hyphen are not the same, no sireee.

    • A guión is one click on the keyboard: -
    • A pizca is two clicks on the keyboard: ?
    • An ellipsis is three spaced periods: ?

    Therefore, the dash is twice as long as the hyphen. That's not all the dash and hyphen have totally different uses. Not to mention the ellipsis.

    The Dash: Long and Lean

    Basically, the dash is used to show emphasis. Así es cómo:

    • Use a dash to show a sudden change of thought.
    • Ejemplo: An archaeologist?of course I don't mean you?is a person whose career lies in ruins.
    • Use a dash before a summary of what is stated in the sentence.
    • Ejemplo: Avoiding work, getting liposuction, becoming a finalist in the George Hamilton Cocoa Butter Open?everything depends on that trust fund.

    The Hyphen: Short and Sweet

    The hyphen, in contrast, is used to show a break in words.

    • Use a hyphen to show a word break at the end of a line.
    • Ejemplo: When you finish The Complete Idiot's Guide to Grammar and Style, Sec-
    • ond Edition, your written work will be as sharp as your appearance.
    Strictly Speaking

    You could make it through life fine and dandy without a dash, but you'd be the poorer for it. Like argyle socks, the dash shows flair and style. It creates rhythm and emphasis in your writing.

    • Use a hyphen in certain compound nouns.
    • Ejemplo: great-grandmother
    • Use hyphens in fractions and in compound numbers from twenty-one to ninety-nine.
    • Ejemplos de: one-half, sixty-six

    The Ellipsis: Dot, Dot, Dot

    The ellipsis, in contrast, indicates a break in continuity.

    Danger, Will Robinson

    Don't use an ellipsis to show that words have been omitted from the beginning of a sentence. Just omit the words and keep right on going.


    Cal Newport

    The Fast and the Curious

    I’m currently taking a graduate seminar that assigns demanding articles of demanding length. Being somewhat busy, as I’ve mentioned before, I’ve recently been working to squeeze every last ounce of speed out of my note-taking habits. This has led me to a new note-taking approach I call the Morse Code Method. It’s engineered to be fast. Blazingly fast yet still be able to support the type of detailed comprehension needed to survive a three-hour, 10-person discussion-based seminar.

    Forget time for a moment. Your worst enemy when tackling a reading assignment is that weighty, sleep-inducing brain-drag that starts to grow over time, making concentration increasingly difficult. What brings this on? A big factor is halting your reading momentum. If you cease forward movement with your eyes so you can, for example, underline a few lines, or draw a bracket next to paragraph, or, dare I say it, highlight a sentence, it will require a large energy burst to get started once again. Too many such stops and starts and your brain will be fried.

    The Morse Code Method is based on the following idea: you should never stop reading until you’re done with the entire article.

    One continuous pass is the fastest, most energy-efficient possible way to get through a reading. It’s also the least painful.

    The Dot-Dash Notation

    This begs an obvious question: if you don’t stop your reading momentum, how do you make note of the important points? The answer is to deploy the following notation:

    1. If you come across a sentence that seems to be laying out a big, interesting idea: draw a quick dot next to it in the margin.
    2. If you come across an example or explanation that supports the previous big idea: draw a quick dash next to it in the margin.

    From experimentation, I’ve learned that these dots and dashes are small enough that you can record them without breaking your reading momentum. In the end, your article will be a sequence of dots and dashes (like a Morse Code message!), effectively breaking down the reading into a useful sequence: big idea!, support, support, big idea!, support, support, support…

    Once you’ve finished reading the completo article, it’s time to take notes. Review the sentences that you dotted and dashed. For the dots that still strike you as important, paraphrase the main idea in your notes, in your own words. (The paraphrase is key: it forces you to processes the idea in your brain, not just reproduce it like a photocopier). For each of the following dashes that still strikes you as important, paraphrase the example or explanation in a bullet point.

    Go quick. Don’t worry about typos. Ignore fancy formatting. Just get the ideas down. As fast as possible.

