Información

¿Cepa L de SARS-CoV-2?

¿Cepa L de SARS-CoV-2?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Al comienzo de la epidemia, los investigadores chinos (Jian Lu, et al.) Informaron en la National Science Review a principios de este mes que había una cepa L más agresiva y más virulenta en comparación con la cepa S más antigua del virus. De los 103 genomas virales que analizaron, el 70% eran de la variante de tipo L utilizando un análisis filodinámico de muestras tomadas durante la fase más temprana del brote que comenzó en Wuhan a fines del año pasado. Pero las muestras posteriores que se tomaron más tarde en el curso de la epidemia fueron en su mayoría de la cepa S. La revisión por pares realizada por investigadores de otras instituciones ha cuestionado recientemente este estudio.

¿Alguien sabe dónde se encuentra esto actualmente? ¿Se ha confirmado una cepa L agresiva? ¿Las pruebas actuales de rRT-PCR hacen alguna distinción entre las cepas L y S?


Las seis cepas de SARS-CoV-2

Distribución mundial de las seis cepas de SARS-CoV-2. Crédito: Fronteras en microbiología

El virus causante de la pandemia COVID-19, SARS-CoV-2, presenta al menos seis cepas. A pesar de sus mutaciones, el virus muestra poca variabilidad y esta es una buena noticia para los investigadores que trabajan en una vacuna viable.

Estos son los resultados del estudio más extenso jamás realizado sobre la secuenciación del SARS-CoV-2. Los investigadores de la Universidad de Bolonia se basaron en el análisis de 48.635 genomas de coronavirus, que fueron aislados por investigadores en laboratorios de todo el mundo. Este estudio fue publicado en la revista Fronteras en microbiología. Luego, los investigadores pudieron trazar un mapa de la propagación y las mutaciones del virus durante su viaje a todos los continentes.

Los primeros resultados son alentadores. El coronavirus presenta poca variabilidad, aproximadamente siete mutaciones por muestra. La influenza común tiene una tasa de variabilidad que es más del doble.

"El coronavirus SARS-CoV-2 presumiblemente ya está optimizado para afectar a los seres humanos, y esto explica su bajo cambio evolutivo", explica Federico Giorgi, investigador de Unibo y coordinador del estudio. "Esto significa que los tratamientos que estamos desarrollando, incluida una vacuna, podrían ser eficaces contra todas las cepas del virus".

Actualmente, existen seis cepas de coronavirus. La original es la cepa L, que apareció en Wuhan en diciembre de 2019. Su primera mutación, la cepa S, apareció a principios de 2020, mientras que, desde mediados de enero de 2020, hemos tenido cepas V y G. Hasta la fecha, la cepa G es el más extendido: mutó en las cepas GR y GH a finales de febrero de 2020.

"La cepa G y sus cepas relacionadas GR y GH son, con mucho, las más extendidas y representan el 74% de todas las secuencias de genes que analizamos", dice Giorgi. “Presentan cuatro mutaciones, dos de las cuales son capaces de cambiar la secuencia de la ARN polimerasa y las proteínas Spike del virus. Esta característica probablemente facilita la propagación del virus”.

Si miramos el mapa de coronavirus, podemos ver que las cepas G y GR son las más frecuentes en Europa e Italia. Según los datos disponibles, la cepa de GH parece casi inexistente en Italia, mientras que ocurre con mayor frecuencia en Francia y Alemania. Esto parece confirmar la eficacia de los métodos de contención de los últimos meses.

En América del Norte, la cepa más extendida es la GH, mientras que en América del Sur encontramos la cepa GR con mayor frecuencia. En Asia, donde apareció inicialmente la cepa L de Wuhan, la propagación de las cepas G, GH y GR está aumentando. Estas cepas aterrizaron en Asia solo a principios de marzo, más de un mes después de su propagación en Europa.

A nivel mundial, las cepas G, GH y GR aumentan constantemente. La cepa S se puede encontrar en algunas áreas restringidas de EE. UU. Y España. Las cepas L y V están desapareciendo gradualmente.

Además de estas seis cepas principales de coronavirus, los investigadores identificaron algunas mutaciones poco frecuentes que, por el momento, no son preocupantes pero que, sin embargo, deben ser monitoreadas.

"Las mutaciones genómicas raras son menos del 1% de todos los genomas secuenciados", confirma Giorgi. "Sin embargo, es fundamental que los estudiemos y analicemos para poder identificar su función y monitorear su propagación. Todos los países deben contribuir a la causa dando acceso a los datos sobre las secuencias del genoma del virus".

Este estudio fue publicado en la revista Fronteras en microbiología, titulado "Distribución geográfica y genómica de mutaciones del SARS-CoV-2".


