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Convención de nomenclatura de miARN

Convención de nomenclatura de miARN


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Estoy tratando de entender la convención de nomenclatura de los miARN. Encontré el artículo de Wikipedia sobre su nomenclatura. Basado en él, trato de averiguar qué es hsa-let-7a. Por lo que tengo entendido, hsa se refiere a humanos, pero esperaba un "mir" o "miR"después de hsa pero hay una palabra"dejar". Entonces mi pregunta es que hsa-let-7a es un nombre para un solo miARN maduro o es el nombre de una familia de miARN (si existe tal cosa)?


let-7 es una familia de miARN (let significa letal) y, de hecho, fue uno de los primeros en ser descubierto (en Caenorhabditis elegans). let-7a es solo uno de los muchos miembros de la familia, con ortólogos en muchas especies. Parece raro en biología que los nombres establecidos se cambien para que coincidan con la nomenclatura más nueva, aunque no puedo decir con certeza si es por eso que muchos (pero no todos) de los miembros de la familia let-7 no siguen el estándar.

Editar: Casualmente, estaba leyendo una reseña sobre miARN y encontré este extracto informativo que al menos debería dar cierto sentido de legitimidad a mi especulación anterior.

Ha M, Kim VN. 2014. Regulación de la biogénesis de microARN. Nat Rev Mol Cell Bio 15 (8): 509-524

La nomenclatura de los genes de miARN es algo inconsistente. Los genes encontrados en los primeros estudios genéticos recibieron el nombre de sus fenotipos (por ejemplo, lin-4, let-7 y lsy-6), mientras que la mayoría de los miARN encontrados en la clonación o secuenciación recibieron nombres numéricos (por ejemplo, el lin-4 los homólogos en otras especies se llaman mir-125).


Roush S, Slack FJ. 2008. La familia de microARN let-7. Trends Cell Biol 18 (10): 505-516

El gen letal-7 (let-7) se descubrió inicialmente como un gen de desarrollo esencial en C. elegans y, más tarde, como uno de los primeros miARN (Figura 1). Poco después, una simple búsqueda BLAST (herramienta básica de búsqueda de alineación local) reveló coincidencias exactas con la secuencia madura de miARN let-7 en los genomas humanos y de Drosophila melanogaster emergentes. Ahora se sabe que el let-7 maduro está altamente conservado en todas las especies animales.

La familia let-7 de miARN a menudo está presente en múltiples copias en un genoma (Tabla 1). Para distinguir entre múltiples isoformas, se coloca una letra después de let-7 para indicar un let-7 con una secuencia ligeramente diferente, y un número al final indica que la misma secuencia está presente en múltiples ubicaciones genómicas. Por ejemplo, los seres humanos tienen diez secuencias maduras de la familia let-7 (Figura 3) que se producen a partir de 13 secuencias precursoras (Figura 4). Tres precursores separados producen la secuencia madura let-7a (let-7a-1, let-7a-2 y let-7a-3) y los precursores de dos ubicaciones genómicas diferentes producen la let-7f (let-7f-1 y let- 7f-2) secuencia. Sin embargo, el tamaño de la familia puede diferir entre organismos. Drosophila (mosca) tiene solo un let-7, mientras que el pez cebra Danio rerio tiene 11 secuencias maduras en 19 loci en todo su genoma ...


Caracterización temprana de let-7:

Reinhart BJ, Slack FJ, Basson M, Pasquinelli AE, Bettinger JC, Rougvie AE, Horvitz HR, Ruvkun G. 2000. Los 21 nucleótidos let-7 El ARN regula el tiempo de desarrollo en Caenorhabditis elegans. Naturaleza 403: 901-906


Algunos aspectos generales sobre la nomenclatura de miARN además de la respuesta del canadiense:

  1. mirse refiere al pre-miRNA mientras quemiRse refiere a la forma madura
  2. mir-x-ymir-x-zpor ejemplomir-1-1ymir-1-2se refieren a diferentes precursores que dan lugar al mismo miARN maduro (p. ej.miR-1). Estos diferentes precursores pueden regularse de manera diferente.
  3. El miARN maduro resultante del brazo 5 'de la horquilla precursora tiene un sufijo de-5p; De manera similar, el producto del brazo de 3 'tiene el sufijo de-3p. Anteriormente, el menos expresado / abundante (o no expresado) de los dos productos se designaba con un asterisco. Por ejemplomiR-124 *. Esta convención es obsoleta ahora. Cualquier miARN por defecto tiene el-5p / 3psufijo. Esto es útil especialmente en caso delet-7porque no hay una notación en mayúsculas para diferenciar el precursor del miARN maduro. Por ejemplo, la forma madura siempre se denota comohsa-let-7b-5pa pesar de-3pnunca se expresa.
  4. Una "familia" consta de miARN con la misma secuencia de semillas (generalmente 2Dakota del Norte-9th residuo). En ocasiones se puede observar que uno de los brazos está menos conservado que el otro entre distintos precursores. Por ejemplo en el caso delet-7los-3p (s)no tienen una secuencia de semillas conservada, sin embargo, todos-5p (s)tienen la misma secuencia de semillas.

Y como se menciona en la otra respuesta, el nombrelet-7simplemente se queda por razones históricas.


¿Qué hay en un nombre?

Como mencioné brevemente en una publicación anterior, miRBase 17 incluyó dos cambios conceptuales en el esquema de nomenclatura de miARN, que merecen más detalles y aclaraciones.

El nombre de un miARN contiene información legible por humanos. Si dejas de leer esta publicación a la mitad, probablemente pensarás que esto es algo bueno. Lo cual, por supuesto, lo es, siempre que reconozcamos las limitaciones. Espere hasta el final y, con suerte, verá que los nombres pueden crear algunos problemas.

Tomemos, por ejemplo, hsa-mir-20b. El & # 8220hsa & # 8221 nos dice que es un miARN humano. El & # 822020 & # 8243 nos dice que fue descubierto temprano & # 8212 que & # 8217s solo la familia número 20 que fue nombrada. & # 822020b & # 8221 nos dice que está relacionado con otro miARN que podemos adivinar que probablemente se llame hsa-mir-20a. Podemos ir más allá & # 8212 la (falta de) capitalización de & # 8220mir & # 8221 nos dice que & # 8217 estamos hablando del precursor de miARN. O tal vez el locus genómico, o tal vez la transcripción primaria, o tal vez la horquilla extendida que incluye al precursor. Entonces eso & # 8217s ya es menos útil.

hsa-mir-20b tiene dos productos maduros, llamados hsa-miR-20b y hsa-miR-20b * (a partir de este momento & # 8212 como usted & # 8217ll verá a continuación, esto cambiará). & # 8220miR & # 8221 nos dice que & # 8217 estamos hablando de una secuencia madura. En este caso, miR-20b surge del brazo 5 & # 8242 de la horquilla mir-20b, y miR-20b * surge del brazo 3 & # 8242. El & # 8220 * & # 8221 nos dice que miR-20b * se considera un producto & # 8220minor & # 8221. Eso significa que miR-20b * se encuentra en la célula en una concentración más baja que miR-20b. A menudo se infiere que miR-20b * no es funcional, y probablemente haya notado que las secuencias de miR * en general desaparecen mágicamente en la mayoría de las imágenes de biogénesis de miARN, mientras que el brazo dominante se incorpora mágicamente al complejo RISC.

Pero espere un minuto, un montón de artículos ahora nos dicen que las secuencias de miR * pueden ser funcionales (por ejemplo, Yang et al. y Hannon, 2011). Y, por supuesto, la secuencia miR * de una horquilla podría expresarse en un nivel de órdenes de magnitud más alto que la secuencia miR dominante de otra horquilla. Quizás el brazo que fabrica el producto dominante puede cambiar en diferentes tejidos, etapas y especies (G-J et al. 2011). ¿Deberíamos cambiar el nombre de las secuencias miR y miR * cada vez que alguien produce un conjunto de datos de secuenciación cada vez más profundo? Para colmo, el carácter & # 8220 * & # 8221 causa problemas para las búsquedas en la base de datos y cosas por el estilo.

Por lo tanto, tenemos la intención de retirar la nomenclatura miR / miR *, a favor de la nomenclatura -5p / -3p (esta última se ha utilizado en paralelo para productos maduros de expresión aproximadamente igual y se aplicará en el futuro a todas las secuencias). Haremos esta transición en fases, ya que podemos hacer que los datos complementarios estén disponibles para mostrar la expresión de productos maduros de cada brazo. En miRBase 17, todos Drosophila melanogaster las secuencias maduras se renombran como -5p / -3p, y se han añadido muchos segundos productos maduros que faltaban anteriormente. Los datos de secuenciación profunda disponibles dejan en claro cuál de los productos maduros potenciales es el dominante. Otras especies seguirán su ejemplo a su debido tiempo.