    Now for the final step. This will only take you an extra couple minutes, but it’s the crucial boost that will transform you from “reasonably familiar with the readings” to “class star”:

    • Reviewing what you just recorded in your notes, think for a moment about the following: What is the main question being asked in the article and what’s the conclusion the authors point toward? Record the question and conclusion in your notes.

    Now you’re done. Don’t skip this last step! It is here that you pull out the big picture ideas that will form the core of class discussions, papers, and exam essay questions.

    How This Compares to Classic Q/E/C Note-Taking

    Fans of Straight-A might wonder how the Morse Code Method compares to the classical Question/Evidence/Conclusion approach. The answer: it’s a variation. By having you read the article before identifying a question and conclusion, the Morse Code Method better handles complicated articles with subtle arguments. Also, by having you actually read — not just skim — every sentence, you’re better prepared for more detailed discussions. When deciding what tactic to deploy, choose based on the needs of the class.


    The dot-slash, ./ , is a relative path to something in the current directory.

    The dot is the current directory and the slash is a path delimiter.

    When you give the command touch ./a you say "run the touch utility with the argument ./a ", and touch will create (or update the timestamp for) the file a in the current directory.

    There is no difference between touch a and touch ./a as both commands will act on the thing called a in the current directory.

    In a similar way, touch ../a will act on the a in the directory above the current directory as .. refers to "one directory further up in the hierarchy".

    . and .. are two special directory names that are present in every directory on Unix systems.

    It's useful to be able to put ./ in front of a filename sometimes, as when you're trying to create or delete, or just work with, a file with a dash as the first character in its filename.


    Punctuation

    Punctuation can either clarify the written message or confuse its meaning. It pays to know how to use these small but powerful marks. Resist the temptation to punctuate according to guesswork. While careful use of punctuation enhances the meaning of what you write, idiosyncratic punctuation has the opposite effect.

    Acento

    Ampersand

    Commonly known as the and sign, the ampersand shouldn't be used as a replacement for y in reference to UO offices or policies. The ampersand may be used in the name of a nonuniversity business, such as an architecture, accounting, advertising, or law firm, if that is the standard procedure for that business.

    arts and sciences
    School of Journalism and Communication
    Department of Computer and Information Science
    pero
    AT&T
    the law offices of Morgan, Lewis & Bockius
    Wieden & Kennedy

    Apostrophe

    Of all punctuation marks, the apostrophe is the most abused. The most common misuses are inserting an apostrophe before the final s in a plural noun—where it doesn't belong—and omitting it from a possessive noun, where it does.

    Prizes are awarded. (no Prize's are awarded.)
    Have you seen the book's cover? (no Have you seen the books cover?)

    Plural Nouns

    Don't use apostrophes in plural nouns. This includes dates such as 1870s y Decenio de 1990. The only time you need to use an apostrophe in forming a plural is to avoid ambiguity. For instance, if you're writing about letter grades, you may need the apostrophe to distinguish A's from the word Como.

    ifs, ands, or buts
    dos and don'ts
    pero
    Make sure you dot your I's and cross your T's.

    Possessive Nouns

    Things as well as people can be possessive.

    a master's degree
    a month's pay
    hoy New York Times

    Plural Possessive Nouns

    In most cases, the possessive of plural nouns is formed by adding an apostrophe only (except for a few irregular plurals that do not end in s).

    the puppies' paws
    the Williamses' new house
    pero
    children's literature

    Possessive Pronouns

    His, its, hers, theirs, yours, ours, y cuyo are possessive pronouns they don't contain apostrophes. Es is not a possessive pronoun it's a contraction of está.

    The book's end is better than its beginning.
    pero
    It's kind of you to ask.

    Names Ending in S

    The possessive is formed with an additional s.

    Dylan Thomas's poetry
    the Ganges's source

    Colon

    The colon is often used to introduce a list or series. However, it's redundant to use a colon directly after such verbs as están y incluir.

    Three types of examinations are offered: oral, take‑home, and in-class.
    pero
    The course offerings include Spanish, marine biology, and medieval history.