La cepa original del SARS Cov-2 desaparece lentamente

Hyderabad: La primera cepa del virus Cov-2 del SARS y mdash, la llamada cepa L y mdash, que inicialmente causó el Covid-19, está desapareciendo lentamente según 48.653 genomas que fueron estudiados por investigadores y publicados en la revista. Fronteras de la microbiología.

La cepa L, que estaba muy extendida en Wuhan, ha mutado durante su viaje a diferentes continentes y se han producido cinco cepas diferentes.

La cepa L de Wuhan surgió en diciembre de 2019 y la primera mutación fue la cepa S que apareció a principios de 2020. Después de eso, hubo cepas G y V que se produjeron a mediados de enero de 2020 a medida que se diseminaban a diferentes partes.

La cepa G está más extendida hasta la fecha y ha mutado a cepas GR y GH en febrero de 2020. En India, antes había cepa L y luego las cepas G y GH han sido dominantes. Según el Centro de Biología Celular y Molecular (CCMB), también ha habido Clade A 3i, que se ha descubierto que es muy virulento en la India. Estos se encontraron en Maharashtra, Tamil Nadu y Delhi y también en partes de Telangana.

Hay diferentes muestras que se están recolectando de los estados y se están realizando los estudios genómicos.

El estudio genómico del virus es importante para el desarrollo de fármacos para la enfermedad y también para comprobar el uso de moléculas antiguas en el virus. Actualmente, CCMB tiene más de 20 moléculas diferentes para probar si funcionará con el virus. Los científicos están analizando las diferentes cepas y el impacto de los medicamentos en ellas para comprender cómo se puede mejorar aún más el tratamiento.

Mientras tanto, la mayor preocupación era si, al igual que el virus de la influenza, el coronavirus será variable, pero se ha descubierto que, a pesar de las mutaciones, la variabilidad será limitada. Esto significa que a pesar de las diferentes cepas debidas a mutaciones, la estructura del virus se ha mantenido igual.

Un científico de CCMB explicó: “Menos variabilidad significa que incluso si hay una mutación, la vacuna funcionará para todas las cepas de coronavirus. Ésta es una noticia positiva. La cepa L que desaparece también muestra que, debido a mutaciones constantes, hay posibilidades de que otras cepas desaparezcan lentamente y que haya otras nuevas o puede que no. O también podría significar que se está desarrollando inmunidad para algunas cepas. & Rdquo

Haga clic en Deccan Chronicle Technology and Science para conocer las últimas noticias y reseñas. Síganos en Facebook, Twitter.


Características estructurales del SARS-CoV-2

El SARS-CoV-2 es un nuevo miembro de la familia Coronaviridae, pedido Nidovirales, y comprenden dos subfamilias, Coronavirinae y Torovirinae [Referencia Fehr 11] es el séptimo coronavirus que se sabe que infecta a los seres humanos [Referencia Andersen 12]. El SARS-CoV-2 tiene un tamaño relativamente grande (0,12 μm) y se caracteriza por la presencia de picos altamente glicosilados en la membrana de la proteína en una disposición en forma de corona, de ahí el nombre Corona (Fig. 1). Tiene un genoma de ARN monocatenario de sentido positivo de 29 891 nucleótidos. La proteína de pico glicosilada se une a la proteína de la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE-2) del hospedador, que sirve como receptor funcional para la entrada en las células respiratorias del hospedador. Este receptor también se une al SARS-CoV anterior, pero con una afinidad de 10 a 20 veces menor que la de la proteína de pico del SARS-CoV-2 [Referencia Daniel 13, Referencia Lu 14].

Fig. 1. Unión de SARS-CoV-2 al receptor ACE-2.


El análisis del genoma del SARS-CoV-2 de las cepas en Pakistán revela cepas de los clados GH, S y L al comienzo de la pandemia

Objetivos Pakistán tiene una alta carga de enfermedades infecciosas con alrededor de 265,000 casos reportados de COVID-19. Investigamos la diversidad genómica de las cepas del SARS-CoV-2 y presentamos los primeros datos sobre virus que circulan en el país.

Métodos Realizamos la secuenciación del genoma completo y el análisis de datos de once cepas de SARS-CoV-2 aisladas en marzo y mayo.

Resultados Las cepas de viajeros se agruparon con las de China, Arabia Saudita, India, Estados Unidos y Australia. Cinco de las ocho cepas de SARS-CoV-2 eran del clado GH con mutaciones de la glicoproteína Spike D614G, el gen Q57H de Ns3 y la ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp) P4715L. Dos eran S (ORF8 L84S y N S202N) y tres eran del clado L y uno era una cepa del clado I. Una cepa GH y una L mostraron cada una Orf1ab L3606F, lo que indica más transiciones evolutivas.