El segundo cambio en miRBase 17 se refiere al pequeño número de pares de secuencias de miARN que se transcriben desde el mismo locus en direcciones opuestas, es decir, pares sentido / antisentido. Por ejemplo, se ha demostrado que el locus dme-mir-307 se transcribe en ambas direcciones, y ambas transcripciones se procesan para producir miARN maduros. Estos miARN se denominaban anteriormente dme-mir-307 y dme-mir-307-como en miRBase. El -as es confuso, porque es similar a los sufijos utilizados para denotar familias de miARN relacionados. La clasificación de sentido y antisentido es arbitraria. Para confundir aún más las cosas, -as y -s se usaron en la literatura de miARN temprana para referirse a productos maduros producidos a partir de los brazos 5 & # 8242 y 3 & # 8242 de un precursor de horquilla. A partir de miRBase 17, se retira la nomenclatura -as. Los miARN sentido y antisentido se nombrarán de forma independiente y de la misma manera que todas las demás secuencias: si las secuencias son similares, obtendrán los sufijos a, b (por ejemplo, dme-mir-307a y dme-mir-307b), y si no lo son si se consideran lo suficientemente similares, obtienen números diferentes (por ejemplo, rno-mir-151 y rno-mir-3586).

El resultado combinado de estos cambios es que el nombre de un miARN contiene menos información que antes. Esto puede parecer un paso retrógrado. Sin embargo, el problema con la codificación de información en el nombre es que la gente se siente tentada a usarla. Los nombres de microARN son a menudo compromisos pragmáticos y se han sobrecargado de significados relativamente complejos, por ejemplo, en relación con las relaciones familiares y los niveles de expresión. Los nombres deben ser útiles, pero nunca deben usarse en lugar del análisis correcto, por ejemplo, de relaciones de secuencia o expresión. Por lo tanto, le sugerimos que le resulte más fácil la vida de su ARNm si tiene en cuenta algunos conceptos simples:

1. Sea explícito. Si se refiere a la secuencia madura de miR-20b, puede confiar en las mayúsculas en miR-20b para decirlo. Pero es mucho mejor decir & # 8220la secuencia madura de miR-20b & # 8221. Aún mejor, muestre la secuencia junto con el nombre. Los nombres no son formalmente estables, pero citar la secuencia específica que ha usado en su artículo asegurará que la entidad sea rastreable para siempre.

2. Nunca use el nombre para codificar o derivar significados complejos. Si está interesado en las relaciones de secuencia, debería realizar un análisis de secuencia. Si le preocupan los niveles de expresión de miARN maduros alternativos, observe los datos de expresión. Si obtiene toda su información sobre las relaciones de secuencia de miARN del nombre, se perderá mucho. Si confía en el nombre para informarle sobre la expresión relativa, entonces toda esperanza está perdida.


Abstracto

Los microARN (miARN) son una clase de pequeños ARN reguladores que disminuyen la traducción de proteínas para ajustar la función celular. Recientemente, se descubrió que los miARN se transfieren de una célula donante a una célula receptora a través de exosomas y micropartículas. Estas microvesículas se encuentran en la sangre, la orina, la saliva y otros compartimentos de líquidos. Los miARN se administran con funcionalidad intacta y se ha demostrado repetidamente que regulan la expresión de proteínas en las células receptoras de forma paracrina. Por tanto, los miARN transportados son una nueva clase de especies reguladoras de célula a célula. La transferencia de miARN exosomal ahora se está reportando en enfermedades y sistemas cardiovasculares. En los vasos sanguíneos, esta transferencia modula la aterosclerosis y la angiogénesis. En el corazón, modula la insuficiencia cardíaca, el infarto de miocardio y la respuesta al preacondicionamiento isquémico. Esta revisión describe nuestra comprensión actual de la transferencia de miARN de vesículas extracelulares, demostrando las funciones de miR-126, miR-146a, miR-143 y otros miARN que se transportan desde las células endoteliales, las células madre, los fibroblastos y otros hacia los miocitos, las células endoteliales y células del músculo liso para activar los cambios celulares y modular los fenotipos de enfermedades.


Introducción

El desarrollo folicular y la maduración de ovocitos en vertebrados son eventos complejos que requieren la coordinación de hormonas originadas en el eje hipotálamo-pituitario-gonadal. El hipotálamo produce hormona liberadora de gonadotropinas (GnRH), que estimula la secreción de gonadotropinas, hormona estimulante del folículo (FSH) y hormona luteinizante (LH), de la glándula pituitaria. En el pescado, la FSH desempeña un papel importante en la promoción del desarrollo del folículo al inducir la producción de estradiol a partir de las células foliculares ováricas, mientras que la LH actúa sobre las células foliculares para inducir la producción de 17 & # x003B1, 20 & # x003B2-dihidroxiprogesterona, conocida como la hormona inductora de la maduración ( MIH) (1, 2). Luego, MIH se une a los receptores de progestina de membrana (mPR), particularmente mPR & # x003B1, expresados ​​en la superficie de los ovocitos (3, 4). Esto, a su vez, activa el factor promotor de la maduración (MPF), lo que lleva a la liberación del ovocito de su detención meiótica y la maduración del ovocito (5, 6). Además, muchas moléculas de señalización producidas dentro de las células foliculares y / o los ovocitos también actúan localmente para regular el desarrollo del folículo y la maduración de los ovocitos (1, 2).

Antes de participar en el proceso de maduración, los folículos del pez cebra se desarrollan a través de tres etapas. En la etapa I o la fase de crecimiento primario, los ovocitos comienzan a crecer y comienzan a formarse folículos. El estadio II se conoce como alvéolo cortical o estadio previtelogénico en el que los alvéolos corticales se acumulan dentro de los ovocitos. El estadio III se caracteriza por la vitelogénesis (7). Durante esta etapa, los folículos no solo aumentan de tamaño, sino que también desarrollan la competencia de maduración. Se ha informado de que los pequeños folículos vitelogénicos tempranos no pueden madurar cuando se tratan con gonadotropina coriónica humana (hCG, utilizada como análogo de LH) o MIH. Por el contrario, los folículos más grandes en la vitelogénesis media o tardía pueden ser inducidos por estas hormonas y entrar en la fase de maduración (7, 8). Por lo tanto, los folículos vitelogénicos pequeños y medio tardíos se describen como estadios III-1 (o IIIa) y III-2 (o IIIb), respectivamente (8, 9). Se ha demostrado que las moléculas de señalización producidas dentro de los folículos, como los miembros de la superfamilia del factor de crecimiento transformante - & # x003B2 (TGF - & # x003B2), regulan la competencia madurativa (10 & # x0201312).

Los microARN (miARN) constituyen una clase abundante de ARN pequeño, monocatenario, no codificante de aproximadamente 18 & # x0007E26 nucleótidos (nt) de longitud (13 & # x0201315). En general, los miARN se transcriben primero a partir de ADN intrónico o intergénico en miARN primarios, se procesan en miARN precursores (pre-miARN) y luego se exportan al citoplasma. Los pre-miARN tienen una estructura de horquilla y se procesan posteriormente en dúplex de miARN maduros, que se desenrollan en miARN maduros monocatenarios. En la mayoría de los casos, los miRNA maduros interactúan con la región no traducida 3 & # x02032 de los mRNA diana para reducir su estabilidad e inhibir la traducción (15 & # x0201317). Al regular la expresión génica, los miARN están involucrados en una plétora de eventos fisiológicos y de desarrollo, incluida la reproducción (18 & # x0201320). Se han detectado miARN en el ovario de muchas especies, incluidos los peces (21 & # x0201324). Se ha informado que los miARN regulan las funciones ováricas en mamíferos, como la proliferación de células de la granulosa (25) y la apoptosis (26, 27), la producción de estradiol (28, 29) y la expresión de progesterona (30) y receptores LH / CG ( 31). Un estudio reciente demuestra que los miARN también son importantes reguladores de la reproducción de los peces (32). Sin embargo, las funciones de los miARN durante el desarrollo del folículo de los peces y la maduración de los ovocitos aún se desconocen en gran medida.

Hemos detectado previamente miR-17a y miR-430b en células foliculares de pez cebra y encontramos que sus niveles de expresión están regulados por hCG (33), lo que sugiere que los miARN pueden desempeñar un papel en la maduración de los ovocitos. Para investigar más a fondo si los miARN están involucrados en el desarrollo del folículo y la maduración de los ovocitos, especialmente en la adquisición de la competencia de maduración, utilizamos la secuenciación de ARN de próxima generación (RNA-seq) para comparar los perfiles de expresión de miARN en las células foliculares entre los folículos en estadio IIIa y IIIb. Identificamos los miARN significativamente regulados, predijeron nuevos miARN y validamos la expresión de cuatro de los miARN significativamente regulados. Finalmente, a través del enriquecimiento de genes y los análisis de las vías de los genes diana predichos de los miARN expresados ​​diferencialmente, identificamos vías clave que pueden ser importantes durante el desarrollo del folículo y la maduración de los ovocitos.


Resultados

Interfaz web

miRSel proporciona una interfaz web para recuperar información sobre pares de genes miARN almacenados en la base de datos (Figura & # x200B (Figura 2). 2). La interfaz permite combinar diferentes opciones para restringir los conjuntos de resultados de las consultas.

Una interfaz gráfica de usuario basada en web para la base de datos.. miRSel se puede consultar a través de diferentes opciones, incluidas las consultas de miARN, diana, ontología genética y palabras clave de PubMed. Si se seleccionan varias opciones, los resultados se combinan Y. Se proporcionan varios filtros para controlar la recuperación frente a la precisión de los resultados de la minería. Para obtener más información, consulte el texto.

(i) Los genes se pueden seleccionar basándose en nombres de genes, símbolos de genes, nombres de proteínas o identificadores de bases de datos.

(ii) los miARN se pueden seleccionar basándose en identificadores de miARN y familias de genes de miARN.