    Comma

    Use commas to separate all the items in a series of three or more ending in y o o.

    The university awards bachelor's, master's, and doctoral degrees.
    The Department of German and Scandinavian offers courses in Danish, Finnish, Norwegian, and Swedish as well as in German.

    The following example may appear to be an exception, but it isn't because there are only two items in the series: (1) planning, (2) public policy and (public) management.

    Department of Planning, Public Policy and Management

    Dashes—Em and En

    Dashes aren't hyphens. The em dash (—) is longer than a hyphen and indicates a break in the syntax of a sentence.

    Of the three grading options—graded only, pass/no pass only, either graded or pass/no pass—the last option is the default.

    The en dash (–) is half as long as an em dash. Use an en dash to indicate continuing or inclusive numbers in dates, times, or reference numbers.

    2002–3
    50 BC–AD 45
    10:00 a.m.–5:00 p.m.
    pp. 12–28

    The en dash sometimes replaces a hyphen for clarification.

    post–Civil War
    a hospital–nursing home connection

    Use an em dash when attributing a quote.

    "You can never be overdressed or overeducated." —Oscar Wilde

    Diacritical Marks

    Words in other languages, and even a few adopted into English, sometimes have special marks above or beneath certain letters that provide help in pronunciation or meaning. Following are six of the most common diacritical marks used in Romance and Germanic languages when they are written in the same Latin alphabet we use in English. All except the cedilla can be used with letters besides the ones in the examples. When in doubt, use English.

    Nombre Marcos Ejemplo Sentido
    acute accent mi Renée a name (French)
    grave accent mi après 'after'
    dieresis or umlaut ü München 'Munich' (German)
    circumflex ê fête 'festival' (French)
    tilde ñ año 'year' (Spanish)
    cedilla ç reçu 'received' (French)

    Ditto Marks

    Ellipses

    Use ellipses (using three spaced periods, not a single-glyph three-dot ellipsis character) sparingly and only as specified below—not as a substitution for "etc." or as a design cliché. In the following examples, ellipses replace words in the original sentences without distorting their meaning.

    original sentence:
    The newspaper reporter, known worldwide for her frontline reporting, has received many awards for her war correspondence.

    with ellipsis:
    The newspaper reporter . . . has received many awards for her war correspondence.

    original sentences:
    The photojournalist barely escaped a falling timber as he stood under a tree, trying to show the forest fire from a fighter's perspective. His injuries left him shaken, though he was elated to capture the dangers of firefighting on film.

    with ellipsis:
    The photojournalist barely escaped a falling timber . . . though he was elated to capture the dangers of firefighting on film.

    In quoted speech or conversation, faltering speech may be indicated by an ellipsis.

    Exclamation Point

    Overuse of the exclamation point imparts an adolescent quality to most writing. Use it sparingly to express surprise, disbelief, or other strong emotion. To quote F. Scott Fitzgerald, "An exclamation mark is like laughing at your own joke." For additional guidance, consult this handy chart from Hubspot.

    Hyphen

    Compound adjectives should be hyphenated to eliminate ambiguity of meaning. Otherwise, leave open.

    first class mail
    $2 million grant
    pero
    study-abroad programs
    fast-sailing ship
    work-study student

    Adverbs ending in -ly followed by an adjective aren't hyphenated.

    Use a hyphen to distinguish confusing pairs of words.

    recreation (but re-creation)
    refund (but re-fund)

    Use a hyphen after lleno o bien when it's used in a compound modifier immediately before a noun, unless the word itself is modified.

    a full-page advertisement
    a well-known professor
    pero
    a very well known professor

    Don't use a hyphen when the modifier is in other positions in the sentence.

    She works full time.
    Although well known, the landmark is rarely visited.

    The prefixes anti, co, post, pre, non, multi, y re generally don't require a hyphen unless followed by a proper noun. See also Dashes—Em and En.

    antinuclear
    codirector
    postdoctoral
    premajor
    nonmajor
    multidisciplinary
    reconsiderar
    pero
    post-Renaissance
    non-English

    Use a hyphen when using pro- to coin a word indicating support (e.g., pro-feminist).