Conclusiones Estos datos revelan que las cepas L, G, S y I del SARS-CoV-2 han estado circulando en Pakistán desde marzo, al comienzo de la pandemia. Indica diversidad viral con respecto a la infección en esta populosa región. La vigilancia genómica molecular continua del SARS-CoV-2 en el contexto de la gravedad de la enfermedad será importante para comprender los patrones de transmisión del virus y los determinantes de COVID-19 relacionados con el hospedador en Pakistán.


Descripción de las tablas

Categoría: variante preocupante (VOC), variante de interés (VOI) o variante bajo supervisión (consulte la definición sobre cada tabla).

Etiqueta de la OMS: A partir del 31 de mayo de 2021, la OMS propuso etiquetas para las variantes de interés y variantes de interés del SARS-CoV-2 globales que se utilizarán junto con la nomenclatura científica en las comunicaciones sobre variantes al público. Esta lista incluye variantes en la lista global de COV y VOI de la OMS, y se actualiza a medida que cambia la lista de la OMS.

Linaje y mutaciones adicionales: la designación de variante especificada por uno o más linajes Pango y cualquier cambio característico adicional de proteína de pico. Se puede utilizar una descripción alternativa si la variante no es fácil de describir utilizando esta nomenclatura. Para obtener información actualizada sobre los linajes Pango y la definición de linajes y para obtener instrucciones sobre cómo sugerir nuevos linajes, visite el sitio web de los linajes Pango.

País detectado por primera vez: solo está presente si hay una confianza moderada en la evidencia relacionada con el primer país de detección.

Spike mutaciones de interés: no se incluyen todos los cambios de aminoácidos de las proteínas de pico; esta no es una referencia completa para la asignación de las variantes. Incluye cambios en los residuos de proteína de pico 319-541 (dominio de unión al receptor) y 613-705 (la parte S1 de la unión S1 / S2 y un pequeño tramo en el lado S2), y cualquier cambio inusual adicional específico de la variante.

Año y mes detectados por primera vez: como se informa en la base de datos GISAID EpiCoV. Esto se puede ajustar hacia atrás en el tiempo si se realizan nuevas detecciones retrospectivas.

Evidencia sobre propiedades en tres categorías diferentes:

La evidencia se anota para indicar si se deriva de la propia variante (v) o de mutaciones asociadas con la variante (m). Para la categoría de inmunidad, la evidencia también se anota para indicar si se mide utilizando anticuerpos neutralizantes (neutralización) o en términos de eficacia o eficiencia de la vacuna (escape). La evidencia que se considera de "baja confianza" se anota para indicar que no es clara. Un campo vacío significa que aún no hemos encontrado ni evaluado ninguna evidencia científica para la categoría, mientras que "no" indica evidencia de que no hay cambios asociados con la propiedad. El virus de comparación asumido ("tipo salvaje" "es B.1 (con D614G y sin otros cambios de proteína de pico).

Transmisión en la UE / EEE: categorizado como dominante, comunitario, brote (s) y esporádico / viajes. Las categorías son cualitativas y la evaluación se basa en datos de vigilancia recopilados en TESSy, datos GISAID EpiCoV, datos de inteligencia epidémica y comunicaciones directas con los países afectados.


& # 8216 Sin evidencia & # 8217 de coronavirus mutando en cepas más peligrosas

Los científicos de la Universidad de Glasgow analizaron muestras de SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19.

Publicado: 06 de mayo de 2020 a las 11:15

El virus que causa COVID-19 no ha mutado en diferentes tipos, según un nuevo análisis.

Investigaciones recientes habían sugerido que ahora circula más de un tipo de SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19, y una cepa es más agresiva y causa una enfermedad más grave que la otra.

Sin embargo, utilizando el análisis de muestras del virus SARS-CoV-2, los científicos del Centro de Investigación de Virus del Consejo de Investigación Médica de la Universidad de Glasgow (CVR) han encontrado solo un tipo de virus.

Los virus, incluido el que causa el COVID-19, acumulan naturalmente mutaciones, o cambios, en su secuencia genética a medida que se propagan a través de las poblaciones.

Los científicos dijeron que la mayoría de estos cambios no tendrán ningún efecto sobre la biología del coronavirus o la agresividad de la enfermedad que causan.

Lea las últimas noticias sobre el coronavirus:

El Dr. Oscar MacLean, del CVR, dijo: “Al analizar la amplia variación de la secuencia genética presente en los genomas del virus SARS-CoV-2, el análisis evolutivo muestra por qué estas afirmaciones de que actualmente circulan múltiples tipos de virus son infundadas.