(iii) Una interfaz PubMed permite consultas arbitrarias de palabras clave PubMed para buscar miRSel, los pares miARN-gen se informan solo si se encuentran en los resúmenes de PubMed que coinciden con la consulta de PubMed.

(iv) La opción de ontología genética (GO) restringe los pares de genes miRNA reportados a genes asociados con los términos GO seleccionados [42].

Las opciones de filtro adicionales se describen en la sección de implementación. Figura & # x200B Figura2 2 muestra la máscara de consulta y Figura & # x200B Figura3 3 muestra esquemáticamente el procedimiento de consulta. Como resultado de la consulta principal, se presenta al usuario una tabla anotada de pares de genes miARN. La tabla muestra si los pares están contenidos en una de las bases de datos seleccionadas manualmente (por ejemplo, TarBase, miR2Disease) o si han sido predichos por algoritmos de predicción de miARN-objetivo. Además de la vista de tabla, los pares de genes miARN se pueden analizar gráficamente utilizando el software Graphviz [43] (Figura & # x200B (Figura3). 3). Ambas representaciones proporcionan enlaces a las páginas de la base de datos primaria (por ejemplo, miRBase, Entrez Gene) de las entidades encontradas y a los resúmenes de PubMed donde se han encontrado los nombres de las entidades.

Un flujo de trabajo esquemático de búsqueda de miRSel por ID de miARN. Después de ingresar una clave de búsqueda completa o parcial (por ejemplo, un miARN) (A), el usuario puede seleccionar un subconjunto de los miARN coincidentes (B). Luego, las co-ocurrencias correspondientes de miARN-objetivo almacenadas en la base de datos se muestran en un formato tabular (C). Esta tabla permite la navegación a miRNA o páginas de genes de bases de datos primarias (p. Ej., D = miRBase, E = Entrez Gene, resúmenes de PubMed que hacen referencia a co-ocurrencias particulares (F), o a las fuentes de la base de datos para las que se ha integrado el par (G ).Además, los detalles relacionados con cada par de miARN-objetivo, p. En la tabla (H) se pueden mostrar todos los nombres posibles para un miARN o proteína dados en la literatura y los resultados de comparación de otras bases de datos y la predicción de secuencias. Finalmente, se puede mostrar un gráfico de interacción de miARN objetivo (I) que también permite la navegación a miARN y páginas de genes (nodos) o resúmenes de PubMed (bordes).

Evaluación

miRSel se basa en encontrar ocurrencias de identificadores válidos de genes, proteínas y miARN en resúmenes de publicaciones. Aquí informamos sobre el rendimiento de miRSel con respecto a la búsqueda de miRNA válidos, ocurrencias de genes y proteínas, así como pares válidos de miRNA-gen y asociaciones detalladas de pares de miRNA-gen.

Estimamos la confiabilidad de la detección de miARN en los siguientes textos. El rendimiento de la detección de nombres de genes y proteínas ya se ha evaluado en el concurso BioCreAtIvE [33].

Para la evaluación, seleccionamos resúmenes de PubMed que coincidían con nuestra expresión regular para la detección de miARN o que contenían palabras clave como "microARN", "miARN", "mir", "miR" y "MIR". Las oraciones que contenían un identificador de miARN o palabras clave relacionadas también debían contener nombres de proteínas de nuestras listas de sinónimos descritas en la sección de implementación. Se eligieron al azar 50 resúmenes de PubMed que contenían 89 oraciones que cumplían con los requisitos anteriores. miRSel se comparó con varios análisis manuales (ver más abajo) en términos de recuperación (es decir, fracción de verdadero positivo (TP) y todas las ocurrencias verdaderas), precisión (es decir, fracción de TP y todas las predicciones) y medida f.

La evaluación de las apariciones de identificadores de miARN se muestra en la Tabla 2 (a). Gracias a la coincidencia basada en expresiones regulares, la detección de identificadores de miARN en textos es muy confiable.

Tabla 2

Evaluación de la detección de miARN y asociaciones miARN-gen.

Evaluación del desempeñoresúmenesfrasescasosRecordarprecisiónf-mes
(a) apariciones de miARN5089790.961.000.98
(b) asociaciones de genes miARN50891810.900.650.76
(c) como b, después de la desambiguación50891810.880.780.83
(d) como b, con palabras clave20291030.890.700.78
(e) como b, tipos de asociación20291030.870.620.73

Para la detección de asociaciones miARN-gen, evaluamos manualmente si un gen y un miARN se han detectado correctamente en mi miRSel y si está implícita una asociación entre los dos. Como se muestra en la Tabla 2 (b), muchos de los pares en miRSel representan asociaciones válidas. La detección de asociaciones de genes miARN se ha refinado aún más resolviendo automáticamente las ambigüedades de los identificadores de genes mediante el uso de diccionarios adicionales de tejidos y líneas celulares (Tabla 2 (c)).

Además de la detección de asociaciones genéricas de miARN-gen, miRSel anota automáticamente cinco tipos diferentes de asociaciones entre miARN y genes (diana física, coexpresión, represión, inducción y escisión, consulte la sección de implementación para obtener más detalles). De los pares de genes miARN humano de una sola frase de 1973 en miRSel 1301 (65%) se clasificaron en uno de los cinco tipos.

A partir del conjunto de pruebas descrito anteriormente, también se ha evaluado manualmente un subconjunto de las oraciones que contienen palabras clave de asociación. Si las palabras clave de asociación están presentes en oraciones con pares miARN-gen, la precisión de la detección de asociación aumenta ligeramente (Tabla & # x200B (Tabla 2, 2, compare byd). Si se detecta una verdadera asociación miARN-gen, las palabras clave de asociación describen el tipo de asociación correctamente en el 89% de los casos (Tabla & # x200B (Tabla2, 2, comparar dye).

Ejemplos de consultas de miRSel: proteína p53 y hsa-miR-21

El gen TP53 (Entrez Gene: 7157) codifica la proteína p53, que es una de las proteínas supresoras de tumores más importantes. TarBase y miRecords no informan ningún miARN dirigido a este gen. Extrajimos 60 miARN humanos diferentes que coexisten con este gen objetivo de 79 resúmenes de PubMed, y algunos de ellos (por ejemplo, hsa-let-7a, hsa-miR-30b, hsa-miR-183) son consistentes con los resultados basados ​​en microarrays. discutido por Shalgi et al. [44].

hsa-miR-21 es el miARN más frecuente en miR2Disease, con 59 asociaciones documentadas de este miARN con enfermedades. miRSel contiene 181 genes diferentes que coexisten con este miARN extraído de 123 resúmenes de PubMed. Se recuperan 96 pares si los resultados de miRSel se restringen a los pares de una sola oración más confiables.


OBJETIVOS DEL REGISTRO DE miARN

Los objetivos principales del miRNA Registry son dos. El primero es asignar nombres únicos a distintos miARN antes de la publicación de su descubrimiento. Se ha desarrollado una interfaz web para facilitar el envío de secuencias de miARN para su denominación. Para evitar la superposición accidental de nombres de genes y minimizar la "reserva previa" de las asignaciones, el Registro asignará un nombre solo después de que se haya aceptado para su publicación un artículo que describa la secuencia. Se recomienda a los autores que utilicen nombres temporales en el envío inicial de artículos a revistas para revisión por pares. Tras la aceptación, los nombres finales se discuten y se acuerdan con el autor correspondiente. El registro de miARN mantiene la total confidencialidad de los datos previos a la publicación.

Los miARN reciben identificadores numéricos basados ​​en la similitud de secuencia. En el momento de escribir este artículo, el último nombre asignado es miR ‐ 318 de Drosophila melanogaster . El siguiente miARN sin similitud con las secuencias previamente identificadas recibirá el nombre de miR-319. Es deseable que los homólogos de diferentes organismos reciban el mismo nombre. Los nombres se basan en la similitud de la secuencia de ∼22 nt extirpada con miARN previamente identificados. A las secuencias maduras idénticas se les asigna el mismo nombre; si se originan a partir de loci genómicos separados en un organismo dado, se les asignan sufijos numéricos, como mir ‐ 6‐1 y mir ‐ 6‐2 de D.melanogaster (4). A las secuencias con uno o dos cambios de base se les asignan sufijos de la forma miR ‐ 181a y miR ‐ 181b (17). Se pueden sugerir secuencias homólogas con más diferencias de bases por similitud de secuencia en la porción de horquilla de la transcripción primaria, y tales casos se discuten y los nombres se acuerdan con el autor correspondiente. Algunos precursores de horquilla de miARN dan lugar a dos miARN escindidos, uno de cada brazo. Se han utilizado diferentes convenciones de nomenclatura para describir estas secuencias. Cuando los estudios de clonación han permitido a los investigadores determinar qué brazo del precursor da lugar al miARN predominantemente expresado, se ha utilizado un asterisco para indicar la forma menos predominante, como en miR ‐ 56 y miR ‐ 56 * de C.elegans (2). Los informes anteriores también han indicado miARN de brazos opuestos del precursor de horquilla como, por ejemplo, miR ‐ 142 ‐ s (brazo 5 ′) y miR ‐ 142 ‐ as (brazo 3 ′) (5). La opinión actual favorece el uso de nombres de la forma miR ‐ 142‐5p y miR ‐ 142‐3p para designar miARN de los brazos 5 ′ y 3 ′, respectivamente, hasta que los datos sean suficientes para confirmar cuál se expresa predominantemente (T. Tuschl y D . Bartel, comunicación personal). No se debe confiar en la utilización de mayúsculas en los nombres para conferir significado, pero históricamente, mir-16 se ha utilizado para designar el gen (y también la porción de tallo-bucle predicha de la transcripción primaria), mientras que miR-16 significa la secuencia de ∼22 nt extirpada. Los nombres de genes de plantas siguen una convención ligeramente diferente, de la forma MIR156 ( 10 ).