    Después requires a hyphen when used to form a compound adjective but not when it's part of a compound noun.

    after-dinner speech
    pero
    afterglow and afternoon

    Hyphenate an age when used as an adjective, even if the noun the adjective modifies is only implied rather than stated.

    the five-year-old program
    The five-year-old [child] attended kindergarten.

    Hyphenate adjectives used to define measures.

    the seven-foot-one center of the Los Angeles Lakers

    Hyphenate the noun cooperativa when abbreviating cooperativa, but don't hyphenate cooperate, coordinate, o coeducational.

    Don't use a hyphen in a compound noun with vice:

    vice chancellor
    vicepresidente
    vice provost

    Hyphenate the construction student-athlete.

    For further examples, refer to The Chicago Manual of Style's hyphenation guide.

    Italics

    Italics are used for titles of books, genera and species, long plays, periodicals, movies, newspapers, operas and other long musical compositions, ships, and works of art. Titles of television and radio series are italicized, but titles of individual episodes are placed in quotation marks.

    Woolf's Al faro
    Bizet's Carmen
    O'Keeffe's Cow's Skull, Red, White, and Blue
    Shaw's Major Barbara
    Wertmuller's Seven Beauties
    National Public Radio's All Things Considered
    pero
    "Eye of the Beholder," Rod Serling's classic episode of The Twilight Zone, is regarded by many fans as a high point for the series.

    Some musical compositions are known by their generic titles—symphony, quartet, nocturne—and often a number or key or both. Such names are capitalized but not italicized. For example, Beethoven's Piano Sonata No. 14 in C-sharp minor, Op. 25, would not be italicized however, its nongeneric subtitle, Sonata de luz de Luna, would.

    The titles of university courses follow the standard rules for capitalization of the titles of works they are neither italicized nor placed in quotation marks.

    Introduction to Biological Anthropology (ANTH 270) has no prerequisite.

    Italics are also used for unfamiliar foreign words. Words that were originally borrowed from another language but have been permanently added to the English lexicon (i.e., if they're in an English dictionary) should not be italicized.

    samizdat ‘underground'
    asperge ‘asparagus'
    pero
    glasnost
    hors d'oeuvres (no ligature between o y mi)

    Use specific, concrete language rather than italics, capitals, or quotation marks for emphasis.

    This committee consists of two, not three, people.
    no
    This committee is composed of dos (2) people.

    Paréntesis

    Use parentheses for enumeration within the text as follows:

    (1) carbohydrates, (2) fat, (3) protein, (4) vitamins

    For enumeration with periods, see also Numbers.

    Parentheses sometimes enclose brief explanatory abbreviations.

    McKenzie Hall (formerly the Law Center) houses offices for the College of Arts and Sciences.
    The writing requirement for a bachelor's degree is College Composition I (WR 121) and either College Composition II or III (WR 122 or 123).

    Punctuation in Lists

    When the items in a list are sentence fragments, no ending punctuation is necessary. When the items form complete sentences, a punctuation mark, usually a period or semicolon, may be used at their terminus.

    fecha de recepción
    o
    Placement is dependent on the date the application is received.

    The style chosen for the list should be consistent. Do not mix and match sentence fragments and complete sentences within a list.

    Quotation Marks

    Use double quotation marks before and after direct quotations as well as titles of interviews, personal correspondence, short poems and plays, short musical compositions, speeches, individual television or radio programs, and other unpublished writing.

    The poem is titled "If."
    "Freedom of the Free Press" was the title of her lecture.

    Use single quotation marks for quotations within quotations.

    I said, "You must know who shouted, ‘Eureka! I've found it!'"

    Put a period or comma inside the ending quotation mark.

    Professor Ogard's newly published article is "China in Transition."
    Caldwell's lecture, "Death and Life in American Law," is at 7:30 p.m. in 129 McKenzie Hall.