“Es importante que las personas no se preocupen por las mutaciones del virus, que son normales y esperadas cuando un virus pasa a través de una población.

"Sin embargo, estas mutaciones pueden ser útiles ya que nos permiten rastrear el historial de transmisión y comprender el patrón histórico de propagación global".

A principios de este año se informó que los científicos habían encontrado dos o tres cepas de SARS-CoV-2 circulando en la población, evidenciado por ciertas mutaciones que habían sido detectadas.

Sin embargo, un análisis exhaustivo realizado por el equipo encontró que es poco probable que estas mutaciones detectadas tengan algún significado funcional y, lo que es más importante, no representan diferentes tipos de virus.

. No hay evidencia de que el # SARSCoV2, el virus que causa el # COVID19, haya mutado en diferentes tipos. Una nueva investigación en @Virus_Evolution por @CVRinfo encuentra que todavía hay un solo tipo de virus en circulación.

Más➡️https: //t.co/7trI2FF5CB
Estudio➡️https: //t.co/CYRXWW9Suy pic.twitter.com/drnz34LmQe

- Universidad de Glasgow (@UofGlasgow) 6 de mayo de 2020

El recurso CoV-GLUE del centro rastrea los reemplazos, inserciones y eliminaciones de aminoácidos del SARS-CoV-2, que se han observado en muestras de la pandemia.

Hasta la fecha, la base de datos ha catalogado 7.237 mutaciones en la pandemia.

Los científicos dijeron que si bien esto puede parecer un gran cambio, es una tasa de evolución relativamente baja para un virus que tiene ácido ribonucleico (ARN) como material genético.

Esperan que se sigan acumulando más mutaciones a medida que continúa la pandemia.

Se esperaría que la mayoría de las mutaciones observadas no tuvieran, o fueran mínimas, consecuencias para la biología del virus; sin embargo, el seguimiento de estos cambios puede ayudar a los científicos a comprender mejor la pandemia y cómo se está propagando el COVID-19 en la comunidad.

El estudio se publica en Evolución del virus y el trabajo fue financiado por el Medical Research Council.

Preguntas y respuestas del lector: ¿Por qué los virus como la gripe no mueren cuando nadie está enfermo?

Preguntado por: Andrew Cirel, vía email

Estrictamente hablando, los virus no pueden "morir", ya que son solo tiras inanimadas de material genético más otras moléculas. Pero la razón por la que siguen regresando es porque siempre están infectando a alguien en algún lugar, es solo que en ciertas épocas del año, son menos capaces de infectar a suficientes personas como para desencadenar una epidemia en toda regla.

Muchos virus brotan durante el invierno porque las personas pasan más tiempo en interiores en espacios mal ventilados, respirando aire cargado de virus y tocando superficies contaminadas. Los días más cortos también conducen a niveles más bajos de vitamina D, y esto debilita nuestro sistema inmunológico que lucha contra las enfermedades. Los experimentos también sugieren que el virus de la gripe, en particular, permanece infeccioso durante más tiempo a bajas temperaturas.

Pero incluso cuando las condiciones no son ideales, los virus encontrarán suficientes personas para infectar para asegurar su supervivencia, hasta que puedan regresar rugiendo en una epidemia.


B.1.1.7 linaje (20I / 501Y.V1)

La variante B.1.1.7 lleva una mutación en la proteína S (N501Y) que afecta la conformación del dominio de unión al receptor. Esta variante tiene otras 13 mutaciones que definen el linaje B.1.1.7 (Tabla), varias de las cuales están en la proteína S, incluida una deleción en las posiciones 69 y 70 (del69 y ndash70) que evolucionó espontáneamente en otras variantes del SARS-CoV-2 y se hipotetiza que aumenta la transmisibilidad (2,7). La deleción en las posiciones 69 y 70 provoca el fallo de la diana del gen S (SGTF) en al menos un ensayo de diagnóstico basado en RT-PCR y ndash (es decir, con el ensayo ThermoFisher TaqPath COVID-19, la variante B.1.1.7 y otras variantes con del69 y ndash70 producir un resultado negativo para el objetivo del gen S y un resultado positivo para los otros dos objetivos) SGTF ha servido como proxy en el Reino Unido para identificar casos B.1.1.7 (1).