El segundo objetivo del miRNA Registry es proporcionar una base de datos completa y de búsqueda de todas las secuencias de miRNA publicadas. Con este fin, las secuencias enviadas se mueven a las secciones públicas de la base de datos en su publicación. El sitio web incluye una lista navegable de entradas de miARN, búsquedas de nombres, palabras clave y publicaciones, y permite al usuario buscar una secuencia en la base de datos de horquillas pronosticadas y miARN maduros. Cada entrada de la base de datos representa un tallo-bucle predicho que contiene el miARN, con los límites de la secuencia o secuencias extirpadas informadas. La publicación que describe el descubrimiento del miARN se cita como referencia principal. Se proporciona una breve descripción de la ubicación genómica, secuencias homólogas y posibles dianas, con enlaces a referencias bibliográficas para obtener más información. Se proporcionan enlaces cruzados a bases de datos de nucleótidos, bases de datos de organismos modelo y bases de datos de familias de ARN. Las estructuras de pares de bases de horquilla se representan según lo predicho por el programa RNAfold del paquete ViennaRNA (26). En la Figura 1 se muestra una página de entrada típica.

El compromiso con la conservación a largo plazo del registro de miARN garantiza la rápida difusión de nuevas secuencias de datos y anotaciones. Cada entrada de la base de datos se identifica mediante un número de acceso estable además del nombre del gen miARN. Esto permite la racionalización de los nombres de los genes a medida que se dispone de más datos, al tiempo que se mantiene la información para rastrear los cambios de los nombres y descripciones publicados inicialmente. En el momento de redactar este documento, la base de datos solo contiene loci de miARN publicados, pero las pautas de anotación de miARN permiten la identificación computacional de homólogos de secuencias de miARN validadas (24). Es probable que el tamaño de la base de datos aumente de manera significativa a medida que nosotros y otras personas seleccionamos dichas secuencias. A medida que se disponga de más información sobre la biogénesis de los miARN, predecimos que será deseable conservar la información de la secuencia para el transcipto primario y el precursor de horquilla, así como el miARN maduro escindido. La estrecha integración con la base de datos Rfam (27) facilita la clasificación de secuencias de miARN relacionadas en familias.


16.5 Cladística

La cladística (del griego κλάδος, kládos, "rama") es un enfoque de clasificación biológica en el que los organismos se clasifican en función de características derivadas compartidas que se pueden rastrear hasta el antepasado común más reciente de un grupo y no están presentes en antepasados ​​más lejanos. Por lo tanto, se supone que los miembros de un grupo comparten una historia común y se considera que están estrechamente relacionados.

Los métodos originales utilizados en el análisis cladístico y la escuela de taxonomía derivaron del trabajo del entomólogo alemán Willi Hennig, quien se refirió a ella como sistemática filogenética (también el título de su libro de 1966) se popularizaron los términos “cladística” y “clado”. por otros investigadores. La cladística en el sentido original se refiere a un conjunto particular de métodos usados ​​en el análisis filogenético, aunque ahora a veces se usa para referirse a todo el campo.

Los siguientes términos, acuñados por Hennig, se utilizan para identificar estados de carácter compartidos o distintos entre grupos de organismos:

A plesiomorfia (“Forma cercana”) o estado ancestral es un estado de carácter que un taxón ha retenido de sus ancestros. Cuando dos o más taxones que no están anidados entre sí comparten una plesiomorfia, se trata de una simmplesiomorfia (de sin-, "juntos"). Symplesiomorphies no significa que los taxones que exhiben ese estado de carácter estén necesariamente relacionados de cerca. Por ejemplo, Reptilia se caracteriza tradicionalmente por (entre otras cosas) ser de sangre fría (es decir, no mantener una temperatura corporal alta constante), mientras que las aves son de sangre caliente. Dado que la sangre fría es una plesiomorfia, heredada del ancestro común de los reptiles y aves tradicionales, y por lo tanto una simmpliomorfia de tortugas, serpientes y cocodrilos (entre otros), no significa que las tortugas, serpientes y cocodrilos formen un clado que excluya a la aves.

Un apomorfia (“Forma separada”) o estado derivado es una innovación. Por lo tanto, puede usarse para diagnosticar un clado, o incluso para ayudar a definir un nombre de clado en la nomenclatura filogenética. Las características que se derivan de taxones individuales (una sola especie o un grupo que está representado por un solo terminal en un análisis filogenético dado) se denominan autapomorfias (de auto-, "self"). Las autapomorfías no expresan nada acerca de las relaciones entre los grupos de clados que se identifican (o definen) por sinapomorfias (de syn-, "juntos"). Por ejemplo, la posesión de dígitos homólogos a los de Homo sapiens es una sinapomorfia dentro de los vertebrados. Los tetrápodos se pueden distinguir como compuestos por el primer vertebrado con tales dígitos homólogos a los de Homo sapiens junto con todos los descendientes de este vertebrado (una definición filogenética basada en apomorfias). Es importante destacar que las serpientes y otros tetrápodos que no tienen dígitos son, sin embargo, tetrápodos: otros caracteres, como huevos amnióticos y cráneos diápsidos, indican que descienden de antepasados ​​que poseían dígitos homólogos a los nuestros.

A estado del personaje es homoplástico o "una instancia de homoplasia" si es compartido por dos o más organismos pero está ausente de su antepasado común o de un antepasado posterior en el linaje que conduce a uno de los organismos. Por tanto, se infiere que ha evolucionado por convergencia o inversión. Tanto los mamíferos como las aves pueden mantener una temperatura corporal alta y constante (es decir, son de sangre caliente). Sin embargo, el cladograma aceptado que explica sus características significativas indica que su antepasado común está en un grupo que carece de este estado de carácter, por lo que el estado debe haber evolucionado de forma independiente en los dos clados. La sangre caliente es por separado una sinapomorfia de mamíferos (o un clado más grande) y de aves (o un clado más grande), pero no es una sinapomorfia de ningún grupo que incluya ambos clados. El Principio Auxiliar de Hennig establece que los estados de carácter compartido deben considerarse evidencia de agrupamiento a menos que se contradigan con el peso de otra evidencia, por lo tanto, la homoplasia de alguna característica entre los miembros de un grupo solo puede inferirse después de que se haya establecido una hipótesis filogenética para ese grupo.

Los términos plesiomorfia y apomorfia son relativos, su aplicación depende de la posición de un grupo dentro de un árbol. Por ejemplo, cuando se trata de decidir si los tetrápodos forman un clado, una pregunta importante es si tener cuatro extremidades es una sinapomorfia de los primeros taxones que se incluirán dentro de Tetrapoda: ¿todos los primeros miembros de Tetrapoda heredaron cuatro extremidades de un ancestro común? , mientras que todos los demás vertebrados no lo hicieron, o al menos no de manera homóloga? Por el contrario, para un grupo dentro de los tetrápodos, como las aves, tener cuatro extremidades es una plesiomorfia. El uso de estos dos términos permite una mayor precisión en la discusión de la homología, permitiendo en particular una expresión clara de las relaciones jerárquicas entre diferentes características homólogas.

Puede ser difícil decidir si un estado de carácter es de hecho el mismo y, por lo tanto, puede clasificarse como una sinapomorfia, que puede identificar un grupo monofilético, o si solo parece ser el mismo y, por lo tanto, es una homoplasia, que no puede identificar tal Un grupo. Existe el peligro del razonamiento circular: las suposiciones sobre la forma de un árbol filogenético se utilizan para justificar decisiones sobre los estados de carácter, que luego se utilizan como evidencia de la forma del árbol. La filogenética utiliza varias formas de parsimonia para decidir tales cuestiones; las conclusiones a las que se llega a menudo dependen del conjunto de datos y los métodos. Esa es la naturaleza de la ciencia empírica y, por esta razón, la mayoría de los cladistas se refieren a sus cladogramas como hipótesis de relación. Los cladogramas que están respaldados por una gran cantidad y variedad de diferentes tipos de caracteres se consideran más sólidos que los que se basan en pruebas más limitadas.

Desde finales del siglo XX en adelante, la cladística reemplazó a la fenética. La fenética fue un intento de determinar las relaciones de los organismos a través de una medida de similitud general, sin hacer distinciones entre plesiomorfias (rasgos ancestrales compartidos) y apomorfias (rasgos derivados).

Un grupo monofilético es un grupo de organismos que forma un clado, que consiste en todos los descendientes de un ancestro común. Los grupos monofiléticos se caracterizan típicamente por características derivadas compartidas (sinapomorfias), que distinguen a los organismos del clado de otros organismos. La disposición de los miembros de un grupo monofilético se llama monofilia.

Un grupo es parafilético si está formado por el último antepasado común del grupo y todos los descendientes de ese antepasado, excluyendo unos pocos, normalmente sólo uno o dos, subgrupos monofiléticos. Se dice que el grupo es parafilético con respecto a los subgrupos excluidos. La disposición de los miembros de un grupo parafilético se llama parafilia.