    Put an exclamation point, question mark, or semicolon inside the ending quotation mark only if it's part of the quotation.

    "Who's on First?" is one of Abbott and Costello's classic comedy routines.

    Put an exclamation point, question mark, or semicolon outside the ending quotation mark if it isn't part of the quotation.

    Are you going to read "China in Transition"?

    Don't use quotation marks after the word so-called. It's redundant.

    The so-called transient (not "transient") was a college student.

    Use quotation marks around unusual, technical, ironic, or slang words or phrases not accompanied by a word calling attention to them. Use this device sparingly, and on first use only.

    The "transient" was a college student.
    Thousands of dollars were raised in support of the Interior Architecture Program's "daylighting" research.

    Solidus (Slash)

    The solidus (also known as the barra oblicua o virgule) is overused and frequently ambiguous. Too often, the relationship between the items joined by a solidus is unclear. Does it mean and, either . o, or does it simply link two closely related words?

    As defined by The American Heritage Dictionary of the English Language, the solidus is used to separate alternatives, such as y / o. It is appropriate, then, to use the solidus in pass/no pass o en P/N. In most other cases, try to use words instead of the solidus.

    faculty or staff member (not faculty/staff)

    Use a hyphen instead of a solidus to link two words.

    middle-secondary education (not middle/secondary)

    If space limitations make it necessary to use a solidus, explain clearly what it means.

    Courses numbered 4XX/5XX are for seniors and graduate students, respectively. Although undergraduates and graduates share the same classroom, graduate students are required to do more work, are evaluated according to a tougher grading standard, or both.

    Use the solidus with a space on either side to separate two lines of poetry quoted in the text.

    In "Song of the Open Road," Ogden Nash wrote, "I think that I shall never see / A billboard lovely as a tree."


    Molecular Analysis of the Growth Hormone Secretagogue Receptor

    Andrew D. Howard , . Scott D. Feighner , in Growth Hormone Secretagogues , 1999

    Database Mining

    Genbank databases were monitored daily using the Tblastn program ( 27 ) with amino acid sequence from the human GHS-R TM domains 6-7 (residues 265-366). Two significant “hits” were detected. A mouse EST derived from a T-cell library was identified with a significant homology score (63% DNA, 36% amino acid sequence identity) to the 3’ end of the gene for the human GHS-R. Full length cDNA were then obtained for both the mouse and human forms ( 28 ). The human and murine FM-3 exhibit strong protein sequence identity (73%). In addition, a cosmid clone (K10B4) from the worm C. elegans contains an open reading frame encoding a full-length GPC-R with strongest protein sequence identity to the human GHS-R (

    29%). The open reading frame is contained on five exons.


    Introduction to Phylogeny:How to Interpret Cladograms

    W elcome to the online Cladogram Exercise 1 Web site. This online assignment will help you get more comfortable with cladograms. They are not as confusing as you probably thought they were. After completing the following steps, you will be on your way. Your feedback is valuable and encouraged.

    C ladogram Terminology: Start with some basic definitions of terms such as nodo y rama.

    S ister Taxa: Learn what a sister taxon is and why recognizing them will help you with all of the following steps.

    C ladogram Styles: Examples of the same cladogram drawn in different styles and orientation.

    R otate at a Node: Are the two cladograms identical, merely rotated at nodes, or are they different topologies?

    P olytomies: Are they "hard" or "soft" and how do they relate to strict consensus estimates?

    ASSIGNMENT PRINTING INSTRUCTIONS (OPTIONAL)

    1. If you want to conserve paper you can first reduce the scale after selecting Page Setup desde el Expediente menú.
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    4. Printing this assignment will not automatically print other Web pages of on-line interactive help for provided sample questions. If you have limited time, first complete the sample questions and you can separately print the (correct) answer pages if you want.
    5. E-mail to Prof. Eernisse at deernisse at fullerton dot edu if you find problems with these instructions or the links (remember to include your name and email address).