Varias líneas de evidencia indican que B.1.1.7 se transmite de manera más eficiente en comparación con otras variantes del SARS-CoV-2 que circulan en el Reino Unido. Las regiones del Reino Unido con una mayor proporción de secuencias B.1.1.7 tuvieron un crecimiento epidémico más rápido que en otras áreas, los diagnósticos con SGTF aumentaron más rápido que los diagnósticos sin SGTF en las mismas áreas, y una mayor proporción de contactos fueron infectados por pacientes índice con B.1.1.7 infecciones que por pacientes índice infectados con otras variantes (1,3).

La variante B.1.1.7 tiene el potencial de aumentar la trayectoria de la pandemia de EE. UU. En los próximos meses. Para ilustrar este efecto, se desarrolló un modelo compartimental simple de dos variantes. Se desconoce la prevalencia actual de B.1.1.7 en EE. UU. Entre todos los virus circulantes, pero se cree que es & lt0,5% según el número limitado de casos detectados y los datos del SGTF (8). Para el modelo, las suposiciones iniciales incluyeron una prevalencia B.1.1.7 del 0.5% entre todas las infecciones, inmunidad al SARS-CoV-2 de una infección previa del 10% y ndash30%, un número reproductivo variable en el tiempo (Rt) de 1.1 (transmisión mitigada pero en aumento) o 0.9 (transmisión en disminución) para las variantes actuales, y una incidencia reportada de 60 casos por 100,000 personas por día el 1 de enero de 2021. Estas suposiciones no representan con precisión ninguna ubicación en los EE. UU., sino que , indican una generalización de las condiciones comunes en todo el país. El cambio en Rt a lo largo del tiempo como resultado de la inmunidad adquirida y el aumento de la prevalencia de B.1.1.7, se modeló, con el B.1.1.7 Rt se supone que es una constante 1,5 veces la Rt de las variantes actuales, basadas en estimaciones iniciales del Reino Unido (1,3).

A continuación, se modeló el impacto potencial de la vacunación asumiendo que se administraron 1 millón de dosis de vacuna por día a partir del 1 de enero de 2021 y que se logró una inmunidad del 95% 14 días después de recibir 2 dosis. Específicamente, se asumió la inmunidad contra la infección con las variantes actuales o con la variante B.1.1.7, aunque la efectividad y la duración de la protección contra la infección siguen siendo inciertas, porque estos no fueron el criterio principal de valoración de los ensayos clínicos para las vacunas iniciales.

En este modelo, la prevalencia de B.1.1.7 es inicialmente baja, pero debido a que es más transmisible que las variantes actuales, exhibe un rápido crecimiento a principios de 2021, convirtiéndose en la variante predominante en marzo (Figura 1). Si la transmisión de variantes actuales está aumentando (R inicialt = 1,1) o disminuyendo lentamente (R inicialt = 0,9) en enero, B.1.1.7 impulsa un cambio sustancial en la trayectoria de transmisión y una nueva fase de crecimiento exponencial. Con la vacunación que protege contra la infección, las trayectorias epidémicas tempranas no cambian y aún se produce la propagación B.1.1.7 (Figura 2). Sin embargo, después de que B.1.1.7 se convierte en la variante dominante, su transmisión se redujo sustancialmente. El efecto de la vacunación en la reducción de la transmisión a corto plazo fue mayor en el escenario en el que la transmisión ya estaba disminuyendo (R inicialt = 0,9) (Figura 2). Los primeros esfuerzos que pueden limitar la propagación de la variante B.1.1.7, como el cumplimiento universal y mayor de las estrategias de mitigación de salud pública, permitirán más tiempo para la vacunación continua para lograr una mayor inmunidad a nivel de la población.


La baja diversidad genética puede ser un talón de Aquiles del SARS-CoV-2

Científicos de todo el mundo se apresuran a desarrollar vacunas eficaces contra el coronavirus 2 (SARS-CoV-2), el síndrome respiratorio agudo severo, el agente causante de la pandemia de COVID-19. Un aspecto importante y quizás subestimado de este esfuerzo es asegurar que las vacunas que se están desarrollando confieran inmunidad a todos los linajes virales en la población mundial. Con este fin, un estudio fundamental publicado en PNAS (1) analiza 27.977 secuencias de SARS-CoV-2 de 84 países obtenidas a lo largo del curso de la pandemia para rastrear y caracterizar la evolución del nuevo coronavirus desde su origen. La principal conclusión a la que llegaron los autores de este trabajo es que la diversidad genética del SARS-CoV-2 es notablemente baja, casi en su totalidad producto de la deriva genética, y no se debe esperar que impida el desarrollo de una vacuna de protección amplia.