Un grupo polifilético (en griego, “de muchas razas”) es un conjunto de organismos, u otros elementos en evolución, que se han agrupado pero no comparten un ancestro común inmediato. El término se aplica a menudo a grupos que comparten características que parecen ser similares pero que no han sido heredadas de ancestros comunes. Estas características se conocen como homoplasias, y el desarrollo y fenómeno de las homoplasias se conoce como evolución convergente. La disposición de los miembros de un grupo polifilético se llama polifilia.

Un cladograma (del griego clados "rama" y grama "carácter") es un diagrama utilizado en cladística para mostrar relaciones entre organismos. Sin embargo, un cladograma no es un árbol evolutivo porque no muestra cómo se relacionan los antepasados ​​con los descendientes, ni muestra cuánto han cambiado; sin embargo, se pueden inferir muchos árboles evolutivos a partir de un solo cladograma. Un cladograma usa líneas que se ramifican en diferentes direcciones que terminan en un clado, un grupo de organismos con un último ancestro común. Hay muchas formas de cladogramas, pero todos tienen líneas que se derivan de otras líneas. Las líneas se pueden rastrear hasta donde se bifurcan. Estos puntos de ramificación representan un antepasado hipotético (no una entidad real) que se puede inferir que exhibe los rasgos compartidos entre los taxones terminales por encima de él. Este antepasado hipotético podría proporcionar pistas sobre el orden de evolución de varias características, la adaptación y otras narrativas evolutivas sobre los antepasados. Aunque tradicionalmente tales cladogramas se generaban en gran parte sobre la base de caracteres morfológicos, los datos de secuenciación de ADN y ARN y la filogenética computacional se utilizan ahora con mucha frecuencia en la generación de cladogramas, ya sea por sí solos o en combinación con la morfología.

Las características utilizadas para crear un cladograma se pueden clasificar aproximadamente como morfológicas (cráneo sinápsido, sangre caliente, notocorda, unicelular, etc.) o moleculares (ADN, ARN u otra información genética). Antes del advenimiento de la secuenciación del ADN, el análisis cladístico utilizaba principalmente datos morfológicos. También se pueden utilizar datos de comportamiento (para animales).

A medida que la secuenciación del ADN se ha vuelto más barata y sencilla, la sistemática molecular se ha convertido en una forma cada vez más popular de inferir hipótesis filogenéticas. Usar un criterio de parsimonia es solo uno de varios métodos para inferir una filogenia a partir de datos moleculares. Enfoques como el de máxima verosimilitud, que incorporan modelos explícitos de evolución de secuencia, son formas no hennigianas de evaluar los datos de secuencia.Otro método poderoso para reconstruir filogenias es el uso de marcadores de retrotransposón genómico, que se cree que son menos propensos al problema de reversión que afecta a los datos de secuencia. También se asume generalmente que tienen una baja incidencia de homoplasias porque alguna vez se pensó que su integración en el genoma era completamente aleatoria, sin embargo, al menos a veces esto parece no ser el caso.

Los investigadores deben decidir qué estados de carácter son “ancestrales” (plesiomorfias) y cuáles se derivan (sinapomorfías), porque solo los estados de carácter sinapomórficos proporcionan evidencia de agrupamiento. Esta determinación se realiza generalmente por comparación con los estados de carácter de uno o más grupos externos. Los estados compartidos entre el exogrupo y algunos miembros del intragrupo son sinapomorfías. Los estados que están presentes solo en un subconjunto del intragrupo son sinapomorfías. Tenga en cuenta que los estados de caracteres exclusivos de una sola terminal (autapomorfias) no proporcionan evidencia de agrupación. La elección de un grupo externo es un paso crucial en el análisis cladístico porque diferentes grupos externos pueden producir árboles con topologías profundamente diferentes.

Una homoplastia es un estado de carácter compartido por dos o más taxones debido a alguna causa distinta a la ascendencia común. Los dos tipos principales de homoplasia son la convergencia (evolución del "mismo" carácter en al menos dos linajes distintos) y la reversión (el retorno a un estado de carácter ancestral). Los personajes que son obviamente homoplásticos, como el pelaje blanco en diferentes linajes de mamíferos árticos, no deben incluirse como un personaje en un análisis filogenético, ya que no contribuyen en nada a nuestra comprensión de las relaciones. Sin embargo, la homoplastia a menudo no es evidente a partir de la inspección del carácter en sí (como en la secuencia de ADN, por ejemplo), y luego se detecta por su incongruencia (distribución no parsimoniosa) en un cladograma muy parsimonioso. Tenga en cuenta que los caracteres que son homoplásticos aún pueden contener una señal filogenética.

Un ejemplo bien conocido de homoplastia debido a la evolución convergente sería el carácter “presencia de alas”. Aunque las alas de los pájaros, los murciélagos y los insectos cumplen la misma función, cada uno evolucionó de forma independiente, como puede verse por su anatomía. Si se puntuara un pájaro, un murciélago y un insecto alado para el carácter, "presencia de alas", se introduciría una homoplastia en el conjunto de datos, y esto podría confundir potencialmente el análisis, lo que posiblemente resulte en una hipótesis falsa de relaciones. Por supuesto, la única razón por la que una homoplasia es reconocible en primer lugar es porque hay otros caracteres que implican un patrón de relaciones que revelan su distribución homoplástica.

El cladograma que se muestra en la figura 16.4 representa la hipótesis actual universalmente aceptada de que todos los primates, incluidos los estrepsirrinos como los lémures y los loris, tenían un antepasado común cuyos descendientes eran primates, por lo que forman un clado, por lo que se reconoce el nombre de Primates para este clado. Dentro de los primates, se hipotetiza que todos los antropoides (monos, simios y humanos) tenían un ancestro común, todos cuyos descendientes eran antropoides, por lo que forman el clado llamado Anthropoidea. Los "prosimios", por otro lado, forman un taxón parafilético. El nombre Prosimii no se usa en la nomenclatura filogenética, que nombra solo clados, los "prosimios" se dividen en cambio entre los clados Strepsirhini y Haplorhini, donde este último contiene Tarsiiformes y Anthropoidea.

Figura 16.4: Cladograma de primates que muestra un taxón monofilético (un clado: los simios o Anthropoidea, en amarillo), un taxón parafilético (los prosimios, en azul, incluida la mancha roja) y un taxón polifilético (los primates nocturnos, el loris y los tarseros - en rojo)]


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Charla de Wikipedia: convenciones de nomenclatura (biología)

Nota: Parte de la discusión a continuación ahora se relaciona con la página de convenciones de nomenclatura existente Wikipedia: Convenciones de nomenclatura (fauna).

Realmente me gustaría un consenso sobre cómo se deben nombrar los artículos biológicos, para ser parte de la página de Convenciones de nomenclatura.

Primero, no creo que Usar palabras en inglés signifique que siempre debamos usar nombres comunes en lugar de nombres latinos, ya que los nombres latinos son los nombres técnicos en inglés (así como en todos los demás idiomas).

Un artículo debe existir bajo el nombre común (singular en inglés) de un taxón que describa el uso común de la palabra y se vincule a la descripción técnica bajo el nombre latino formal. Excepto tal vez en el caso de taxones que solo tienen una entrada debajo de ellos, p. Ej. coala.

Probablemente debería existir un artículo completo (incluidas las características técnicas) en koala, en lugar de Phascolarctus cinereus (el nombre de Linnaean), que debería tener una redirección.

No estoy seguro de si debería existir un artículo de la familia Phascolarctidae, ya que el koala es la única especie de la familia.

Debe existir un artículo debajo de ballena que explique el uso común de la palabra, es decir, un animal marino grande, completamente acuático, del orden Cetacea. Luego, una declaración de cómo a veces se usa técnicamente para referirse a la totalidad del orden Cetacea, pero si el término excluye a los delfines, no es un grupo biológico válido ya que Killer Ballenas están más estrechamente relacionados con Pink Delfines que a azul Ballenas. Esto debe incluir enlaces a todas las páginas relevantes (Cetacea, Mysticeti, dolphin, etc.) Esta página también debe enumerar cualquier relevancia cultural del término ballena (como la que se encuentra en la parte inferior del artículo del ratón).

Deben existir artículos separados bajo los nombres latinos de los distintos taxones: Cetacea, Odontoceti, Mysticeti, Balaenopteridae, etc.

Pero no Balaenoptera musculus, ese artículo debería existir bajo ballena azul.

Un artículo debe existir solo bajo Therapsida, ya que no hay un nombre común, redirecciona bajo "Therapsid" y "Therapsids".

El artículo de ratón es un buen artículo de uso común (a excepción de la ligadura en Muridae). Luego debe vincularse a la familia Muridae, que debe tener una descripción técnica.

También puede ser un buen lugar para publicar las reglas de uso de mayúsculas y cursivas. Y posiblemente sobre la adecuada anglicización de los nombres de familia (incluidos los sub y supernombres).

Comentarios, por favor, ¿qué piensan otras personas?