    BASIC CLADOGRAM TERMINOLOGY:
    Use the following labeled Cladogram Example to illustrate the following cladogram terminology, and then use both to answer the questions below.

    A nodo corresponds to a hypothetical ancestor. A terminal node is the hypothetical last common ancestral interbreeding population of the taxon labeled at a tip of the cladogram. Un internal node is the hypothetical last common ancestral population that speciated (i.e., split) to give rise to two or more daughter taxa, which are thus sister taxon to each other.

    Each internal node is also at the base of a clado, which includes the common ancestral population (node) plus all its descendents. For example, the clade that includes both Taxon 2 y Taxon 3 is hypothesized, in this cladogram, to include their shared ancestor (actually, an interbreeding population of organisms) at internal node C and everything it gave rise to (in this case, Taxon 2 y Taxon 3). Likewise, the clade that includes all four terminal nodes and their most recently shared common ancestor originates at node A and includes all its descendents (i.e., everything to the right of node A).

    Node A is termed the raíz of the cladogram because it is at the base of the cladogram. As in this case, the root is normally drawn with a dangling branch extending earlier (to the left in this case) of the root to indicate that this clade also is part of other more inclusive clades of living organisms, originating from even earlier ancestral populations. Eventually, this dangling connection would lead clear back to the ancestor of all of life. You can think about this cladogram as the hypothesis of what branching events happened since the moment in time when the ancestral population at node A first speciated, that is, split from one into two (in this case) species. Later in time, there were further splits, resulting in new clades that are hierarchically nested within the original clade. In particular, the clade arising from the ancestral population at node B originated later than the one arising from the original ancestral population at node A. The clade arising from the ancestral population at node B es hierarchically nested within the clade arising from node A. To use an example, mammals are nested hierarchically within the clade of all vertebrate animals. The common ancestor of all vertebrates lived before the common ancestor for all mammals. There are vertebrates that are not mammals, but all mammals are vertebrates. Mammals are a particular subgroup or part of the whole vertebrate clade.

    There are four terminal nodes in this example. These include members of the ingroup: Taxon 1, Taxon 2, y Taxon 3y un solo outgroup taxon. The clade arising from node B includes all three ingroup taxa. The purpose of a cladogram is to express a particular hypothesis for the relative branching order of the ingroup taxa. This cladogram example suggests that Taxon 2 y Taxon 3 more recently shared a common ancestor than either does with Taxon 1. While this hypothesis implies that the ancestral population at node B lived before the ancestral population at node C, it does not stipulate how much earlier it lived. In other words, the cladogram is only a hypothesis of the relative order of branching it does not indicate how much absolute time past between branching events.

    You should be able to find a clade originating from each internal node in this particular cladogram example. A helpful way to think about which groupings of terminal nodes are clades, in a particular cladogram, is the snip rule. Whenever you "snip" a branch directly beneath an internal node, a clade falls off. The three such clades here are:
    Taxon 2 + Taxon 3
    Taxon 1 + (Taxon 2 + Taxon 3)
    and Outgroup + (Taxon 1 + (Taxon 2 + Taxon 3)).
    In contrast, a grouping of Taxon 1 y Taxon 2 without Taxon 3 es no a clade, according to this cladogram hypothesis, because there is no way to snip off the first two without Taxon 3 also falling off.

    The use of parentheses above helped to more concisely indicate sister taxon associations within a clade. This reflects an accepted standard to specify a cladogram hypothesis with nested parentheses. Using this convention, the example cladogram can be unambiguously stated as:
    (outgroup (Taxon 1 (Taxon 2, Taxon 3)))
    Can you draw the following alternative cladogram hypotheses?:
    (outgroup (Taxon 3 (Taxon 1, Taxon 2)))
    (outgroup (Taxon 2 (Taxon 1, Taxon 3)))

    This website development began on August 27, 2000 and was last modified on February 24, 2004.


    Ver el vídeo: Bioinformatics practical 4 multiple sequence alignment using ClustalW (Noviembre 2022).