Aunque los errores introducidos durante la replicación del genoma son una fuente importante de variación genética en todas las poblaciones de virus, limitar los costos de aptitud de los errores acumulados es especialmente crítico para los coronavirus, cuyos genomas de ARN son los más grandes conocidos. Por esta razón, los coronavirus desarrollaron la proteína no estructural 14 (nsp14), que acompaña a las réplicas virales durante la síntesis de ARN y elimina los ribonucleótidos mal incorporados de las hebras nacientes antes de que puedan extenderse, evitando así que los errores se vuelvan permanentes. Esta capacidad de corrección de errores era desconocida entre los virus de ARN antes de su descubrimiento en el SARS-CoV-1 (2, 3), y contribuye a una tasa de error de replicación más de 10 veces menor que la de otros virus de ARN (4, 5). ). Es probable que esta actividad también contribuya a la baja diversidad genética del SARS-CoV-2, aunque hasta donde sabemos la función nsp14 en el nuevo coronavirus aún no se ha investigado.

Para muchos virus, las glicoproteínas de superficie contienen no solo elementos necesarios para la unión específica de receptores celulares, fusión de membranas y entrada del virus en la célula huésped, sino también epítopos reconocidos por anticuerpos neutralizantes producidos como parte de una respuesta inmune adaptativa eficaz. Por lo tanto, rastrear la variación genética en la glicoproteína de superficie del SARS-CoV-2 es de suma importancia para determinar la probabilidad de efectividad de la vacuna o escape inmunológico. Para poner esta variación en perspectiva, la figura 1 muestra una ilustración gráfica de la diversidad genética comparativa entre las glicoproteínas de superficie de virus patógenos humanos seleccionados, incluido el SARS-CoV-2, correlacionada con la disponibilidad y eficacia de las respectivas vacunas preventivas.

Diversidad genética comparativa entre coronavirus y patógenos virales seleccionados. Como lo indica la barra de escala, el radio de la esfera refleja las distancias promedio por pares (APD) de las secuencias de genes de glicoproteínas de superficie viral entre diferentes virus. Las diversidades entre los coronavirus (para los que no se han desarrollado vacunas hasta la fecha) se indican en rojo, y las de otros virus para los que hay vacunas eficaces disponibles o no disponibles se muestran en azul y verde, respectivamente. Desde 2005, la efectividad promedio de las vacunas combinadas contra la influenza estacional (influenza A: H1N1, H2N3, influenza B) ha sido del 40%. En consecuencia, la diversidad genética de la influenza A se representa con un sombreado azul verdoso para reflejar un nivel intermedio de efectividad de la vacuna. Las secuencias se obtuvieron de bases de datos públicas y las secuencias idénticas se incluyeron solo una vez. Se utilizó el software MEGA7 para calcular APD entre los segmentos génicos que codifican proteínas involucradas en la unión / entrada: coronavirus humanos Spike o Spike-like (SARS-CoV-2, 229E, NL63, OC43 y HKU1), glicoproteína de pico (Ébola), HN ( paperas), S (VHB), H (sarampión), Env (VIH-1), HA (influenza A) y E1 (VHC). Más específicamente, los subtipos A – D, F – H, J – K, CRF01_AE y CRF02_AG del VIH-1 Grupo M Serotipos A – H del VHB Genotipos del VHC 1a – c, 2a – b, 4a, 5a, 6a, 6k y 6m del VIH y se incluyeron influenza A H1N1 pdm09, H1N1 estacional, H3N2 y H5N1. El consenso de la regla de la mayoría de secuencias únicas para el VIH-1 (Grupo M, N, O y P), el VHB, el VHC y la influenza A se realizó en Seaview v4.7. Número total de secuencias analizadas: SARS-CoV-2 (21,554), 229E (25), NL63 (52), OC43 (79), HKU1 (38), Ébola (578), paperas (341), VHB (10,271), sarampión (38), VIH-1 (5.603), influenza A (133) y VHC (439).

Aunque la diversidad genética es solo uno de los muchos determinantes de la eficacia de la vacuna, existe una clara correlación inversa entre estas dos métricas entre los patógenos virales examinados en nuestro análisis. Presumiblemente debido a sus orígenes relativamente recientes, la diversidad genética en la glicoproteína de superficie del SARS-CoV-2, pico, codificada por el gen S, es extremadamente baja, incluso en comparación con otros coronavirus humanos. Hacia el extremo opuesto, la diversidad entre las glicoproteínas de superficie de la influenza A es 437 veces mayor que la medida en el SARS-CoV-2. La edad relativa de la influenza A (que se remonta al menos al siglo XVI) es sin duda un factor importante en esta disparidad, al igual que el reordenamiento de los segmentos del genoma que codifican los antígenos de superficie de la influenza A, hemaglutinina (HA) y neuraminidasa (NA) (6). De hecho, la aparición repentina de variantes del virus de la influenza A que contienen combinaciones HA-NA no encontradas previamente por poblaciones humanas contemporáneas causó las pandemias de 1918 (H1N1), 1957 (H2N2), 1968 (H3N2) y 2009 (H1N1pdm09). Aunque los genomas de coronavirus no están segmentados como los de los virus de la influenza, son capaces de altas tasas de recombinación. Por lo tanto, la futura aparición de nuevos derivados virulentos de SARS-CoV-2 en paralelo a los observados con la influenza A es una posibilidad que requerirá un monitoreo global de reservorios tanto animales como humanos.