¿Debería usarse el plural en inglés del singular en inglés o el plural en latín como nombres taxonómicos? Ejemplo: Therapsid vs. Therapsids vs. Therapsida ¿Alguna preferencia? Si usamos el inglés, debería ser el singular. Por lo que vale, mi preferencia es el inglés sobre el latín, pero así soy yo. - Alan Millar

Cuando se decida utilizar el nombre latino o linneo para una forma biológica, se debe observar lo siguiente:

  1. El nombre del género está en singular.
  2. Los taxones con un rango más alto que el género están en plural.
  3. El nombre de la especie es un sustantivo en el caso genitivo o un adjetivo cuyo género debe coincidir con el del género.
  4. El nombre del género siempre comienza con una letra mayúscula.
  5. El nombre de la especie siempre comienza con una letra minúscula.
  6. Las reglas 4 y 5 anulan las reglas de todos los idiomas sobre el uso de mayúsculas en los títulos (tenga en cuenta que es imposible que el nombre de una especie sea la primera palabra de un título).
  7. Los nombres de género y especie siempre se escriben en cursiva.

El consenso anterior me parece razonable. Sin embargo, es posible que también deseemos crear una convención sobre cuándo usar por primera vez nombres científicos frente a nombres comunes. Mi opinión es que esto inicialmente debería dejarse en manos de la persona que primero crea el artículo: si quieren enumerar detalles técnicos, fisiología, evolución detallada y árboles genealógicos, entonces el artículo inicial debería recibir el nombre científico apropiado (haciendo que el nombre común sea un temporal, al menos, redirigir al nombre científico). Si esa persona escribe una descripción laica del organismo, cómo se relaciona con los humanos y algunos detalles sobre las interacciones ecológicas no humanas, entonces el artículo inicial debe incluir el nombre común más común (con una cantidad mínima razonable de ambigüedad). Por supuesto, la mayoría de los organismos no tienen nombres comunes reales, pero muchos de estos tienen nombres que son comúnmente utilizados por las personas que los estudian (estos son generalmente anglicizaciones aproximadas de los nombres científicos).

A medida que crece cualquiera de los artículos, puede llegar un momento en que los dos tipos de contenido puedan y deban dividirse (por cierto, tampoco hay ninguna razón por la que una persona emprendedora no pueda analizar y dividir el contenido antes que después, tanto tiempo ya que cada artículo es al menos un poco más que un talón adecuado, preferiría que esto no suceda para artículos cortos).

Para recapitular, creo que estos artículos deben dividirse de la siguiente manera para organismos conocidos con nombres comunes (otros organismos menos conocidos pueden tener toda esta información en el artículo con nombre científico si es necesario):

  • Nombres cientificos debe usarse para nombrar artículos con información sobre el organismo en sí, su historia evolutiva detallada, cladística (o para usar una taxonomía de palabras no cargadas), fisiología y otros detalles de interés masculino para los científicos y algunos laicos de inteligencia e interés por encima del promedio . Todos estos conceptos se interrelacionan entre sí y tiene sentido tenerlos juntos (todos tienen que ver con el interno ambiente del organismo - la evolución ha dado forma a ese ambiente).
  • Nombres comunes deben utilizarse como títulos de artículos con descripciones no profesionales de los organismos. Estas descripciones casi siempre se concentran en las relaciones ecológicas, esp. la relación entre humanos y organismo. También se debe incluir alguna descripción general de la evolución y la fisiología en el artículo del nombre común (eventualmente al menos), pero esto debe ser limitado en extensión y detalle para no aburrir a una persona de inteligencia e interés promedio. También es el nombre común que utilizan con mayor frecuencia los administradores de vida silvestre (que se concentran en las interacciones ecológicas), por lo que es particularmente importante concentrarse en las interacciones ecológicas en el nombre común.

Para especies individuales bien conocidas (como la ballena azul /Balaenoptera musculus ejemplo anterior), o géneros (como cat / Felis), primero siempre debemos intentar escribir descripciones simples antes de entrar en detalles, por lo que los nombres comunes deben predominar en este nivel con el artículo ocasional dividido entre los nombres comunes y científicos para que la información técnica se puede enumerar por separado de las descripciones simples. La división adicional del contenido no debe tomarse caso por caso (por ejemplo: ¿debería colocarse una discusión extensa, pero interesante y accesible, sobre la evolución de las aves en la evolución de las aves o la evolución de las aves? necesidad de discutir más a fondo). --maveric149

Realmente creo que separaciones como esa son una mala idea y simplemente van a causar aún más problemas sobre dónde se debe agregar el contenido. Por ejemplo, tomemos el orden de insectos recién descubierto, Mantophasmatodea. Estos eran una parte nueva de la taxonomía y tendrían que agregarse a cualquier estudio técnico de Insecta. Pero al mismo tiempo, eran algo sobre lo que los "legos" podían leer en los periódicos y, como tal, presumiblemente se agregarían al insecto artículo también.

Asimismo, ambos coala y Phascolarctus cinereus Terminará hablando de su dieta. Los hábitos de la manada de Lobo sería importante para Canis lupus así como. La diferencia entre Saurischian y Ornithischian Dinosaurio Difícilmente se puede omitir en una discusión sobre dinosaurios. Etcétera.

En resumen, creo que esto daría lugar a una gran cantidad de información duplicada, y eso siempre es un problema. Los nombres comunes y los nombres científicos son sinónimos. No queremos tener artículos separados para, digamos, Athinai y Atenas discutiendo aspectos de la ciudad relevantes para griegos y no griegos, queremos tener un artículo para la ciudad discutiendo ambos y vinculando cosas que parecen demasiado específicas. . Les insto a que hagan lo mismo con los grupos biológicos.

Y, por cierto, no creo que las personas sin antecedentes biológicos necesiten un tratamiento especial. Otras enciclopedias no hacen eso, y ya tenemos una ventaja gracias a los hipervínculos. Después de todo, algo como Nematoda podría ser difícil de entender tal como está, pero ¿lo sería si toda la jerga estuviera vinculada a otras páginas?


Lo crea o no, pero a mí también me preocupa tener esta división por razones similares. Sin embargo, también tenemos convenciones de nomenclatura a seguir, por lo que es necesario tener Human en lugar de Homo sapiens. Y yo De Verdad no me gusta la configuración de artículo totalmente no estándar que fue establecida por WikiProject Tree of Life que coloca la información de la lista taxonómica antes del artículo (a menudo con largas listas de géneros o especies) y subyuga el texto del artículo real bajo el título de "texto" como si fuera una ocurrencia tardía.

Mi propuesta anterior era establecer una tregua entre los taxonomistas que solo quieren usar nombres científicos y personas como yo que sienten firmemente que una de las razones por las que el analfabetismo científico es tan desenfrenado es porque los científicos a menudo insisten en usar una redacción demasiado compleja que solo ellos pueden. entender, y mucho menos pronunciar o deletrear (cosas de la torre de marfil).

Por ejemplo, si Joe Blow se topa con un artículo llamado Balaenoptera musculus hay una buena posibilidad de que se desanime solo por el título antes de leer la primera línea del artículo (esto también desanimaría a otros a contribuir a este artículo, ya que los cambios recientes no muestran que Balaenoptera musculus es el nombre binomial de las ballenas azules, y las que lo hacen, tenderán a editar el artículo para una audiencia diferente, más técnicamente inclinada, que parece ser el caso de muchos de estos artículos). Además, ¿quién sino los taxonomistas y los expertos en biología marina van a conocer el nombre binomial y mucho menos cómo se deletrea para poder vincularlo?

Ya he descubierto varias docenas de estos artículos titulados con el nombre científico con Absolutamente no Redirigir del nombre común al nombre técnico. Es por eso que usamos nombres comunes para las cosas aquí en wikiland y también preferimos los títulos en inglés: aquellos que prefieren usar títulos técnicos para las cosas simplemente no se molestan en hacer redireccionamientos e incluso cuando lo hacen, todavía existen los otros problemas que discutí anteriormente.

Ahora soy de la opinión de que, como máximo, los nombres científicos solo deberían tener la información taxonómica en los casos en que exista un nombre común. Un enlace del nombre común estaría bajo el título "Taxonomía de X" además de un enlace de la palabra en sí colocada entre paréntesis después del nombre común en negrita en la primera línea. O podríamos ir hasta el final e ir con mi idea original y sin compromisos de usar solo los nombres comunes de las cosas al titular artículos. Cualquier diferencia de uso entre los nombres comunes y científicos se discutirá en los artículos (como lo que hice con el artículo de Jellyfish).

Hum, acabo de tener una idea. ¿Por qué no tener la información de "Ubicación" y "Niños / Miembros" en una tabla justificada a la derecha (como en los Países Bajos o en artículos de radio)? Entonces, tanto el artículo como la lista pueden convivir uno al lado del otro (con el nombre científico redirigido al nombre común; aquellos que prefieren los nombres técnicos no se sentirán tan confundidos o desanimados como lo haría un simple mortal si lo opuesto fuera el caso). De veras me gusta esta idea. --maveric149

¿Qué te parece? ¡Estoy de acuerdo contigo en casi todas partes! Sin embargo, realmente creo que la tregua logra sacar lo peor de ambos mundos, hasta el punto en que cualquiera extremo sería mejor. Podemos y debemos hacerlo mejor que eso. Las tablas alineadas a la derecha son una buena idea, pero puedo recordar que algunos experimentaron con ellas antes, y demostraron ser más problemáticas de lo que valen.

Así que esto es lo que pienso. Un lector puede terminar yendo a hormiga o Formicidae para obtener información, y en ambos casos esperarán un artículo en lugar de una taxonomía directa. Eso significa que ambos deben referirse a la misma página y, lamentablemente, no puede seguir el encabezado de la plantilla: una persona que no supiera que un rotífero estaba vivo se confundiría mucho antes de comenzar.

Esto no quiere decir que no debamos tener las páginas de taxonomía estandarizadas, sino que no deberían aparecer bajo un nombre plano como si fueran artículos normales. Creo que moverlos a las páginas del formulario Taxonomía de los Formicidae es una idea maravillosa. Sin embargo, su existencia separada no debe justificarse en absoluto robando las clasificaciones a los artículos. Más bien, deben considerarse un aumento, donde se puede colocar información adicional sobre la taxonomía: listas de géneros demasiado largas para artículos, listas de sinónimos para el grupo en cuestión y variaciones históricas del esquema.

En todos los casos, las clasificaciones deben referirse a grupos por nombres tanto comunes como científicos siempre que sea posible. Los libros suelen enumerar cosas en una forma como Formicidae (hormigas), que es informativo y accesible para todos. Esto se aplica al esquema que decidamos adoptar.

En ese momento, todos los enlaces y búsquedas funcionarán independientemente del nombre en el que se coloque el artículo. Por lo tanto, no importa si optamos por lo común o lo científico, aunque si alguien desea emprender el desafío trascendental de elaborar pautas precisas, es bienvenido.

Estaría más que feliz de ayudar con algunos de los movimientos que requeriría un plan de este tipo. Entonces, ¿esto le suena bien a la gente: inconformista, Pierre, Eclecticology o de otra manera preocupada?

Suena bien. Excepto que iría con lo más común hormiga (Formicidae) para que estemos escribiendo para la mayor audiencia posible y adhiriéndonos a las convenciones de nomenclatura ya establecidas (por supuesto, muchos organismos no tienen nombres comunes, por lo que esos artículos deberán tener nombres científicos). Si se crea una plantilla y una guía de adquisición de datos (como es el caso de los artículos de elementos), agregar información debería ser muy fácil. Dicha plantilla solo puede tener los conceptos básicos básicos, peso promedio, tamaño, información taxonómica, etc. (similar a la tabla de los Países Bajos) o puede tener datos más competitivos (como la tabla de bario). La taxonomía completa puede estar en un sub-artículo como Taxonomy of Formicidae como sugiere, que estaría vinculado dentro del artículo ant. Estas son solo ideas en este momento: me ha llevado varios meses resolver los errores en la plantilla del artículo del elemento, sospecho que resolver los errores aquí puede llevar incluso más tiempo. --maveric149

Cuanto más leo sobre este tema, más estoy convencido del valor del enfoque de dos artículos. La afirmación de que los nombres científicos y comunes son sinónimos no es exacta. De hecho, los nombres comunes son sinónimos del nombre científico correspondiente, pero esta es solo una calle de un solo sentido. Los dos conjuntos de nombres no tienen correspondencia uno a uno. Los nombres científicos son precisos, o al menos se esfuerzan por ser nombres comunes que no siempre son entendidos de la misma manera por todos. ¿Qué hacemos con el "delfín" que muchos de nosotros pensamos como un pequeño pájaro, pero que para otros será el dorado del género? Coryphaena. Sospecho que la mayoría de los artículos terminarán bajo el nombre científico, la mayoría de las formas de vida ni siquiera tienen un nombre común. Por supuesto, existe una alta probabilidad de que los artículos sobre gatos y Félidos tengan alguna duplicación, pero no lo veo como un problema. Cuando hay un debate serio sobre a dónde pertenece determinada información, ponerla en ambos cubrirá muy bien esa zona gris. No es probable que Joe Blow, que nunca ha escuchado a los Rotifers, los busque, y si lo hace, probablemente se decepcionará al descubrir que el artículo no menciona la música reggae jamaicana. En cuanto a los encabezados de los temas y el diseño de las páginas, solo porque presenté los encabezados en Solanales que ahora están en WikiTree of Life, no significa que voy a ser inflexible en esto. Si estaba proponiendo un formato estructurado para las páginas de taxonomía, simplemente tenía que usar algún nombre. He mirado las páginas de Holanda y Radium, y las ilustraciones realmente hacen que esas páginas sean atractivas. La idea de Mav es genial si se puede hacer sin demasiados problemas técnicos. Aproximadamente 100 elementos y 200 países es una tarea más fácil que 100.000 taxones biológicos. Eclecticología, viernes 12 de julio de 2002

Creo que la tabla alineada a la derecha es una muy buena idea. Los niños deben estar en la tabla a menos que haya demasiados (digamos & gt = 100), en cuyo caso deben estar en una página separada. Sugiero formatear a los niños en una tabla de tres de ancho si hay más de, digamos, doce.

Las colisiones entre nombres científicos y nombres comunes deben manejarse caso por caso, hasta que haya suficientes de un tipo para establecer una regla. Hemos tenido los mismos nombres comunes que los nombres científicos, el nombre común de un organismo es el mismo que el nombre científico de otro y el nombre científico es el mismo que el de un no organismo. También hay nombres científicos de plantas que son los mismos que los nombres científicos de animales. Anura es tanto un género de plantas como un taxón de anfibios. Cecropia es el nombre común y de especie de una polilla, y el nombre del género del árbol de embahuba.

¿Qué tienen que ver los rotíferos con la música jamaicana?

El nombre de la especie puede ser un sustantivo apositivo, en cuyo caso puede ser de un género diferente al género. Por ejemplo, Óvulo de pulpo y O. selene.

Todavía no tenemos cerca de 100.000 artículos de taxón, por lo que es factible convertirlos todos en tablas. Consulte las páginas que enlazan con Animalia y Plantae para ver cuántos artículos tenemos.

A la eclecticología, arriba. Lo que dices sobre la ambigüedad en los nombres comunes es cierto, pero no creo que realmente cambie las cosas. Las posibilidades son escasas de que un delfín El artículo terminará discutiendo tanto el mamífero como el pez. En cambio, la gente terminará por eliminar la ambigüedad de los dos, dándonos artículos como delfín (mamífero) y pez delfín, que corresponden directamente a grupos taxonómicos. Considere, por ejemplo, la página de pez cebra. No puedo imaginar un caso en el que esto no suceda. Y tienes que admitir pez delfín y Coryphaena son exactamente lo mismo.

Además, no creo que lo que dices sobre nuestro público objetivo sea cierto. Puedo imaginarme a alguien que ha oído hablar de los rotíferos como algo que se puede ver a través de un microscopio y quería saber más, e incluso si sospecha que están vivos, no necesita estar listo para comenzar con una ubicación jerárquica completa y una descripción del " niños". Para lo cual, supongo que podría decirse, tendríamos artículos separados en rotifer y Rotifera, pero del contenido de la última página, ¿qué honestamente no es apropiado para ambos? Dice que una duplicación está bien, pero creo que casi todo se duplicará en casi todos los casos, y eso simplemente no es así.

Por cierto, en los casos en que los nombres comunes y científicos sean idénticos, definitivamente no quiero separarlos. Entonces tienes la misma información repetida dos veces con el mismo nombre. Eso es una tontería.

Pensé un poco más en la broca de la mesa alineada a la derecha y creo que puede ser una buena idea para la ubicación, pero estoy un poco preocupada por usarla para niños. Además de que hay muchos casos en los que habrá dos niños para encajar, hay casos en los que la división es controvertida o simplemente merece más explicación de la que puede dar una lista plana.

Supongo que debería disculparme por el humor salvaje de asociación libre que hizo que un buscador hipotético confundiera rotíferos con rastafari. Mi esposa nunca entiende de qué estoy hablando, pero los gemidos de mi hijo de 12 años son una muy buena señal. Espero ver las tablas. Mav parece tener una idea de cómo diseñarlos, y el resto debería poder llenar los espacios en blanco en una plantilla. Parece que tenemos un consenso sobre el manejo de la ubicación en tal formato. Creo que a todos nos preocupa cómo se verán los niños, y es en el contexto de los taxones más promiscuos donde podemos encontrar que los niveles de clasificación secundarios son útiles. Por otro lado, parece no tener sentido recordar constantemente a los lectores que la mayor parte de los cordados son vertebrados, pero en algún momento se debe hacer la distinción cuando se trata de cordados invertebrados. Estoy de acuerdo en que necesitamos tener espacio para discutir los hijos de algunos taxones, especialmente en el área de cladística u otras taxonomías alternativas. (¿Quizás de diferentes colores?) Creo que aquellos de nosotros que hemos participado en esta discusión hemos llegado a cierto consenso sobre muchos de los temas. Quizás deberíamos proceder a implementar aquellos aspectos en los que estamos de acuerdo y, a corto plazo, al menos tratar las diferencias pendientes caso por caso. Para abordar adecuadamente el debate de la cladística, probablemente necesitemos tener considerablemente más datos de taxonomía en Wikipedia de lo que es ahora. En el debate de páginas divididas estamos hablando de visiones que no se comunican fácilmente a una persona que tiene una visión diferente, y si podemos tener artículos sobre 100.000 taxones, aquellos en los que el tema de las páginas divididas sería significativo serían un pequeño porcentaje de los 100.000. Desafortunadamente, la mayoría de ellos se relacionan con los taxones más conocidos. Eclecticología, viernes 12 de julio de 2002


¡Excelente! Parece que el uso de tablas alineadas a la derecha satisfará a todos aquí. Ahora podemos trabajar en los detalles jugando con la mesa. Estoy de acuerdo en que podemos tomar el nombre común / científico caso por caso y solo tener un artículo cuando los nombres comunes y científicos son esencialmente lo mismo. Sin embargo, comparto la preocupación de Josh acerca de enumerar a todos los niños en la tabla (esto se puede hacer para la lista de niños corta, pero los que son realmente largos son problemáticos).