Como las diferencias biológicas y epidemiológicas entre estos patógenos virales humanos son considerables, también lo es el grado de divergencia de secuencia en los genes que codifican sus respectivas glicoproteínas de la envoltura. El VIH-1, por ejemplo, ha alimentado la pandemia del SIDA durante más de 40 años, tiempo durante el cual la diversidad genética se adquirió mediante la recombinación y la propagación de errores de replicación (7). De manera similar, la prevalencia sostenida generalizada contribuyó a la diversidad genética en el virus de la hepatitis B (VHB) (8) y el virus de la hepatitis C (VHC) (9), ambos agentes causantes de las pandemias de hepatitis crónica en curso. Dado que estos virus causan infecciones crónicas, su evolución también está determinada por la presión inmunitaria en un grado que no es posible con el SARS-CoV-2, dado el curso corto típico de COVID-19. Sin embargo, con respecto a nuestro análisis, quizás sea más importante reconocer que las diversidades genéticas de los coronavirus humanos (es decir, 229E, NL63, OC43, HKU1 y ahora SARS-CoV-2), algunos de los cuales pueden haber estado circulando en la población durante siglos, son menores o comparables a los medidos para los virus de las paperas, el sarampión, la hepatitis B y el Ébola, contra los cuales se han desarrollado vacunas que tienen al menos un 88% de efectividad (https://www.cdc.gov/vaccines /).

Las conclusiones mesuradas y bien fundamentadas de Dearlove et al. (1) contrasta marcadamente con un estudio temprano de la evolución del SARS-CoV-2 que dio la alarma por la aparición y propagación de una "cepa" más "agresiva" que la original (10). Se argumentó que la población de nuevos coronavirus se dividió en "cepas" S y L distinguibles por dos mutaciones en las posiciones del genoma 8.782 (ORF1ab) y 28.144 (ORF8). En un apéndice, los autores reconocieron que no proporcionaron evidencia que apoye ninguna conclusión epidemiológica con respecto a la virulencia o patogenicidad del SARS-CoV-2, y que su descripción del "tipo L" como más "agresivo" era inapropiada. Esa palabra se omitió en la siguiente versión impresa del artículo, y cada instancia se reemplazó por una variación de "observado con más frecuencia". Desafortunadamente, los informes en línea derivados de este artículo no fueron tan autocorregibles o restringidos, utilizando frases o títulos como “Al menos ocho cepas del coronavirus se están abriendo camino alrededor del mundo, creando un rastro de muerte y enfermedad que los científicos están rastreando. por sus huellas genéticas ”(11),“ el coronavirus está mutando continuamente para superar la resistencia del sistema inmunológico de diferentes poblaciones ”(12), y“ Coronavirus: ¿hay dos cepas y una más mortal? ” (13) para describir e interpretar los hallazgos científicos presentados en el artículo mencionado. Es difícil argumentar que estos informes describieron con precisión los medios, el grado y las consecuencias de la acumulación de bajo nivel de diversidad genética en el SARS-CoV-2 al público, y esperamos que dicha información se transmita de manera más cuidadosa y concienzuda en el futuro.

A pesar de la notable riqueza de datos actualmente disponibles, los análisis cuidadosos resueltos temporal y geográficamente de la diversidad genética en grandes conjuntos de datos de SARS-CoV-2 no siempre producen consenso. Una preocupación reciente ha sido la base para la aparición de una mutación que codifica una sustitución de aminoácidos D614G en la proteína espiga del SARS-CoV-2. Observada por primera vez en Alemania a fines de enero de 2020, esta variante es ahora la forma dominante entre los virus del SARS-CoV-2 en todo el mundo. Korber y col. Recientemente concluyó que la ascendencia de 614G no fue una consecuencia de la deriva genética, sino que ocurrió porque la mutación hace que el virus sea más infeccioso (14). Esta conclusión se basó inicialmente en su observación de que la proporción de secuencias que portaban la mutación D614G aumentaba progresivamente en todas las regiones de Asia, Europa, Oceanía y América del Norte que estaban bien muestreadas en la base de datos GISAID (https: //www.gisaid. org /). Además, los análisis posteriores mostraron que el virus pseudotipado que contiene la mutación 614G se diseminó más rápidamente en el cultivo celular, probablemente debido a una alteración estructural que redujo el desprendimiento de la subunidad de la proteína del pico S1 (14 ⇓ –16).

Dearlove y col. (1) reconocen que la aparición de la mutación 614G puede constituir una excepción a su conclusión general de que la variación genética del SARS-CoV-2 se debe abrumadoramente a la deriva genética. Sin embargo, como advertencia para aceptar esta determinación prematuramente, citan un hallazgo paralelo de que A82V y otras mutaciones en la glicoproteína de superficie del ébolavirus se asociaron con una mayor infectividad. En este caso, el análisis posterior en cultivo celular mostró que el grado de mayor infectividad variaba con el tipo de célula (17) y no se observaron diferencias fenotípicas cuando se evaluaron virus mutantes en modelos animales (18). Además, los autores argumentan que debido a que la variante 614G se ha muestreado relativamente raramente en China, y no hay evidencia de que la evolución convergente produzca independientemente la misma mutación o una similar, la hipótesis de que 614G surgió como consecuencia de un cuello de botella genético durante la propagación de el virus de Asia a Europa sigue siendo viable.

Quizás sea incluso más importante señalar que la cuestión de si la mutación 614G aumenta la infectividad no influye en la eficacia esperada de las vacunas actualmente en desarrollo. De hecho, la posición del aminoácido 614 no se encuentra dentro del dominio de unión al receptor, el motivo que se espera que albergue los epítopos más frecuentemente reconocidos por los anticuerpos neutralizantes, y los estudios de cultivo celular confirman que los virus pseudotipados con variantes de pico 614D o 614G se neutralizan con la misma eficacia (19, 20). Tomados en conjunto, estos resultados son consistentes con la conclusión central de Dearlove et al. (1) que no se debe esperar que el estado actual de la diversidad genética del SARS-CoV-2 impida el desarrollo de una vacuna de protección amplia.

Se podría argumentar que el mantenimiento del genoma de ARN de ∼30-kb del SARS-CoV-2 reduce su tolerancia a la diversidad genética, lo que hace que el nuevo coronavirus sea quizás más susceptible de control mediante inmunización generalizada de lo que cabría esperar para otros virus de ARN. Sin embargo, es igualmente válido sugerir que debido a que el SARS-CoV-2 se ha infectado y diseminado dentro de una población inmunológicamente ingenua, aún no ha experimentado el tipo de presión inmune que ayudó a dar forma a la evolución de los virus endémicos que se muestran en la Figura 1, y se desconoce su propia capacidad de evolución. En consecuencia, debemos seguir siendo diligentes en el seguimiento de los cambios genéticos en el nuevo coronavirus, tanto para seguir su propagación como para identificar rápidamente los cambios antigénicos en caso de que ocurran. Sin embargo, es igualmente importante reconocer que lo que hemos observado hasta este punto es una lenta deriva genética característica de un virus con un genoma altamente estable y mantener estas y futuras observaciones sobre la diversidad genética del SARS-CoV-2 en la perspectiva adecuada, especialmente al comunicarlos al público en general.


Evidencia preocupante

Hay buenas noticias en todo esto: los rumores de que se trata de un experimento de armas fugas tienen poco sentido en términos de lo que las secuencias del genoma nos dicen sobre la biología. Sin embargo, menos tranquilizador es lo que nos dicen las secuencias sobre el gigantesco experimento natural que puede estar ocurriendo a nuestro alrededor. And that tells us there appears to be a large number of coronaviruses that are regularly exchanging genetic information. And, while exchanges are more common among viruses that infect the same species, it's entirely possible that contributions can come from much more distantly related ones.

The authors find evidence that the viruses from different species may experience distinct selective pressure, which isn't really surprising. But that also can produce difficult-to-predict results when those viruses hop to a new species—and the difficulty will rise if they then exchange information with other viruses native to that species.

Summing this up, there seem to be myriad coronaviruses out there (including plenty we don't know about), and some species are serving as labs in which new genetic combinations are created. And, right now, we only have a very partial window into the sort of potential out there in species that have frequent contacts with humans. And some research cited by the authors suggests that humans have been exposed to at least some of these viruses (based on antibodies to them)—fortunately without a major outbreak occurring.

All of which suggests that additional pandemics are a question of when, rather than if. But, of course, that had already been suggested in the aftermath of MERS and the original SARS, and the world as a whole did remarkably little to study the risk, work toward treatments, or plan for the pandemic's arrival. We can only hope that the more obvious example of COVID-19 will change that.