Así que sugiero que sigamos el formato general como se ve en la sección de isótopos del artículo de radio para listas largas que solo enumeran los isótopos más estables e interesantes en la tabla del artículo principal en radio. Lo que planeo hacer es crear una lista completa de todos los isótopos del radio y sus propiedades en la Lista de isótopos del radio (o algo con un nombre similar).

Para las tablas de organismos podríamos hacer algo similar: solo enumerar aquellos niños que son notables en algún aspecto significativo (ya sea como buenos ejemplos del grupo de ubicación del que trata el artículo, o por ser ampliamente conocidos y escritos por otras razones). Entonces podríamos tener un sub-artículo separado con todos los niños enumerados (¿tal vez en algo como Lista de órdenes de Magnoliopsida? Si solo va a ser una lista). Creo que esto sería lo más informativo para hacer en el artículo principal. --maveric149

Estado pensando. Todavía estaría bien intentar al menos enumerar a todos los niños, especialmente. donde el colaborador no tiene el conocimiento necesario para tomar decisiones sobre qué y qué no incluir en la tabla del artículo principal (sé que tendría problemas para decidir esto para muchas listas). Simplemente podemos expresar el objetivo de enumerar solo a los niños más notables en la tabla (lo que siempre puede hacer una parte más informada más tarde). Además, lo mejor de la tabla alineada a la derecha es que puede ser arbitrariamente larga sin interferir con el texto del artículo. --maveric149 Buen punto. Será más fácil ver qué está mal con una lista cuando esté todo allí. Eclecticología, sábado 13 de julio de 2002 Ciertamente no debería doler intentarlo. En el caso de que algo salga mal, se vuelva inconveniente o engorroso, siempre podemos reevaluar. Lo más probable es que todo lo que se haya hecho antes de ese punto no tenga que cambiarse de todos modos. --JG

Hola a todos. Soy nuevo aqui. Acabo de agregar un comentario sobre el escalado a la charla de Wikipedia: WikiProject Tree of Life que puede ser de interés para los lectores aquí. Saludos Gary Curtis 11:20 25 de febrero de 2003 UTC


Un caso para simplificar la nomenclatura de genes en diferentes organismos

El pinzón cebra produce una hormona llamada mesotocina, que se diferencia poco de la oxitocina humana. Crédito: Universidad Rockefeller

Constantina Theofanopoulou quería estudiar oxitocina. Su trabajo de posgrado se había centrado en cómo la hormona influye en el desarrollo del habla humana, y ahora se estaba preparando para usar esos hallazgos para investigar cómo los pájaros cantores aprenden a cantar. El problema fue que las aves no tienen oxitocina. O eso le dijeron.

"En todos los lugares que miré en el genoma", dice, "no pude encontrar un gen llamado oxitocina en las aves".

Theofanopoulou finalmente se encontró con la mesotocina, el análogo de la oxitocina en aves, reptiles y anfibios. Pero mientras revisaba la literatura en el laboratorio de Erich Jarvis en Rockefeller, las aguas se volvieron más turbias. Si ella y Jarvis querían encontrar estudios sobre la oxitocina en peces, tenían que recordar buscar el término único isotocina. A menos, por supuesto, que estuvieran buscando estudios de oxitocina en ciertas especies de tiburones, en cuyo caso se vieron obligados a buscar resúmenes en busca de valitocina, la oxitocina de la mielga. Surgieron problemas similares cuando intentaron estudiar la hormona vasotocina en las aves, que se llama vasopresina en los seres humanos. Y el receptor de oxitocina, generalmente abreviado OXTR en estudios de mamíferos, podría llamarse VT3, MTR, MesoR o ITR en estudios de otras especies.

"Empecé a perderme", admite Jarvis. "Dije, antes de profundizar más, debemos asegurarnos de haber hecho las suposiciones correctas sobre qué genes humanos y de aves están relacionados evolutivamente".

Ahora, en un nuevo estudio en Naturaleza, Theofanopoulou y Jarvis demuestran que la hormona humana conocida como oxitocina es, de hecho, el mismo gen en todos los principales linajes de vertebrados. De hecho, las similitudes son tan sorprendentes que los científicos abogan por limpiar la jerga de una vez por todas aplicando una nueva nomenclatura estándar para las hormonas conocidas como oxitocina y vasopresina en humanos, así como sus respectivos receptores.

Esta convención de nomenclatura actualizada, como mínimo, facilitaría la vida a los científicos que estudian la oxitocina. Pero también podría servir como modelo para traducir una amplia gama de hallazgos biológicos entre especies, lo que en última instancia conduciría a una mejor comprensión de cómo funcionan los mismos genes en diferentes organismos.

El estudio describe la historia evolutiva de esta familia de genes, que es responsable de una amplia gama de funciones biológicas. Crédito: Universidad de Barcelona

Un enfoque de genoma completo

Antes de que la secuenciación del genoma completo diera a los científicos una visión general de cuán similares son muchas secuencias genéticas, los bioquímicos a menudo asignaban nombres únicos a genes casi idénticos en reconocimiento de diferencias leves, a menudo intrascendentes. Esto dio lugar a las extrañas convenciones de nomenclatura entre las especies que tanto desconcertaron a Theofanopoulou y Jarvis. "La oxitocina en los mamíferos tiene un aminoácido diferente a la mesotocina en las tortugas", dice Theofanopoulou. "Antes de tener una perspectiva de genoma completo, podríamos haber pensado que era un gen completamente diferente".

Pero la similitud de secuencia no es el único signo de que dos genes de diferentes especies están relacionados. Otro es el territorio genético circundante de cada gen en su cromosoma respectivo, al que los científicos se refieren como synteny. En otras palabras, la identidad de un gen no está compuesta solo por la secuencia "dentro" del gen, sino también por los genes que lo rodean, los genes que se encuentran "fuera" de ese gen. Y aunque la oxitocina de mamíferos difiere ligeramente, en secuencia, de su análogo de tortuga, este nuevo estudio demuestra que hay sintenia en la oxitocina, la vasotocina y el receptor de cada hormona, en los genomas de 35 especies que abarcan todos los principales linajes de vertebrados y cuatro linajes de invertebrados.

"Con synteny, podemos demostrar que la oxitocina en los mamíferos es el mismo gen que la mesotocina en las tortugas, porque se encuentra en la misma posición sinténica en todos estos genomas, es decir, rodeada por los mismos genes en todas las especies. La secuencia genética dentro de un gen tiende a cambian rápidamente, pero el orden de los genes, cómo se ubican los genes uno tras otro, tiende a conservarse mucho más en el tiempo evolutivo ". Dice Theofanopoulou.

Esta perspectiva más amplia no habría sido posible sin las actualizaciones recientes que hicieron que los genomas completos fueran más completos y precisos, un proyecto encabezado por el Proyecto Internacional de Genomas de Vertebrados, que preside Jarvis. Estos utilizan lecturas de secuencia larga y datos de largo alcance para generar ensamblajes genómicos a nivel cromosómico casi completos. Los genomas más limpios y con menos errores permiten a los científicos buscar sutilezas sinténicas de nuevas formas. "Muchos de los genomas que hemos estado analizando no tienen cromosomas mezclados ni errores", dice Jarvis. "Nadie tenía esto antes".

Muchos más genes pueden requerir precisamente este tipo de reevaluación, para facilitar la investigación traslacional y llevar el vocabulario científico a la era posgenómica. Por ejemplo, existen problemas de nomenclatura similares dentro de dos genes pertinentes al trabajo de Jarvis sobre el aprendizaje vocal, SRGAP y FOXP2, y Theofanopoulou sospecha que las convenciones de nomenclatura para los receptores de dopamina y estrógeno también pueden necesitar revisiones. "Este artículo sirve como modelo sobre cómo renovar la nomenclatura del genoma en biología, basándose en la evolución genética", dice Jarvis.

Pero si esos nuevos nombres se mantendrán sigue siendo una cuestión abierta. Jarvis y Theofanopoulou ya están experimentando el rechazo de los investigadores que son reacios a ver el largo legado de la investigación de la mesotocina renombrada y combinada con oxitocina o vasopresina con vasotocina. "Hemos hablado con varias personas que sabían que estos genes eran análogos, pero insistieron en que no se les puede llamar por el mismo nombre", dice Jarvis. "Algunos argumentaron que 'así ha sido durante décadas'".

A otros les preocupa que, por muy sinténicos que estos genes puedan ser entre especies, sería inexacto y quizás incluso engañoso usar el mismo nombre para el gen que promueve la lactancia en mamíferos y claramente juega un papel diferente en aves y tortugas. Jarvis no está de acuerdo. "Un nombre no debe basarse únicamente en la función, sino también en similitudes genéticas y evolutivas", dice.

"Ahora podemos demostrar que estos son los mismos genes porque están ubicados en los mismos bloques conservados de orden genético en el genoma de todas las especies", agrega Theofanopoulou. "Si los genes de estas hormonas se hubieran descubierto en la era de la genómica actual, habrían sido nombrados con el mismo nombre y no con nombres diferentes".


Ver el vídeo: RNA interference RNAi: by Nature Video (Noviembre 2022).